Chúng ta có thể thấy rằng bất kỳ một doanh nghiệp nào khi thực hiện các hoạt động sản xuất, kinh doanh đều mong muốn tìm kiếm được càng nhiều lợi nhuận càng tốt. Vì thế trong những công việc và lĩnh vực thực sự quan trọng và cần thiết thì TCT mới chú trọng đầu tư và thực hiện nghiêm chỉnh các quy trình nghiệp vụ của nó. Còn những hoạt động ở những lĩnh vực mà TCT cho rằng ít ảnh hưởng trực tiếp đến giá trị lợi nhuận của TCT thì TCT thiếu đầu tư cả về nhân lực lẫn vật lực. Công tác lưu trữ tại Tổng công ty Đường sắt Viêt Nam cũng được xếp vào một trong các lĩnh vực ít được chú trọng. TCTĐSVN chưa bố trí cán bộ chuyên trách làm công tác lưu trữ mà hiện nay TCT mới chỉ bố trí cán bộ kiên nhiệm. Cán bộ làm công tác lưu trữ ơ đây không ổn định, thường xuyên bị thuyên chuyển nên có ảnh hưởng lớn đến công tác lưu trữ. Kho lưu trữ tại Tổng công ty chỉ quan tâm lưu trữ những tài liệu có giá trị quan trọng quyết định sự sống còn của TCT và ở đây chủ yếu lưu trữ những tài liệu về xây dựng các công trình, tài liệu kế toán...còn những tài liệu khác thì vẫn còn để bó gói hoặc đựng trong các thùng caton (Phụ lục 08). Từ đó, công tác lưu trữ tài liệu trong TCT với các phương pháp lưu trữ khác nhau, thiếu tính khoa học chưa thể phát huy được vai trò của mình trong việc góp phần tăng năng suất và lợi nhuận của doanh nghiệp. Thực tế đó đã làm cho các nhà lãnh đạo có những cân nhắc và chưa có những đầu tư thích đáng đối với công tác lưu trữ cũng như chưa có các chính sách xây dựng kho đúng tiêu chuẩn, tuyển dụng cán bộ lưu trữ chuyên trách,…
Tổ chức, quản lý công tác lưu trữ tại Tổng công ty Đường sắt Việt Nam đã lựa chọn phương pháp tổ chức theo mô hình quản lý tập trung thống nhất nhằm bảo quản an toàn khối tài liệu lưu trữ của mình, đây cũng là một tiêu chí để doanh nghiệp thiết kế, bố trí các bộ phận, đơn vị trong bộ máy quản lý của mình. Khi xây dựng hệ thống thông tin có tính cát cứ giữa các bộ phận sẽ giúp cho TCT dễ dàng tra cứu thông tin tài liệu lưu trữ phục vụ cho công việc của doanh nghiệp được nhanh chóng, thuận lợi. Vì vậy, không phải ngẫu nhiên TCT lựa chọn phương pháp tổ chức, quản lý công tác lưu trữ tài liệu theo hình tập trung, thống nhất.
Những hạn chế trong công tác lưu trữ tại Tổng công ty Đường sắt Việt Nam cũng còn xuất phát từ nhận thức chưa đầy đủ của các nhà lãnh đạo và cán bộ, nhân viên làm việc trong doanh nghiệp về giá trị của tài liệu lưu trữ. Bên cạnh đó, kinh phí để đầu tư cho công tác lưu trữ như xây dựng kho, bố trí cán bộ,… tương đối lớn, trong nhận thức của TCT lại chưa nhìn nhận được giá trị tiềm ẩn của tài liệu lưu trữ nên các nhà lãnh đạo TCT cho rằng đầu tư cho công tác lưu trữ không đem lại lợi nhuận. Từ đó, họ xem nhẹ công tác lưu trữ và chỉ chú trọng lưu trữ những tài liệu mà họ cho là quan trọng, các hoạt động tổ chức, quản lý công tác lưu trữ tại TCT dù còn hạn chế nhưng ảnh hưởng không lớn đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.