Một là, chưa làm tốt công tác tuyên truyền, hỗ trợ đối tượng nộp thuế.
Mặc dù đã có nhiều cố gắng trong việc cung cấp thông tin, hỗ trợ pháp luật cho ĐTNT nhưng công tác tuyên truyền, hỗ trợ pháp luật thuế tại Chi cục Hải quan Ninh Bình vẫn còn có một số hạn chế nhất định, đặc biệt là trước khi Luật Quản lý thuế có hiệu lực. Những hạn chế đó là:
+ Hình thức tuyên truyền hỗ trợ còn đơn điệu, chủ yếu là thuyết trình phổ biến văn bản mới, số lượt được phổ biến hẹp, thời gian ngắn (tối đa là 01 ngày/01 Luật). Hình thức truyên truyền qua mạng tuy đã có những bước đột phá, song còn đơn điệu, nghèo nàn.
+ Nội dung tuyên truyền tuy đã được chú trọng nhưng chưa sát với yêu cầu. Hầu hết vẫn chỉ là phổ biến lại quy định của pháp luật mà chưa giải thích rõ bản chất của quy định đó nên chất lượng tuyên truyền chưa cao, người nộp thuế chưa hiểu và chưa nắm hết được quy định của pháp luật. Do chưa hiểu được bản chất của sự việc, quyền lợi trách nhiệm của mình, nên còn khai sai, thiếu trung thực, chây ỳ, gian lận, trốn tránh thuế. Cá biệt có những DN nộp nhầm sắc cho một tờ khai hoặc không biết phân loại mã số cho hàng hoá NK nên đã kê khai nộp theo mức thuế suất thuế NK cao trong khi theo quy định của Biểu thuế NK mặt hàng đó lại thấp hơn.
+ Ngành Hải quan chưa có bộ máy độc lập, đủ mạnh; trình độ tổ chức, thực hiện công tác truyên truyền, hỗ trợ của cơ quan hải quan còn hạn chế và chưa được thực hiện theo quy trình, chuẩn mực chung.
Những tồn tại, hạn chế trên đây cần sớm được khắc phục theo hướng bảo đảm phù hợp với nhu cầu của người nộp thuế và chuẩn mực quốc tế. Đối tượng nộp thuế cần được coi là khách hàng và cơ quan hải quan là đơn vị cung cấp dịch vụ. Đối tượng nộp thuế đánh giá cơ quan hải quan thông qua việc cung cấp thông tin hỗ trợ pháp luật cho họ (được đối tượng nộp thuế hài lòng và tin tưởng ở chất lượng phục vụ hay không) trên cơ sở đó đánh giá một trong các tiêu chí về cơ quan hải quan văn minh, hiện đại.
Hai là, phương pháp kiểm tra các căn cứ tính thuế hiện nay chưa phù hợp với yêu cầu mới, cụ thể:
+ Việc kiểm tra trị giá tính thuế chủ yếu dựa vào hồ sơ mà chưa chú ý đến sự bất hợp lý của mức giá khai báo. Tham vấn chưa có trọng điểm, trọng tâm.
+ Kiểm tra C/O lâu nay thường chỉ là kiểm tra tính hợp lệ về mặt hình thức của C/O mà ít chú ý đến yêu cầu chủ yếu của tiêu chuẩn của C/O. Việc kiểm tra, phát hiện chống C/O giả rất phức tạp. Nguyên nhân do người có thẩm quyền trong việc ký C/O ở các nước thuộc khu vực ưu đãi thuế quan diễn ra thường xuyên, mà cơ quan chức năng Việt Nam lại không thể cập nhật kịp thời chữ ký. Việc kiểm tra, đối chiếu các bản đăng ký chữ ký trên C/O cũng gặp nhiều khó khăn và mất nhiều thời gian do tờ khai đã trải qua sao chụp nhiều lần. Trong trường hợp có nghi ngờ, phát hiện gian lận về C/O nhập khẩu từ các nước có ưu đãi thuế quan, cơ quan hải quan sẽ phải
gửi công văn sang cơ quan có thẩm quyền cấp C/O của nước xuất khẩu hàng hoá đó để yêu cầu kiểm tra.
+ Chưa xây dựng được hệ thống tra cứu mã số thuế hàng hoá khoa học và thuận tiện. Các nguyên tắc chung của hệ thống hài hoà mô tả và mã hàng hoá rất rõ ràng nhưng khó áp dụng thống nhất trong tất cả các trường hợp. Thực tế việc áp mã số thuế lại phụ thuộc nhiều vào nhận thức của từng cá nhân. Do đó, cùng một mặt hàng nhưng tại các đơn vị hải quan khác nhau lại phân loại và áp mã số thuế khác nhau.
+ Chưa chú ý đến việc tổng hợp và lưu giữ kết quả phân tích phân loại của cơ quan phân tích, phân loại và các mã thường xuyên xuất nhập khẩu qua địa bàn quản lý nên việc áp mã số đôi khi bị chậm trễ.
Ba là, chưa thực hiện quyết liệt công tác đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế.
Có thể nói công tác thu hồi nọ đọng thuế là một nhiệm vụ khó khăn, phức tạp và nhạy cảm của ngành Hải quan. Lãnh đạo Chi cục coi đây là nhiệm vụ trọng tâm, là giải pháp tăng nguồn thu NSNN. Tại Chi cục Hải quan Ninh Bình đã triển khai thực hiện các biện pháp đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế, phối hợp với các cơ quan chức năng đôn đốc thu hồi nợ đọng, bên cạnh kết quả đạt được, công tác đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế vẫn còn nhiều tồn tại. Nguyên nhân của nợ đọng tăng cao là do:
+ Nhiều ĐTNT thay đổi địa chỉ nhưng không thông báo cho các cơ quan hữu quan, gây khó khăn cho cơ quan hải quan trong việc thực hiện các biện pháp đôn đốc, thu hồi nợ đọng thuế ;
+ Khi cơ quan hải quan đôn đốc nợ thuế, hầu hết các ĐTNT chây ỳ đều cam kết trả nợ thuế nhưng sau đó lại không thực hiện cam kết hoặc trả nợ thuế rất ít so với số nợ ;
+ Trường hợp ĐTNT nợ tiền phạt chậm nộp thuế lớn hơn số thuế phải nộp thì việc thu hồi nợ lại càng khó khăn. Bởi vì nhiều trường hợp nợ đọng được cơ quan hải quan chuyển hồ sơ sang cơ quan công an nhưng cơ quan công an lại trả lời là chưa đủ yếu tố cấu thành tội phạm.
+ Một số trường hợp theo dõi nợ thiếu chính xác, không thống nhất.
+ Hiện nay tại Chi cục có tổ đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế nhưng chưa có lực lượng chuyên trách. Tuy nhiên cán bộ, công chức thực hiện nhiệm vụ này chủ yếu là kiêm nhiệm, nên hiệu quả hoạt động chưa cao.
+ Trình độ công chức làm công tác đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế còn hạn chế, chưa chuyên sâu, số lượng còn thiếu chưa đáp ứng được công tác đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế hiện nay.
Bốn là, quy trình Phúc tập hồ sơ và nắm tình hình thông tin doanh nghiệp phục vụ cho công tác Kiểm tra sau thông quan và thanh tra thuế hiện nay chưa đổi mới.
Hiện tại Hải quan Việt Nam chưa có tình báo hải quan, nên việc thu thập thông tin về giá người bán (giá FOB) gặp nhiều khó khăn. Hiện tượng thanh toán bằng tiền mặt trong giao dịch hoạt động xuất nhập khẩu còn khá phổ biến; hệ thống quản lý hóa đơn chứng từ bán hàng của các DN và cơ sở sản xuất kinh doanh chưa chặt chẽ; có tình trạng một số DN liên kết ngầm với nhau, thông tin cho nhau để cùng khai giá thấp để trốn thuế... nên việc kiểm soát, quản lý, đấu tranh, cũng như xác minh đối với các lô hàng có dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan, gian lận thương mại gặp nhiều trở ngại.
Năm là, hạn chế về chất luợng đội ngũ cán bộ, công chức.
Năng lực cán bộ, công chức còn hạn chế, chưa đáp ứng được yêu cầu. Nghiệp vụ phân tích, phân loại để áp mã số thuế, cũng như xác định giá tính thuế đòi hỏi phải có kiến thức tổng hợp, chuyên sâu. Trong khi đó, trên thực tế, trình độ chuyên môn của đội ngũ công chức hải quan trực tiếp đảm nhiệm công tác kiểm tra thu thuế, tính thuế chưa đồng đều, chưa đáp ứng được yêu cầu thực tế. Vì vậy, việc áp nhầm thuế suất, áp nhầm giá, áp dụng chính sách thuế không đúng, không cập nhật thông tin về những mặt hàng mới của công chức hải quan trong quá trình thực hiện nhiệm vụ cũng là một trong những nguyên nhân dẫn đến nhiều khó khăn trong việc thu hồi nợ đọng.
Sáu là, hệ thống cơ sở vật chất chưa đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ và hệ thống thông tin về cơ sở dữ liệu còn nghèo nàn, cụ thể:
+ Hệ thống cơ sở vật chất thiếu đồng bộ, trang thiết còn lạc hậu. Đặc biệt là tại Chi cục, trụ sở làm việc còn chật hẹp, nhà công vụ còn thiếu. Hệ thống máy móc trang thiết bị chuyên dụng còn thiếu Cân điện tử, máy đo vải, dụng cụ kiểm hoá ... Hệ thống máy tính được trang bị, phần lớn đã xuống cấp, cũ hỏng...
+ Có thể nói rằng hệ thống thông tin về cơ sở dữ liệu hiện hành mà cơ quan hải quan đã
và đang thu thập, sử dụng là căn cứ vô cùng quan trọng để xác định thời hạn nộp thuế, áp dụng biện pháp cưỡng chế, phân loại hồ sơ hoàn thuế, kiểm tra, hỗ trợ cho việc xác định trị giá tính thuế cho hàng hoá nhập khẩu hoặc quyết định hình thức, mức độ kiểm tra. Nhưng, do hệ thống dữ liệu hiện hành cơ bản được cập nhật từ các thông tin khai báo trên hồ sơ hải quan, rất ít thông tin qua kiểm tra hoặc thu thập từ các nguồn khác, nên còn nghèo nàn, độ tin cậy thấp. Một số nguồn thông tin chưa được phân tích, xử lý, đánh giá mức độ tin cậy theo mức độ rủi ro trước khi khai thác sử dụng nên hiệu quả thấp. Một số thông tin dữ liệu chưa được cập nhật kịp thời hoặc còn sơ sài, mang tính chiếu lệ, không có cơ sở phân biệt dẫn đến tình trạng rất “thiếu thông tin” song lại có “thông tin thừa” do không thể sử dụng được. Năng lực thu thập, xử lý thông tin của cán bộ làm công tác thu thập xử lý thông tin còn rất yếu.
+ Một số thông tin trong hệ thống dữ liệu GTT22 không rõ ràng, minh bạch, do đó cơ quan hải quan không thể sử dụng để so sánh, kiểm tra trị giá khai báo, tham vấn và xác định giá. Đây là một trong những nguyên nhân sâu xa dẫn đến hiệu quả của công tác kiểm tra trị giá khai báo, tham vấn còn thấp, tỷ lệ bác bỏ trị giá khai báo chỉ đạt từ 35 đến 40% tổng số lô hàng tham vấn trong khi xu hướng khai báo trị giá thấp ngày càng gia tăng. Việc chỉ sử dụng nguồn thông tin do doanh nghiệp khai báo như hiện nay để kiểm tra trị giá khai báo, tham vấn và xác định trị giá vô hình dung đã “hợp thức hoá” cho tình trạng gian lận thương mại vì các doanh nghiệp đều đồng loạt khai báo trị giá giao dịch thấp.