Xuất phát từ cấu trúc kênh phân phối, các kho trung chuyển các vùng miền nhập sản phẩm từ trung tâm phân phối Big C và tiếp tục phân phối tới các cửa hàng trong hệ thống. Tại đây, sự mất cân bằng giữa các thị trường giữa các kho đã gây ra
xung đột giữa các kênh phân phối. Việc xung đột này nhằm kéo lợi nhuận về kho trung chuyển giữa các vùng miền và chính cửa hàng phân phối của hệ thống siêu thị Big C. Đến một mức độ nhất định, tình trạng tranh giành này làm cho năng lực tài chính của các trung tâm phân phối thủy hải sản suy kiệt kéo theo sự kém mặn mà với ngành hàng phân phối sản phẩm này. Hậu quả là mức cung ứng hàng hoá trên thị trường giảm sút đáng kể, mối liên kết giữa các thành viên kênh bị tan vỡ, hiệu quả của toàn bộ hệ thống kênh phân phối bị đe doạ. Tuy nhiên, Big C chưa có biện pháp để giải quyết xung đột. Thực trạng này ảnh hưởng rõ rệt tới niềm tin, sự tôn trọng của các siêu thị thành viên đối với trung tâm phân phối của Big C. Các xung đột chủ yếu trong hệ thống kênh phân phối của Big C thường là:
- Xung đột về mặt hàng: chẳng hạn như một vài sản phẩm không bán hết toàn khu vực mà chỉ bán một vài trọng điểm vì tùy theo khu vực cửa hàng và thói quen của người tiêu dùng mà trung tâm phân phối sẽ quyết định phân phối mặt hàng đó cho cửa hàng nào. Dẫn đến tình trạng tập trung khách hàng về cửa hàng đó và những siêu thị thành viên thuộc khu vực lân cận sẽ vắng khách, khiến cho doanh thu cũng như lợi nhuận giảm xuống.
- Xung đột về giá: bán sai giá hoặc giá khuyến mãi giữa các siêu thị không giống nhau điều này cũng ảnh hưởng đến doanh thu của siêu thị. Tuy Big C có bảng giá áp dụng chính thức cho các khu vực nhưng giá tại các siêu thị trong cùng khu vực hoặc giữa các khu vực lại khác nhau do việc thu mua từ các nguồn gốc khác nhau điều này đã gây sự xung đột và tranh giành khách hàng.
Xung đột này sẽ không tránh khỏi giữa các kho trung chuyển với nhau, giữa khách hàng với các siêu thị, giữa các nhân viên bán hàng với nhân viên bán hàng, giữa khách hàng với nhân viên bán hàng.