ASEAN và Trung Quốc tuy có tính bổ sung cho nhau, thúc đẩy quan hệ hợp tác, nhưng cũng không tránh khỏi những điều kiện bất lợi, cạnh tranh với nhau. Thách thức và trở ngại lớn đối với hợp tác kinh tế ASEAN-Trung Quốc là sự chênh lệch phát triển giữa các nước thành viên ASEAN và Trung Quốc.
Trong các nước ASEAN, sự phát triển kinh tế của Singapore đã đạt tới tình độ của các nước phát triển, nhưng Lào và Campuchia vẫn là một trong những quốc gia nghèo nhất trên thế giới. Do đó, việc khắc phục trình độ kinh tế và chênh lệch phát triển giữa các nước thành viên là thách thức không nhỏ đối với nội bộ các nước thành viên ASEAN.
Hiện nay, ngoài Campuchia, Thái Lan, Myanmar và Việt Nam đều muốn gia hạn thêm thời gian, còn các nước ASEAN khác đều muốn xây dựng nhất thể hóa kinh tế ASEAN-Trung Quốc trước năm 2015, đồng thời tăng tốc thực hiện Cộng đồng kinh tế chung ASEAN. Do một số khó khăn nội bộ, nên một số nước ASEAN lo lắng sau khi xây dựng khu mậu dịch tự do ASEAN-Trung Quốc, một số lượng lớn hàng hóa giá rẻ của Trung Quốc sẽ tràn ngập thị trường các nước ASEAN, tác động mạnh mẽ đến các ngành công nghiệp sản xuất của các nước ASEAN. Vì vậy, ASEAN hiện đang tính toán tìm biện pháp xử lý ổn thỏa vấn đề mậu dịch nội khối và có chính sách bảo hộ thích hợp. Trước tình thế như vậy, Trung Quốc vừa phải tính toán đến lợi ích tổng thể của ASEAN, vừa phải căn cứ vào tình hình phát triển quan hệ song phương với từng nước ASEAN để có chính sách phù hợp với ASEAN.
Trong quan hệ kinh tế ASEAN-Trung Quốc vẫn tồn tại cạnh tranh thương mại tương đối lớn.
Trung Quốc và ASEAN đều là nước đang phát triển, tuy trình độ phát triển giữa các nước khác nhau, nhưng cơ cấu ngành nghề và tổng thể nền kinh tế có nhiều điểm tương đồng, sản phẩm cùng chủng loại, mức độ phân công quốc tế tương tự nhau, khiến hai bên có sự cạnh tranh trên thị trường quốc tế tương đối lớn.
Xét về tình hình cụ thể của ASEAN và Trung Quốc, hai bên cùng có ưu thế về xuất khẩu các mặt hàng sử dụng nhiều sức lao động và tài nguyên, nhập khẩu vốn và sản phẩm hàm lượng kỹ thuật cao. Do đó, hai bên có sự cạnh tranh kịch liệt tại thị trường nước thứ ba. Về xuất khẩu hàng hóa, thương mại song phương hiện đang trong tình trạng thấp về số lượng và giá trị, phần lớn là sản phẩm sơ cấp và có hàm lượng kỹ thuật không cao. Sự cạnh tranh này trong thời gian ngắn không dễ dàng thay đổi được mà nó vẫn đang tiếp tục. Theo đà tăng nhanh của tiến trình tự do hóa buôn bán và đầu tư ở khu vực châu Á-Thái Bình Dương, thì sự cạnh tranh giữa đôi bên càng gay gắt hơn.
Vấn đề phân phối và cân bằng lợi ích kinh tế là một thách thức đối với sự tăng cường quan hệ kinh tế ASEAN-Trung Quốc. Hợp tác kinh tế khu vực cần phải được xây dựng trên nền tảng tất cả các nước trong khu vực nhất trí về lợi ích chung. Đối với các nước có trình độ phát triển gần như nhau, phân phối và cân bằng lợi ích kinh tế tương đối đễ dàng. Ngược lại, nếu trình độ phát triển giữa các nước trong khu vực chênh lệch quá lớn thì phân phối và cân bằng lợi ích kinh tế sẽ tương đối khó khăn hơn. Trong quá trình hợp tác kinh tế ASEAN-Trung Quốc, xây dựng mối quan hệ song phương cùng có lợi hoặc giữa các nước thành viên đều xuất phát từ hợp tác song phương. Nhưng do trình độ phát triển của bản thân các nước ASEAN chênh lệch rất lớn, nên một số nước trong khu vực, nhất là một số nước có trình độ phát triển kinh tế tương đối hơn sẽ dễ bị gánh chịu những tổn thất trong việc thúc đẩy tự do hóa thương mại và xây dựng khu mậu dịch tự do ASEAN-Trung Quốc. Nếu không có cơ chế hỗ trợ nào đó cho những nước này thì rất có thể những nước này sẽ tỏ thái độ thiếu tích cực và có chính sách bảo hộ thị trường trong nước trong quá trình xây dựng khu mậu dịch tự do ASEAN-Trung Quốc, tăng cường mở rộng hợp tác kinh tế ASEAN-Trung Quốc. Về tổng thế, ngoài Singapore, sức cạnh tranh quốc tế của các nước ASEAN đều kém Trung Quốc. Đây cũng chính là thách thức lớn đối với việc thiết kế và thực thi mục tiêu giảm thuế, cân bằng lợi ích trong tiến trình xây dựng khu mậu dịch tự do ASEAN- Trung Quốc nói riêng và trong quá trình đẩy mạnh hơn nữa hợp tác kinh tế đôi bên cùng có lợi giữa ASEAN và Trung Quốc.
Cho tới nay, các nền kinh tế ASEAN và Trung Quốc vẫn là các nền kinh tế cạnh tranh nhau hơn là bổ sung cho nhau. Sự cạnh tranh đó diễn ra trong cả mậu dịch lẫn đầu tư. Sự cạnh tranh gay gắt về mậu dịch và đầu tư trên đang cản trở hợp tác kinh tế giữa hai bên nói riêng, quan hệ ASEAN- Trung Quốc nói chung. Hiện nay một số công ty nước ngoài đang làm ăn ở ASEAN, đã quyết định chuyển cơ sở sản xuất sang Trung Quốc. Điều này đang gây nên tình trạng mất việc làm ở một số nước ASEAN.
Theo Cơ quan Thống kê Sinpapore, trong 5 năm qua nước này đã mất 42.000 việc làm, hầu hết các việc làm đó chuyển sang Trung Quốc.
Những hậu quả kinh tế xã hội từ tình trạng FDI chuyển hướng sang Trung quốc đã bị một số thế lực bên ngoài không có thái độ tích cực đối với sự phát triển nhanh chóng của quan hệ ASEAN- Trung quốc, khai thác để chia rẽ hai bên. Trong một bài viết đăng trên tờ Nhật báo Asian Wall Street số ra 20/6/2002, Hugo Restall đã cố ý thổi phồng tác động của tình trạng trên khi viết rằng : “ Trong trò chơi “ số không và tất cả “ về FDI, Trung Quốc đang hút ô xi của các thị trường châu Á và các nơi khác về vấn đề này. Kết quả, theo lời một nhà phân tích Hongkong, là cạnh tranh từ Trung Quốc sẽ làm giảm tỷ lệ tăng trưởng về kinh tế của Đông Nam Á.” [88, tr.14]
Mặc dù những luận điệu như vậy không được các nhà lãnh đạo ASEAN chia sẻ, nhưng nó cũng ít nhiều tác động tới tâm lý của không ít người trong khu vực. Do vậy, tìm cách giảm bớt các tác động nghịch từ sự cạnh tranh kinh tế hiện nay giữa ASEAN và Trung quốc là lợi ích của quan hệ giữa hai bên.