Lợi nhuận là chỉ tiêu quan trọng đánh giá hoạt động kinh doanh của bất kì một doanh nghiệp nào tham gia vào quá trình sản xuất kinh doanh nói chung và ngân hàng nói riêng. Tốc độ tăng trưởng của lợi nhuận phụ thuộc trực tiếp vào tăng trưởng của tổng thu nhập và tổng chi phí. Do đó, các ngân hàng luôn đặt ra vấn đề làm thế nào để tối đa hóa lợi nhuận và hạn chế rủi ro đến mức thấp nhất mà vẫn đảm bảo chấp hành đúng những qui định của NHNN và thực hiện được kế hoạch kinh doanh của mình.
Ta thấy lợi nhuận của ngân hàng không ngừng tăng lên qua các năm. Cụ thể, năm 2012 lợi nhuận này tăng lên 2.336 triệu đồng, đến năm 2013 tiếp tục tăng lên là 2.901 triệu đồng. Nguyên nhân là do tốc độ tăng trưởng không đồng đều của lợi nhuận và chi phí, tuy thu nhập và chi phí đều giảm qua các năm nhưng tốc độ giảm của tổng thu nhập thấp hơn tốc độ giảm của tổng chi phí. Tuy mức tăng này còn thấp nhưng qua đó có thể thấy sự nỗ lực của tập thể cán bộ ngân hàng trong tình hình kinh tế khó khăn vừa qua. Qua đó, có thể thấy hoạt động kinh doanh của ngân hàng khá tốt và khả quan trong tình hình khó khăn chung như hiện nay.
Trong các năm gần đây, hoạt động ngân hàng gặp nhiều khó khăn do các chi nhánh, PGD trên địa bàn cạnh tranh nhau không ngừng trong hoạt động kinh doanh tiền tệ của mình, điều này đã đem lại không ít áp lực và khó khăn cho PGD Ninh Kiều. Tuy nhiên, nhờ sự nỗ lực không ngừng của MHB Ninh Kiều với mục tiêu từ đầu là xây dựng được mối quan hệ lâu năm, thân thiết giữa khách hàng và ngân hàng đã làm cho ngân hàng có được lượng khách hàng thân thuộc ngày càng tăng và hình ảnh MHB Ninh Kiều ngày càng được nâng cao, chính điều này đã góp phần không nhỏ vào sự thuận lợi trong hoạt động kinh doanh của ngân hàng. Với tiêu chí phục vụ khách hàng thân thiện, nhiệt tình, tư vấn cho khách hàng khi có nhu cầu đã tạo cho PGD lượng khách hàng ổn định và tạo lòng tin đối với khách hàng trên địa bàn Tp. Cần Thơ.