- Về đối tượng nộp thuế.
Tại Chi cục Hải quan Ninh Bình số DN nợ thuế q hạn cịn chiếm tỷ lệ cao (khoảng 11% trên tổng số DN làm thủ tục hải quan qua địa bàn Ninh Bình). Như vậy cùng với số DN làm thủ tục hải quan trong thời gian qua khơng ngừng tăng nhanh thì số DN nợ thuế khơng tìm thấy địa chỉ, DN phá sản, ngừng hoạt động, mất tích cũng tăng lên đáng kể. Việc cập nhật theo dõi thơng tin về DN cịn nhiều hạn chế nên chưa thể chủ động đưa ra các biện pháp áp dụng phù hợp với từng loại DN.
Dấu hiệu gian lận qua căn cứ tính thuế ngày càng tinh vi, khó phát hiện. Tình trạng này sẽ dẫn đến sự cạnh tranh không lành mạnh giữa các DN chấp hành tốt pháp luật hải quan và các DN lợi dụng kẽ hở của chính sách, pháp luật của Nhà nước để trục lợi bất chính.
Các hình thức gian lận qua các căn cứ tính thuế trong thời gian qua là: gian lận qua giá tính thuế, gian lận qua xuất xứ hàng hố, mã số hàng hoá, số lượng hàng hố... Thực tế cơng tác quản lý căn cứ tính thuế nổi lên một số hạn chế sau:
+ Công tác tham vấn và xác định giá tính thuế chưa đạt hiệu quả cao; đa số chấp nhận trị giá khai báo sau khi tham vấn. Tổ chức tham vấn chủ yếu dựa trên một khuôn mẫu nhất định nên các biên bản tham vấn hầu như giống nhau; chưa chủ động, sáng tạo trong quá trình tham vấn, chưa làm nổi bật những mâu thuẫn, những nghi ngờ của cơ quan hải quan đối với trị giá khai báo của DN.
+ Một số công chức thực hiện công tác kiểm tra hồ sơ ban đầu và cập nhật dữ liệu khai báo cịn mang tính hình thức, chưa đầy đủ; việc kiểm tra khai báo của DN đơi lúc cịn chưa chặt chẽ, cịn để xảy ra sai xót, chưa phát hiện kịp thời sự bất hợp lý của mức giá khai báo để tham vấn, bác bỏ.
+ Việc kiểm tra, phát hiện các chứng từ làm giả như: hoá đơn thương mại, xuất xứ hàng hố... cịn hạn chế.
- Về tình trạng nợ đọng thuế còn tăng cao, phức tạp, dây dưa kéo dài.
Qua phần số liệu thực trạng cho ta thấy tình hình nợ đọng tại Chi cục Hải quan Ninh Bình tăng lên hàng năm. Cụ thể tính đến ngày 31/12/2011, tổng số nợ thuế quá hạn tại Chi cục Hải quan Ninh Bình là: 19,384 tỷ đồng so với năm 2006, tổng số nợ thuế tăng 2,4 lần, số DN nợ thuế tăng 2,2 lần. Điều này đã chứng tỏ công tác đôn đốc thu hồi nợ đọng thuế tại Chi cục Hải quan Ninh Bình chưa có hiệu quả, tình trạng nợ thuế quá hạn phát sinh cao [19].
- Về vai trò của công tác phúc tập hồ sơ hải quan.
+ Chưa coi phúc tập là khâu quan trọng của kiểm tra hồ sơ hải quan thay cho kiểm tra trong thông quan; khả năng phát hiện các chứng từ bất hợp pháp và gian lận trong phúc tập còn thấp.
+ Chưa xây dựng được cẩm nang phục vụ cho công tác kiểm tra sau thông quan và thanh tra thuế. Chưa thật nhạy bén, năng động trong hoạt động và chỉ đạo hoạt động nghiệp vụ. Cán bộ làm công tác phúc tập hồ sơ chưa có nhiều kinh nghiệm do thường xuyên phải luân chuyển công tác theo quy định của Ngành. Thiếu các kỹ năng hành chính như lập biên bản, xác định hành vi vi phạm, xử lý vi phạm, giải quyết khiếu nại ...