Nguyên nhân chủ quan. Tuy đã có sự quan tâm chỉ đạo sát sao của Thành ủy và UBND thành phố nhưng ở một chừng mực nào đó mức độ quan tâm của lãnh đạo ở cấp thấp hơn cũng như ở một số cơ quan sở ngành, quận huyện lại chưa tương xứng. Có thể thấy rõ điều này qua việc dù lãnh đạo thành phố đã có nhiều văn bản chỉ đạo, yêu cầu mọi hoạt động phối hợp và tiếp nhận viện trợ phải xin phép, chỉ được nhận khi đã được phê duyệt và có báo cáo đầy đủ nhưng không phải các sở ngành, quận huyện đều nghiêm túc thực hiện. Điều này một phần do QLNN về hoạt động của các tổ chức PCPNN là một lĩnh vực còn khá mới mẻ, phần khác do các cơ quan đơn vị này chưa thật sự quan tâm và có nhận thức đầy đủ về hoạt động của các tổ chức PCPNN.
Vẫn còn một số lãnh đạo có tâm lý không muốn hợp tác, tiếp nhận viện trợ PCPNN do quan niệm hoạt động của các tổ chức PCPNN là rất phức tạp, liên quan nhiều đến các yếu tố chính trị, an ninh nên tốt nhất là hạn chế không có quan hệ hợp tác để tránh phiền toái. Do đó, dẫn đến hệ quả là địa phương
không quan tâm đến việc tiếp nhận viện trợ và xây dựng kế hoạch vận động viện trợ
Sự thiếu đồng bộ và khác nhau về mô hình QLNN về hoạt động của các tổ chức PCPNN ở các địa phương cũng gây ra nhiều khó khăn trong việc quản lý hoạt động của các tổ chức PCPNN. Đối với các cơ quan quản lý cùng một văn bản quản lý được cơ quan cấp trên ban hành nhưng đối tượng tiếp nhận và xử lý văn bản ở địa phương lại khác nhau nên không tránh khỏi dẫn đến độ vênh trong áp dụng và thực hiện cụ thể. Trong khi đó đối với các tổ chức PCPNN, sẽ có sự so sánh về cách xử lý khác nhau ở các địa phương.
Về cơ quan quản lý chức năng, tại TPHCM dù chức năng, nhiệm vụ của cơ quan đầu mối QLNN về hoạt động của các tổ chức PCPNN là Liên hiệp đã được xác định cụ thể, rõ ràng nhưng vẫn chưa được quán triệt đầy đủ. Hậu quả dẫn tới là vẫn có một số cơ quan cho rằng Liên hiệp chỉ là một tổ chức đoàn thể, không có chức năng QLNN. Do đó, Liên hiệp thường gặp nhiều khó khăn trong công tác phối hợp, quản lý.
Môi trường pháp lý cho việc quản lý hoạt động của các tổ chức PCPNN trong thời gian qua còn chưa đầy đủ, thiếu ổn định và thiếu sự nhất quán. Các quy định pháp lý và văn bản hướng dẫn liên quan đến quản lý hoạt động của các tổ chức PCPNN còn chồng chéo, thiếu hoặc không rõ ràng. Trong khi đó, việc xây dựng, bổ sung, hoàn chỉnh hệ thống pháp luật và chính sách lại chưa theo kịp bước tiến nhanh chóng của lĩnh vực này. Điều này không chỉ gây ra những phức tạp, khó khăn cho các tổ chức PCPNN mà cho cả các cơ quan quản lý trong quá trình thực hiện.
Công tác đào tạo chuyên sâu nâng cao năng lực, bản lĩnh của cán bộ tham gia QLNN về hoạt động của các tổ chức PCPNN lại chưa được sự quan tâm chỉ đạo sâu sát. Lực lượng nhân sự làm công tác quản lý tại các cơ quan đầu mối còn mỏng chưa đủ đáp ứng yêu cầu công việc và đa số còn trẻ, chưa được đào tạo bồi dưỡng sâu về chuyên môn và có nhiều kinh nghiệm thực tế.
Bên cạnh đó, việc phải đầu tư quá nhiều thời gian vào việc xử lý các công việc hành chính nên việc đi cơ sở khảo sát, thu thập thông tin xây dựng dự án vận động, nắm tình hình hoạt động của các tổ chức PCPNN ở địa bàn còn hạn chế và từ đó dẫn đến hiệu quả quản lý đôi khi chưa cao.
Nhiều quận, huyện, sở ngành, đơn vị, đoàn thể của TPHCM không có bộ phận đầu mối chuyên trách QLNN về hoạt động của các tổ chức PCPNN hoặc nhân sự làm công tác quản lý PCPNN thường xuyên thay đổi. Do đó, không đảm bảo tính duy trì và hầu như không thể quản lý xuyên suốt các hoạt động, dự án triển khai thực hiện tại địa bàn của mình.
Do hạn chế về trình độ quản lý điều hành, khả năng ngoại ngữ và không nắm vững các quy định của nhà nước nên trong quá trình hợp tác nhiều đối tác Việt Nam đã để các tổ chức PCPNN quá lấn lướt, thậm chí gạt đối tác Việt Nam ra khỏi các quyết định về quản lý và thực hiện dự án. Cũng vì sự hạn chế về nguồn nhân lực nên khi dự án đã đi vào giai đoạn triển khai lâu dài và bền vững và các tổ chức PCPNN chuyển giao lại cho phía Việt Nam thì bị hẫng hụt về đội ngũ điều hành người Việt Nam và đôi khi chính vì lý do này mà có những dự án đã không thể tiếp tục duy trì được.
Nguyên nhân khách quan. Do trình độ phát triển kinh tế - xã hội của nước ta còn thấp, mặt bằng phát triển chung còn chưa đồng đều. Nguồn lực hỗ trợ cho công tác QLNN về hoạt động của các tổ chức PCPNN tại thành phố như tài chính, kỹ thuật, thông tin, cơ sở vật chất phục vụ cho công tác quản lý phần nào còn hạn hẹp. Cũng vì điều này, thành phố đã không thể đầu tư đầy đủ cho việc nghiên cứu sâu hơn về công tác PCPNN. Việc đánh giá tác động từ hoạt động của các tổ chức PCPNN; Dự báo, xây dựng các chính sách, chương trình, kế hoạch mang tính định hướng trong lĩnh vực này cũng như tổ chức thực hiện thanh tra, kiểm tra toàn diện; Tổng kết, đánh giá tình hình hoạt động của các tổ chức PCPNN… cũng gặp nhiều khó khăn.
Do sự phát triển mạnh mẽ không ngừng tăng lên về số lượng và mở rộng phạm vi hoạt động cũng như tính chất phức tạp của các tổ chức PCPNN, nên việc quản lý các tổ chức PCPNN càng trở nên phức tạp