Trong các cơng nghệ lên men truyền thống, người ta thường sử dụng các giống tự nhiên. Ở nhiều trường hợp, các giống cĩ nguồn gốc tự nhiên thường cho ra chất lượng sản phẩm khá tốt. Tuy nhiên cũng cĩ rất nhiều trường hợp, các giống cĩ nguồn gốc tự nhiên khơng cho sản phẩm cĩ chất lượng ổn định và năng suất sinh học thường khơng cao. Các giống từ nguồn gốc tự nhiên chủ yếu được sử dụng vào quá trình thu nhận các sản phẩm của quá trình dị hĩa. Cịn trong các cơng nghệ thu nhận sản phẩm từ quá trình đồng hĩa, ít khi người ta sử dụng giống vi sinh vật từ nguồn gốc tự nhiên.
Trong cơng nghệ lên men hiện đại, người ta phải sử dụng các giống đã được biến đổi nguồn gốc di truyền để nâng khả năng chuyển hĩa vật chất của chúng, đồng thời nhằm mục đích ổn định chất lượng và năng suất sản phẩm.
Như vậy, giống vi sinh vật sử dụng trong cơng nghệ lên men hiện đại phải đạt những chuẩn mực nhất định mới được phép sử dụng. Các yêu cầu cơ bản đối với giống dùng trong lên men hiện đại gồm:
- Giống vi sinh vật phải cho ra sản phẩm mà ta mong muốn. Sản phẩm phải cĩ số lượng và chất lượng cao hơn các sản phẩm phụ khác
- Giống phải cho năng suất sinh học cao. Năng suất sinh học quyết định cả vốn đầu tư và giá thành sản phẩm.
- Giống vi sinh vật phải cĩ khả năng đồng hĩa các nguyên liệu rẻ tiền và dễ kiếm tại địa phương nơi nhà máy đang hoạt động.
- Sản phẩm của quá trình lên men do giống đang áp dụng trong sản xuất phải dễ dàng tách ra khỏi các tạp chất mơi trường và sinh khối vi sinh vật giống.
- Giống vi sinh vật sử dụng trong các quá trình sản xuất hiện đại phải là những vi sinh vật thuần khiết, khơng được nhiễm các vi sinh vật lạ.
- Giống vi sinh vật phải cĩ tính thích nghi cao, đặc biệt phải thích nghi với với điều kiện sản xuất cơng nghiệp, trong đĩ cĩ sự ổn định nhiệt độ, pH, áp suất thẩm thấu, hoạt tính của nước. Cịn trong tự nhiên các điều kiện nuơi cấy hay điều kiện sống của vi sinh vật thiếu ổn định
- Giống phải cĩ tốc độ sinh sản và phát triển rất mạnh trong điều kiện mơi trường cơng nghiệp. Tính chất này rất quan trọng, vì nếu bị nhiễm các vi sinh vật lạ, thì giống dùng trong sản xuất phải cĩ khả năng lấn áp sự phát triển của vi sinh vật lạ.
- Tốc độ trao đổi chất mạnh để nhanh tạo ra sản phẩm mong muốn. Đặc điểm này giúp ta tăng nhiều chu kỳ sản xuất.
- Giống phải ổn định trong bảo quản và dễ dàng bảo quản.