Bảo mật là yêu cầu không thể thiếu trong bất cứ một dịch vụ ngân hàng nào. Trong lĩnh vực thanh toán ngân hàng, bảo mật được biểu hiện chủ yếu trên giác độ bảo mật thông tin của các giao dịch thanh toán.
Bảo mật thông tin giao dịch thanh toán đối với ngân hàng được xem như là bí mật kinh doanh. Cũng giống như bất cứ một doanh nghiệp kinh doanh thông thường thông tin về giao dịch cần được đảm bảo. Mặt khác, bí mật thông tin khách hàng là nghĩa vụ của ngân hàng. Nếu pháp luật không có quy định về đảm bảo bí mật thông tin khách hàng thì các ngân hàng vẫn phải xem bí mật thông tin là một yếu tố của chất lượng và phải được đảm bảo.
Bí mật thông tin được thể hiện ở các khía cạnh: - An toàn dữ liệu và hệ thống thông tin đối ngoại.
- Bí mật trong hệ thống thông tin nội bộ bao gồm việc xử lý giao dịch, lưu trữ thông tin, người xử lý giao dịch.
- An toàn về quyền hưởng, đảm bảo thực hiện nghĩa vụ chi trả trong giao dịch thanh toán.
Việc ứng dụng công nghệ ngân hàng mới, một mặt tạo ra những lợi thế kinh doanh, bên cạnh đó nó vẫn còn tồn tại những kẽ hở cho những tội phạm ngân hàng. Các lĩnh vực cần được bảo mật và an toàn: hệ thống thanh toán thẻ; hệ thống thanh toán điện tử liên ngân hàng; hệ thống Internet Banking. Để có được hệ thống dịch vụ thanh toán chất lượng với mục tiêu an toàn, bảo mật, các ngân hàng cần xem xét nghiêm túc các vấn đề sau:
An toàn và bảo mật ngay từ nhận thức: Giữa các ngân hàng, giữa ngân hàng và khách hàng luôn luôn có sự giao dịch với nhau những thông tin nhạy cảm. Bởi giữa các tổ chức thường có sự không tương thích với nhau cả về chính sách và hệ thống an ninh do đó sự linh hoạt của dạng và chính sách an toàn cần phải được thảo luận nghiêm túc. Thông tin giao dịch được thực hiện trên cơ sở những bản ghi giấy sẽ có sự giới hạn về việc sao chép bằng tay. Việc xuất hiện công nghệ sao chép là nguy cơ rò rỉ thông tin đơn giản nhất. Xử lý giao dịch cuối ngày, đóng gói dữ liệu và truyền đi giữa các chi nhánh cũng là công đoạn tiềm ẩn những vấn đề an toàn. Mặc dù hệ thống kiểm soát an ninh của các ngân hàng được đánh giá là rất nghiêm ngặt nhưng thực tế thì
trong môi trường kinh doanh ngày nay việc rò rỉ thông tin vẫn sảy ra. Đối với các nhà quản lý ngân hàng, an ninh hệ thống cần được ý thức một cách nghiêm túc đặc biệt là đối với các dịch vụ dựa trên trình duyệt Web và hệ thống thanh toán điện tử khác.