Tổ chức là giai đoạn triển khai thực hiện kế hoạch, chính là sự sắp đặt một cách khoa học những con người, những công việc một cách hợp lý. Bao gồm:
+ Giải thích, truyền đạt nhiệm vụ cho các bộ phận, các cá nhân thực hiện kế hoạch, quy định chức năng, quyền hạn cho từng bộ phận, từng cá nhân.
+ Phân bổ kinh phí và các điều kiện CSVC cho việc thực hiện kế hoạch. + Xác lập cơ chế phối hợp giữa các bộ phận và các thành viên. Thiết lập mối quan hệ quản lý, cơ chế thông tin.
+ Lập chương trình hành động.
+ Hiệu trưởng ra các quyết định thực hiện kế hoạch
Chỉ đạo về thực chất là những hành động xác lập quyền chỉ huy và sự can thiệp của người lãnh đạo trong toàn bộ quá trình quản lý, là huy động mọi lực lượng vào việc thực hiện kế hoạch và điều hành nhằm đảm bảo cho hoạt động
diễn ra trong kỷ cương, trật tự.
Việc chỉ đạo thực hiện kế hoạch bao gồm:
+ Chỉ huy, ra các quyết định để thực hiện các hoạt động một cách thuận lợi theo đúng chương trình và đạt được mục tiêu mong muốn.
+ Động viên, khích lệ mọi người khi họ gặp khó khăn, cần thiết có sự khen thưởng bằng vật chất.
+ Theo dõi và giám sát, điều chỉnh sửa chữa.
Trong quản lý trường học, HT đồng thời vừa là người thiết kế, đồng thời vừa là người thi công nên tổ chức thực hiện kế hoạch và chỉ đạo thực hiện kế hoạch là lúc đòi hỏi người HT kết hợp được tính khoa học và tính nghệ thuật của quản lý cùng những kinh nghiệm thực tiễn của bản thân.