Để làm mốc tương trước đây người ta vẫn nhờ vào các bào tử nấm mốc cĩ trong khơng khí, đất, nước hoặc trong các dụng cụ nhiễm vào khối bột và phát triển. Các nghiên cứu các loại mốc tương này, cĩ ít nhất 28 lồi nấm mốc khác nhau, thuộc 11 giống, 2 lớp của hệ thống phân loại. Những loại nấm mốc này đều thuộc loại hoại sinh. Trong hệ nấm mốc 10 lồi sau thường gặp với số lượng lớn
trên mốc tương : Mucor mucode, M.rouxii, Rhizopus nigricans, Aspergillus oryzae, A.flavus, A.niger, Penicillum prolatum, P.expansum, Monilia sitophila, Trichoderma lignorum ...
Trong quá trình ủ mốc thủ cơng, sau khi ủ 1,5-2 ngày ta thấy trên xơi bắt đầu mọc mốc trắng, xám nhạt. Đĩ là hệ sợi của các loại nấm mốc khác nhau. Khoảng một ngày sau bào tử nấm mốc trở nên cĩ màu. Qua màu sắc này, bằng mắt thường, ta cĩ thể phân biệt những lồi nấm mốc nào đã phát triển. Mốc đen xám với hệ sợi như mạng nhện là do Mucor, Rhizopus, Syneephalastrum. Mốc đen hoặc đen nâu là do
Aspergillus niger. Mốc xanh chủ yếu do Penicillum và Trichodermalignorum. Mốc đỏ gạch là Monilia sitophila. Những loại mốc đen đỏ này đều khơng thích hợp cho sản xuất tương. Mốc tương thích hợp thì cần các yêu cầu : phát triển nhanh, cĩ hoạt tính amylase và protease cao, màu sắc đẹp, khơng cho mùi mốc mạnh, khơng hình thành độc tố và các chất kháng sinh cĩ hại. Thì người ta thấy rằng chủng nấm mốc
Aspergillus oryzae đáp ứng được những điều này. Người ta cịn gọi loại mốc này là mốc vàng hoa hịe hay hoa cau.
Ngồi ra trong sản xuất tương, cịn cĩ sự xuất hiện của vi khuẩn Bacillus subtilic trong giai đoạn ngâm nước đậu.
Đặc điểm của vi khuẩn Bacillus subtilic:
- Vi khuẩn Bacillus subtilic là một lồi thuộc chi Bacillus, thuộc họ Bacillacaea.
- Bacillus subtilic là trực khuẩn Gram dương cĩ kích thước 2-3 x 0,7-0,8 µm, nội bào tử ở trung tâm cĩ kích thước 1,5-1,8 x 0,8µm.
- Ở điều kiện 100oC, bào tử của Bacillus subtilic chịu được 180 phút, cĩ tính ổn định cao với nhiệt độ thấp và sự khơ cạn, tác động của hĩa chất, tia bức xạ.
- Bao nhầy của Bacillus subtilic cấu tạo bởi polipeptit, chủ yếu là axit poliglutamic.
- Tiên mao của Bacillus subtilic mọc khắp xung quanh bề mặt tế bào.
- Ngồi những đặc trưng trên, Bacillus subtilic cĩ cấu tạo, đặc điểm như của một vi khuẩn đã trình bày ở 1.3.1.