Thạnh Phú là huyện ven biển, hàng năm đều bị mặn xâm nhập sâu vào nội đồng trong các mùa khô, khi lưu lượng sông Cửu Long giảm thấp. Theo kết quả nghiên cứu của Ian White (2002), dòng chảy của sông Cửu Long trong mùa khô không đủ ngăn sự xâm nhập mặn và sự nhiễm mặn xảy ra trên một số diện tích đất ở ĐBSCL, do đó xâm nhập mặn có khả năng kéo dài nếu mưa
muộn. Theo số liệu quan trắc của Khí Tượng Thủy văn Bến Tre năm 2012 ở các trạm trên địa bàn huyện Thạnh Phú cho kết quả Bảng 2.1 sau:
Bảng 2.1 Kết quả quan trắc độ mặn sông Hàm Luông và Cổ Chiên năm 2012
Đơn vị tính độ mặn: ‰ Trạm Sông Tháng 2 2 3 3 4 4 5 6 6 Tiểu vùng Phú Khánh Hàm Luông I 3,8 7,6 8,5 6,1 1,5 An Thuận Hàm Luông II 19,2 25,2 24,9 17,5 10,4 Hương Mỹ Cổ Chiên I 2,7 3,8 8,8 2,2 1,0 Bến Trại Cổ Chiên II 19,3 24,6 25,0 19,0 11,1
(Nguồn: Trung tâm dự báo Khí tượng Thủy văn Bến Tre, 2012)
Độ mặn cao nhất thường xảy ra trong các tháng 3 và 4 trên cả hai sông Hàm Luông và Cổ Chiên đạt mức từ 10 - 20‰. Đầu tháng 4 năm 2013, Trung tâm Khí tượng Thủy văn Bến Tre thông báo ranh mặn 4‰ đã xâm nhập sâu vào đất liền khoảng 70 km; nước có độ mặn 1‰ bao phủ toàn tỉnh. Trên thực tế, các xã thuộc tiểu vùng I của huyện đã được đầu tư thủy lợi ngăn mặn và dẫn ngọt hoàn chỉnh, mỗi năm có 6 - 7 tháng nước ngọt, đủ bố trí sản xuất 2 vụ lúa, 1 lúa - 1 màu, hoặc chuyên màu. Tuy nhiên, vào mùa khô lưu lượng các sông Hàm Luông và Cổ Chiên bị cạn kiệt, bên ngoài đê bao độ mặn tăng cao, bên trong vùng ngọt hóa khô hạn thiếu nước tạo điều kiện đẩy nhanh tốc độ xâm nhập mặn, độ mặn có khi lên tới 4‰ ở những vùng ven tuyến đê bao ngọt hóa (UBND huyện Thạnh Phú, 2013). Đối với các xã thuộc tiểu vùng II có hệ thống đê bao chưa hoàn chỉnh thì bố trí chế độ canh tác vùng lợ 1 lúa - 1 tôm và nuôi trồng thủy sản tùy theo độ mặn và thời gian bị nhiễm mặn.
Nhìn chung, tình hình xâm nhập mặn khu vực ven biển vùng ĐBSCL có xu hướng ngày càng tăng, đặc biệt trên địa bàn huyện Thạnh Phú. Theo dự báo của kịch bản BĐKH mực nước biển có xu hướng dâng cao và xâm nhập mặn ngày càng tăng, tiểu vùng ngọt sẽ bị lợ, tiểu vùng lợ sẽ bị mặn và tiểu vùng mặn sẽ tăng nồng độ mặn. Qua thực tế, sự xâm nhập mặn đã tác động đến tính chất đất, giảm năng suất cây trồng, thay đổi môi trường sống vật nuôi.