Theo quy định của Luật Cạnh tranh, đối với các hành vi hạn chế cạnh tranh, Cục Quản lý cạnh tranh chỉ đảm nhận vai trò điều tra, thu thập, tìm kiếm thông tin, chứng cứ có liên quan đến một vụ việc; còn việc xét xử, xử lý, đưa ra các quyết định, giải quyết khiếu nại có liên quan đến vụ việc cạnh tranh thì do Hội đồng cạnh tranh đảm nhận.
"Hội đồng cạnh tranh do Chính phủ thành lập gồm từ 11 đến 15 thành viên do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm" [6]. Giúp việc cho Hội đồng cạnh tranh là Ban thư ký Hội đồng cạnh tranh do Bộ trưởng Bộ Thương mại (nay là Bộ Công Thương) ra quyết định thành lập.
Hội đồng cạnh tranh hoạt động theo Quy chế do Bộ trưởng Bộ Công Thương quyết định phê duyệt về nội dung và Hội đồng cạnh tranh ban hành.
Trên thực tế, hoạt động của Hội đồng cạnh tranh gặp phải một số khó khăn như sau:
Thứ nhất, Hội đồng cạnh tranh được tổ chức theo chế độ kiêm nhiệm.
Các thành viên Hội đồng do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm trên thực tế đều là các cán bộ là lãnh đạo, cán bộ cấp Bộ, cấp Vụ của nhiều Bộ, ngành khác nhau. Do vậy, ưu tiên về mặt thời gian, vị trí công tác cho công việc của Hội đồng thực chất còn nhiều hạn chế (mặc dù Quy chế tổ chức và hoạt động có quy định "yêu cầu các cơ quan chủ quản của cán bộ bố trí thời gian, công việc cho cán bộ"). Kinh nghiệm quốc tế cho thấy ở các nước có mô hình tổ chức cơ quan xét xử vụ việc cạnh tranh tương tự như Việt Nam, ngoài các cán bộ kiêm nhiệm thì Hội đồng cạnh tranh còn có chế độ chuyên trách do một số các chuyên gia trong lĩnh vực này (có thể là các giáo sư đại học, chuyên gia trong khu vực tư nhân…) phụ trách công việc là báo cáo viên cho Hội đồng trong các vụ việc cụ thể.
Hội đồng cạnh tranh của Việt Nam không có chế độ chuyên gia chuyên trách như vậy mà chỉ có chế độ thuê chuyên gia để tư vấn cho Hội đồng cạnh tranh trong trường hợp cần thiết. Như vậy, chuyên gia tư vấn có thể có chuyên môn và kinh nghiệm nghiên cứu các vấn đề cụ thể nhưng không thể đảm trách vai trò làm một báo cáo viên hay có vị trí, vai trò quan trọng như một thành viên của Hội đồng cạnh tranh.
Thứ hai, mặc dù Hội đồng cạnh tranh được tổ chức theo chế độ kiêm
do Hội đồng cạnh tranh hay cụ thể hơn là Hội đồng xử lý vụ việc (được thành lập theo Luật định với thành viên là 3 đến 5 thành viên của Hội đồng Cạnh tranh cho một vụ việc cụ thể) tiến hành nghiên cứu, ra quyết định. Tuy nhiên, các vụ việc cạnh tranh hầu hết đều là những vụ việc vô cùng phức tạp, có khối lượng thông tin, dữ liệu cần phải xử lý lớn, việc các thành viên Hội đồng xử lý vụ việc tự đảm trách các công tác phân tích, đánh giá, phản biện kết quả điều tra của cơ quan quản lý cạnh tranh là vô cùng khó khăn.
Hội đồng cạnh tranh có một cơ quan giúp việc là Ban thư ký Hội đồng cạnh tranh. Tuy nhiên, chức năng của Ban Thư ký Hội đồng cạnh tranh chỉ đơn thuần là một bộ máy giúp việc về mặt hành chính. Ban Thư ký Hội đồng cạnh tranh không có chức năng tư vấn về mặt chuyên môn đối với các vụ việc cạnh tranh cụ thể. Kinh nghiệm quốc tế cho thấy trong tổ chức của Hội đồng cạnh tranh cần có bộ máy nghiên cứu, đánh giá kết quả điều tra của cơ quan quản lý cạnh tranh là vô cùng cần thiết.