Dù trong lịch sử hay hiện tại, trong quan hệ ASEAN-Trung Quốc đều đang tồn tại hai khối lớn, tức là 5 nước Đông Nam Á lục địa và có dòng sông Mê Công chảy qua gồm Việt Nam, Lào, Campuchia, Thái Lan và Myanmar và 5 nước Đông Nam Á hải đảo có vùng biển rộng lớn bao gồm Singapore, Malaysia, Philippines, Indonesia và Brunei.
Xét về khía cạnh lịch sử và quan hệ khu vực, 5 nước bán đảo và có dòng sông Mê Công chảy qua có quan hệ gắn bó hơn với Trung Quốc. Hiện nay, 5 nước này và Trung Quốc đã có cơ chế hợp tác kiện toàn hơn 5 nước hải đảo, chính là Hợp tác tiểu vùng sông Mê công mở rộng (GMS). Cơ chế này được hình thành năm 1992 và đến nay đã trở thành cơ chế hợp tác khá toàn diện. Trong chương trình hợp tác này, Ngân hàng châu Á đưa ra ba hành lang kinh tế Nam - Bắc (Côn Minh - Hà Nội, Côn Minh - Bangkok, Côn Minh – King Dohre – Yanggun). Hiện tại, việc xây dựng hanh lang kinh tế Côn Minh – Hà Nội, Côn Minh – Bangkok đang được tiến hành thuận lợi. Năm 2004, phía Việt Nam lại chủ động đề xuất tăng cường hợp tác với Trung Quốc, xây dựng “hai hành lang một vành đai” (hành lang kinh tế Côn Minh – Hà Nội, Nam Ninh – Hà Nội và vành đai kinh tế Vịnh Bắc Bộ). Việc xây dựng ba hành lang kinh tế và “hai hàng lang một vành đai” rõ ràng sẽ càng thắt chặt thêm quan hệ giữa 5 nước bán đảo và có dòng sông Mê Công chảy qua đó và Trung Quốc.
Ngược lại, mặc dù 5 nước Đông Nam Á hải đảo có trình độ phát triển hơn hẳn 5 nước Đông Nam Á lục địa, quy mô hợp tác kinh tế thương mại cũng vượt xa 5 nước kia, nhưng vẫn chưa hình thành cơ chế hợp tác như GMS. So với các nước Đông Nam Á lục địa, các nước hải đảo này có sự khác biệt lớn với Trung Quốc về chính trị và văn hóa, có những quyền lợi tranh chấp với Trung Quốc nhiều hơn về vấn đề biển Đông nên cũng giữ tâm lý phòng ngừa và nghi kỵ hơn. Làm thế nào để thúc đẩy tổng thể quan hệ hợp tác giữa các nước Đông Nam Á hải đảo với Trung Quốc là vấn đề đặt ra trong quan hệ ASEAN-Trung Quốc và chính sách của ASEAN đối với Trung Quốc. Tại Diễn đàn hợp tác kinh tế vành đai Vịnh Bắc Bộ” tổ chức ở Nam Ninh trong hai
ngày 19-20/7/2006, Trung Quốc đã đề xuất mở rộng phạm vi “Vành đai kinh tế vịnh Bắc Bộ”, lấy Quảng Đông – Quảng Tây (đặc biệt là khu vực ven biển vịnh Bắc Bộ của tỉnh Quảng Tây) và đảo Hải Nam làm tuyến trước của phía Trung Quốc, thúc đẩy 7 nước Trung Quốc, Việt Nam, Singapore, Malaysia, Philippines, Brunei và Indonesia triển khai trao đổi hợp tác trong lĩnh vực khai thác tài nguyên, hợp tác ngành nghề ở khu vực vành đai Vịnh Bắc Bộ, đồng thời Trung Quốc còn tích cực thúc đẩy hình thành cơ chế hợp tác tiểu vùng của Uỷ ban hợp tác vanh đai Vịnh Bắc Bộ trong khuôn khổ của Khu mậu dịch tự do ASEAN-Trung Quốc cấp Nhà nước và cấp tỉnh, tăng thêm những nhân tố mới để đẩy mạnh xây dựng mậu dịch tự do ASEAN-Trung Quốc.
Nói tóm lại, có thể nói những thách thức về an ninh chính trị đối với sự phát triển quan hệ ASEAN – Trung Quốc trong những năm sắp tới chính là sự nghi kỵ của các nước ASEAN về ý đồ của Trung Quốc đối với khu vực, những vấn đề do lịch sử để lại, sự khác biệt về chế độ chính trị, hệ tư tưởng và trình độ phát triển giữa hầu hết các nước ASEAN với Trung Quốc do đặc thù tồn tại hai khối lớn là các nước Đông Nam Á lục địa (có dòng sông Mê Công chảy qua) và các nước Đông Nam Á hải đảo trong quan hệ với Trung Quốc.