Bảo quản tài liệu lưu trữ là công tác tổ chức và thực hiện các biện pháp, trong đó chủ yếu là các biện pháp khoa học kỹ thuật để bảo vệ an toàn và kéo dài tuổi thọ cho tài liệu nhằm phục vụ tốt nhất cho công tác khai thác và sử dụng tài liệu trong hiện tại và tương lai.
Việc bảo quản an toàn TLLT của ĐSVN là cần thiết và tất yếu bởi khối tài liệu đó phần lớn là tài liệu về các công trình xây dựng cơ bản, thời hạn bảo quản của chúng thường là đồng thời hoặc có thể lâu hơn so với tuổi thọ công trình tùy vào mục đích sử dụng. Khối tài liệu càng lớn, càng phong phú về nội dung và có giá trị về nhiều mặt thì càng phải tố chức các điều kiện bảo quản cho tốt.
Hiện nay, toàn bộ TLLT của TCT đang được bảo quản tại 02 kho lưu trữ ở tầng 1 tại Tổng công ty. Tình trạng vật lý của tài liệu ở kho nhìn chung
không được tốt vì khối tài liệu trong kho lưu trữ là khối tài liệu cũ từ năm 1927 đến nay, tài liệu rất bụi bẩn, ẩm mốc do trước đó không có chế độ bảo quản tốt. Khối tài liệu hành chính, tài liệu khoa học kỹ thuật từ năm 1927 đến nay có 122m đã chỉnh lý. Diện tích kho lưu trữ không lớn (tổng diện tích là 140 m2) chỉ đủ để đặt các giá tài liệu, không có không gian để chỉnh lý tài liệu hoặc để tổ chức khai thác, sử dụng tài liệu nhưng khối tài liệu hành chính và tài liệu khoa học kỹ thuật vẫn được bảo quản riêng biệt. Hiện nay, diện tích kho đã quá tải, nhiều hộp tài liệu phải để dưới nền kho lưu trữ (cụ thể như tài liệu hoàn công dự án hệ thống thông tin tín hiệu đường sắt thống nhất đến năm 2000, các tài liệu của các phòng DA1, 2, 3 ). Điều kiện bảo quản này về trước mắt chưa gây hại gì đến tài liệu song về lâu dài nếu không có biện pháp bảo quản kịp thời thì chắc chắn khối tài liệu này sẽ bị hư hỏng bởi các tác động khách quan của môi trường. Năm 2009 Tổng công ty đã nộp vào Trung tâm lưu trữ Quốc gia III 09m tài liệu
Trang thiết bị phục vụ cho công tác bảo quản tài liệu tại Kho lưu trữ TCT gồm có: giá, hộp để tài liệu, văn phòng phẩm (giấy, bút, bìa hồ sơ,...). quạt thông gió, máy điều hòa, các thiết bị phòng cháy, chữa cháy, hệ thống chiếu sáng, máy vi tính, máy hút ẩm...Giá, hộp để tài liệu đều theo đúng tiêu chuẩn mới nhất do Cục Văn thư lưu trữ Nhà nước hướng dẫn, còn các dụng cụ khác trong việc bảo quản như: quạt thông gió, máy điều hòa, các thiết bị phòng cháy, chữa cháy, hệ thống chiếu sáng khá hiện đại, được bảo dưỡng có thể phục vụ tốt cho công tác bảo quản TLLT (Phụ lục 09).
TLLT khi được đưa vào bảo quản hầu hết đã được đóng hộp, trên mỗi cặp, hộp đều có dán nhãn ghi các thông tin cần thiết để tra tìm tài liệu được nhanh chóng. Tuy nhiên, có một số tài liệu là bản vẽ thiết kế các công trình được đóng thành những quyển (các khổ giấy A3, A2, A0) không thể gấp thành khổ A4 để xếp vào cặp, hộp tài liệu được thì được bọc giấy và trên đó cũng
dán nhãn ghi đầy đủ các thông tin để phục vụ tra tìm tài liệu. Các tài liệu sau khi đã được đưa vào cặp, hộp hoặc được bọc giấy sẽ được xếp lên giá theo nguyên tắc từ trái qua phải, từ trên xuống dưới trong mỗi khoang giá theo hướng người xếp tài liệu quay mặt vào giá. Khối tài liệu đã chỉnh lý được xếp riêng và đánh số theo trình tự. Còn khối tài liệu chưa chỉnh lý được xếp vào cặp bìa để lên giá và ghi là tài liệu chờ chỉnh lý (Phụ lục 06-07)