Phương phỏp luận để quản lý cỏc vấn đề mụi trường là phõn tớch hệ thống, theo đú vấn đề cần quản lý được phõn tớch dưới gúc độ một hệ thống gồm nhiều thành phần với cỏc thụng số và đặc trưng riờng. Thụng qua việc phõn tớch hệ thống, nhà quản lý sẽ lựa chọn cỏc điểm và mắt xớch nhạy cảm để dựng cỏc cụng cụ quản lý mụi trường tỏc động và điều khiển hệ thống theo định hướng của mỡnh.
Cụng cụ quản lý mụi trường là cỏc biện phỏp hành động thực hiện cụng tỏc quản lý mụi trường của Nhà nước, cỏc tổ chức khoa học và sản xuất. Cụng cụ quản lý mụi trường rất đa dạng, mỗi một cụng cụ cú một chức năng và phạm vi tỏc động nhất định, liờn kết và hỗ trợ lẫn nhau. Mỗi một quốc gia và mỗi địa phương, tuỳ theo điều kiện cụ thể cú thể lựa chọn cỏc cụng cụ thớch hợp cho từng hoạt động cụ thể. Bờn cạnh việc sử dụng, cỏc cụng cụ quản lý mụi trường đũi hỏi phải nghiờn cứu và hoàn thiện thường xuyờn với xu hướng ngày càng tinh vi hơn, hiệu lực hơn.
Cụng cụ quản lý mụi trường cú thể phõn loại theo chức năng thành: cụng cụ điều chỉnh vĩ mụ, cụng cụ hành động và cụng cụ hỗ trợ. Cụng cụ điều chỉnh vĩ mụ là luật phỏp và chớnh sỏch. Cụng cụ hành động là cỏc cụng cụ cú tỏc động trực tiếp tới hoạt động kinh tế xó hội như cỏc quy định hành chớnh, quy định xử phạt v.v và cụng cụ kinh tế. Cụng cụ hành động là vũ khớ quan trọng nhất của cỏc tổ chức mụi trường trong việc thực hiện cụng tỏc bảo vệ mụi trường. Cỏc cụng cụ phụ trợ dựng để quan sỏt, giỏm sỏt chất lượng mụi trường, giỏo dục ý thức mụi trường. Cụng cụ phụ trợ cú tỏc dụng hỗ trợ và hoàn chỉnh hai loại cụng cụ đó núi ở trờn. Thuộc về loại này cú cỏc cụng cụ kỹ thuật như GIS, Mụ hỡnh hoỏ, đỏnh giỏ mụi trường, kiểm toỏn mụi trường, quan trắc mụi trường. Cụng cụ quản lý mụi trường cú thể phõn loại theo bản chất thành 3 loại cơ bản sau:
( Cụng cụ luật phỏp chớnh sỏch: bao gồm cỏc văn bản về luật quốc tế, luật quốc gia, cỏc văn bản khỏc dưới luật, cỏc kế hoạch và chớnh sỏch mụi trường quốc gia, cỏc ngành kinh tế, cỏc địa phương.
( Cỏc cụng cụ kinh tế: gồm cỏc loại thuế, phớ v.v, đỏnh vào thu nhập bằng tiền của hoạt động sản xuất kinh doanh. Cỏc cụng cụ này chỉ ỏp dụng cú hiệu quả trong nền kinh tế thị trường.
( Cỏc cụng cụ kỹ thuật quản lý thực hiện vai trũ kiểm soỏt và giỏm sỏt nhà nước về chất lượng và thành phần mụi trường, về sự hỡnh thành và phõn bố chất ụ nhiễm trong mụi trường. Cỏc cụng cụ kỹ thuật quản lý cú thể gồm cỏc đỏnh giỏ mụi trường, quan trắc mụi trường, xử lý chất thải, tỏi chế và tỏi sử dụng chất thải. Cỏc cụng cụ kỹ thuật quản lý cú thể được thực hiện thành cụng trong bất kỳ nền kinh tế nào.