Để có thể thực hiện tốt việc QLNN về hoạt động của các tổ chức PCPNN thì không thể bỏ qua quá trình kiểm tra, giám sát. Quá trình này đòi hỏi phải được thực hiện thường xuyên dưới nhiều hình thức và mức độ khác nhau.
Tại TPHCM, việc kiểm tra, giám sát hoạt động của các tổ chức PCPNN và tiếp nhận viện trợ của các tổ chức PCPNN cũng được quan tâm thực hiện bằng nhiều hình thức khác nhau như
Một là, kiểm tra bằng hình thức trực tiếp. Các cơ quan QLNN chủ động trực tiếp gặp gỡ, làm việc với các tổ chức PCPNN, các đối tác Việt Nam hay địa phương nơi tổ chức PCPNN hoạt động; hoặc lập Đoàn đi kiểm tra liên ngành, thành phần đoàn thường gồm Liên hiệp (cơ quan thường trực Tổ công tác PCPNN) là trưởng đoàn và các thành viên là đại diện của các cơ quan thành viên Tổ công tác PCPNN, cán bộ địa phương nơi có hoạt động của các tổ chức PCPNN. Nội dung kiểm tra thường là kiểm tra giấy phép, việc tuyển dụng nhân viên, hoạt động của các tổ chức PCPNN; Kiểm tra việc thực hiện các chương trình dự án, tình hình quản lý và sử dụng viện trợ PCPNN tại các đơn vị, địa phương nơi có các chương trình dự án đang được triển khai….
Hai là, kiểm tra thông qua các đối tác Việt Nam. Là những cơ quan trực tiếp hợp tác và tiếp nhận viện trợ của các tổ chức PCPNN, nên các cơ quan đối tác Việt Nam sẽ chịu trách nhiệm chính trong việc kiểm tra, giám sát và đưa ra những đánh giá cụ thể về hoạt động của các tổ chức PCPNN, hiệu quả đem lại của chương trình dự án ở cấp cơ sở. Thông qua các đối tác Việt Nam các cơ quan quản lý có thể gián tiếp kiểm tra, đánh giá hoạt động của các tổ chức PCPNN.
Ba là, kiểm tra bằng hình thức gián tiếp. Bên cạnh đó, hoạt động kiểm tra, giám sát cũng được thực hiện bằng nhiều hình thức khác như đánh giá, phân tích, so sánh số liệu giữa các báo cáo của các tổ chức PCPNN và báo cáo của các đối tác Việt Nam; Tìm hiểu thông tin trên các phương tiện đại chúng, tìm hiểu thông tin qua ý kiến nhận xét, đánh giá của cơ quan quản lý địa phương nơi tổ chức PCPNN hoạt động và của những người dân trực tiếp hưởng lợi từ dự án.
Các hoạt động kiểm tra, giám sát đã giúp các cơ quan QLNN kịp thời phát hiện, nhắc nhở và chấn chỉnh những gì chưa được thực hiện đúng theo quy định của nhà nước cũng như hỗ trợ giải quyết những khó khăn, vướng mắc của các tổ chức PCPNN và các đối tác Việt Nam.