Năm 2001, Luật Hải quan ra đời có hiệu lực 01/01/2002 và được sửa đổi năm 2005 để phù hợp với quá trình hội nhập kinh tế quốc tế và cơng tác hiện đại hố hải quan, cùng với việc thực hiện các cam kết quốc tế từng bước thực hiện trị giá hải quan theo hiệp định chung về thuế quan và thương mại (GATT), giảm mạnh thuế quan để thực hiện các cam kết trong Khu vực mậu dịch tự do ASEAN (AFTA), Tổ chức thương mại thế giới (WTO), Hiệp hội các quốc gia Đơng Nam á (ASEAN)... thì thuế XK, thuế NK chiếm tỷ trọng ngày càng nhỏ trong tổng nguồn thu NSNN. Nhưng nhờ kết quả của việc cải cách thủ tục hành chính và đổi mới phương pháp quản lý đã tạo điều thuận lợi cho hoạt động thương mại, đồng thời tăng cường các biện pháp chống thất thu, chống nợ đọng thuế nên từ năm 2006 đến nay, kết quả thu ngân sách tại Chi cục Hải quan Ninh Bình ln đạt hiệu quả cao. Chi cục đã thu vượt chỉ tiêu trong nhiều năm, góp phần rất lớn vào số thu của Cục Hải quan Thanh Hoá (bảng 2.7).
Bảng 2.7. Số thu thuế XK, thuế NK của Chi cục Hải quan Ninh Bình và Cục Hải quan Thanh Hoá từ năm 2006 - 2011
Đơn vị tính: tỷ đồng Năm Số thu thuế của Chi cục
HQNB
Số thu thuế của Cục Hải
quan Thanh Hóa So sánh
2006 87,2 158,8 bằng 55%
2007 142,5 262,9 bằng 55%
2008 473,6 698,4 bằng 67,8%
2010 653,2 1.031 bằng 63,4%
2011 600,5 1.661 bằng 36,2%
Nguồn: Cục Hải quan Thanh Hoá báo cáo tổng kết qua các năm [26]
Năm 2006, có rất nhiều chính sách mới liên quan đến hoạt động hải quan mà khi triển khai các văn bản đó đến Chi cục Hải quan Ninh Bình đã gặp rất nhiều khó khăn. Đây cũng là năm mà u cầu cơng tác cải cách và hiện đại hố hải quan được triển khai rất ráo riết. Chi cục Hải quan Ninh Bình phải đầu tư nhân lực, trí tuệ, thời gian ... vào cơng tác này. Do năm 2006, là năm bản lề, các DN ém quân chờ đợi Việt Nam gia nhập WTO sẽ có mức thuế quan giảm nên số thu thuế NK năm 2006 tăng không đáng kể so với năm 2005. Năm 2007, Việt Nam là thành viên của WTO, nhiều mặt hàng phải cắt giảm thuế nhập khẩu theo cam kết, kinh tế đất nước vẫn tiếp tục phát triển theo hướng đẩy mạnh XK, tạo thơng thống cho các hoạt động đầu tư, nên hoạt động xuất nhập khẩu làm thủ tục thông quan tại Chi cục tăng mạnh. Mặc dù thuế suất nhập khẩu của rất nhiều mặt hàng phải cắt giảm so với năm 2006, nhưng nhờ cán bộ của Chi cục tích cực kiểm tra, giám sát nên số thu từ thuế XK, thuế NK tại Chi cục vẫn cao, nguồn thu chủ yếu là thuế NK.
Trong những năm 2008 - 2010, đây là những năm mà Chi cục Hải quan Ninh Bình đã cải cách thủ tục hành chính, tạo thuận lợi cho các DN về làm thủ tục, tăng cường đấu tranh chống buôn lậu và gian lận thương mại thông qua các hoạt động kiểm tra giá tính thuế, kiểm tra thực tế hàng hố, phúc tập hồ sơ hải quan, tích cực đơn đốc nợ đọng thuế nên số thu từ thuế nhập khẩu tăng vọt. Chi cục Hải quan Ninh Bình ln có số thu ngân sách cao trong các đơn vị thuộc Cục Hải quan Thanh Hoá. Với kết quả thu thuế đạt được như vậy, đã chứng tỏ Chi cục Hải quan Ninh Bình đã đi đúng hướng và có hiệu quả trong lĩnh vực quản lý về hải quan nói chung và thu thuế XK, thuế NK nói riêng.