- Việc xác định mục tiêu chưa sát thực, chưa phù hợp, dẫn đến việc tập chung nhiều cho mục tiêu thi HSG, thi vào ĐH; chưa thật chú trọng đến giáo dục năng khiếu theo lĩnh vực, giáo dục toàn diện. Đầu tư quá nhiều thời gian cho một môn học đã ảnh hưởng đến việc học tập của một số môn học khác.
- Chương trình, tài liệu cho môn chuyên chưa hệ thống và thiếu.
- Đất đai, CSVC còn nghèo nàn chưa đáp ứng được yêu cầu của công tác HSG.
- Mặc dù đã có cơ chế chính sách đối với GV và HS chuyên, song chưa đủ mạnh, đặc biệt đối với các tỉnh nghèo như Thái Bình.
- Phối hợp giữa GV và CMHS trong việc quản lý công tác bồi dưỡng HSG chưa được thường xuyên.
- GV mới chỉ quan tâm tới kết quả học tập cụ thể của HS mà chưa quan tâm tới điều kiện, cách học, quá trình tự học của HS. Khả năng tự học của phần nhiều HS còn yếu, các em vẫn ỷ lại trông chờ vào việc hướng dẫn của thầy cô, việc quản lý HS tự học trên lớp chủ yếu vẫn mang tính chât hành chính, chưa đi sâu quản lý về chất lượng.
71 - Đội ngũ giáo viên còn mỏng.
- Công tác đổi mới KTĐG còn hạn chế; chưa khuyến khích được GV và HS; đôi lúc chưa công bằng, thiếu khách quan; công tác kiểm tra còn nặng về hình thức, chưa được cải tiến, chưa thường xuyên...
- Sự liên kết giữa nhà trường với các trường ĐH thiếu chặt chẽ, khiến nhiều HS chuyên theo học các ngành trên ĐH ít liên quan đến năng khiếu của các em ở phổ thông.
- Trong công tác QL HDDH nói chung và HSG nói riêng, ta thấy tính kinh nghiệm nổi trội hơn tính khoa học.