Trung ương và địa phương.
Quan hệ phối hợp giữa các đơn vị ở trung ương và địa phương tuy không phải là mối quan hệ mang tính chi phối ngành dọc nhưng nó có tác động chi phối qua lại lẫn nhau và giữa các bên cần có liên kết chặt chẽ cũng như thực hiện chế độ báo cáo, chia sẻ thông tin thường kỳ đầy đủ.
Nếu không đảm bảo duy trì quan hệ phối hợp tốt giữa các cơ quan quản lý ở trung ương và địa phương, thì việc quản lý hoạt động của các tổ chức PCPNN sẽ không được đảm bảo chặt chẽ. Để đẩy mạnh thắt chặt hơn nữa quan hệ phối hợp này, trong thời gian tới cần lưu ý:
- Ủy ban công tác về các tổ chức PCPNN khi xét cấp hoặc gia hạn giấy phép cho các tổ chức PCPNN, trong đó có hoạt động trên địa bàn TPHCM thì cần có sự thông báo và trao đổi với UBND thành phố (là cơ quan QLNN về hoạt động của các tổ chức PCPNN tại địa phương) cũng như cần yêu cầu các tổ chức PCPNN khi đã được cấp hoặc gia hạn giấy phép phải tiến hành đăng ký hoạt động tại địa phương theo đúng tinh thần Quyết định
- Các cơ quan trung ương khi có quan hệ ký kết dự án và hợp tác với tổ chức PCPNN mà dự án đó được thực hiện tại TPHCM thì cần phải thông báo kế hoạch triển khai chương trình dự án cho UBND thành phố. Trong quá trình thực hiện dự án cần phải thường xuyên trao đổi thông tin cũng như thực hiện việc báo cáo định kỳ cho cơ quan đầu mối ở thành phố là Liên hiệp. Qua đó, giúp UBND thành phố nắm bắt kịp thời những vấn đề liên quan đến các dự án viện trợ xảy ra trên địa bàn và có sự hỗ trợ cần thiết khi gặp phải những vấn đề phát sinh.