Việc quản lý số lượng hàng hoá được thông qua kiểm tra thực tế hàng hoá XK, NK. Kiểm tra thực tế hàng hoá do cán bộ hải quan thực hiện với nội dung kiểm tra: kiểm tra đối chiếu thực tế hàng hoá XK, NK với nội dung khai trên tờ khai hải quan và chứng từ của bộ hồ sơ hải quan về: tên hàng, mã số thuế, số lượng hàng hoá, chất lượng hàng hoá, C/O ... Việc kiểm tra thực tế hàng hoá được thực hiện bằng các máy móc, thiết bị: cân điện tử, ... hoặc bằng phương pháp thủ công. Sau khi có kết quả kiểm tra thực tế hàng hoá, cán bộ hải quan phải ghi kết luận kiểm tra và xử lý kết quả kiểm tra theo quy định.
Tại Chi cục Hải quan Ninh Bình do chưa được trang bị đồng bộ và đầy đủ máy móc, thiết bị hiện đại, chuyên dụng, nên việc kiểm tra thực tế hàng hoá chủ yếu thực hiện bằng phương pháp thủ công. Do đó ảnh hưởng không nhỏ đến kết quả kiểm tra. Nhận thức được việc khai thuế của ĐTNT là một khâu quan trọng nên Chi cục Hải quan Ninh Bình đã đề ra nhiều biện pháp như :
- Chủ động triển khai khai báo hải quan từ xa (năm 2009), đây là bước đệm quan trọng để Chi cục Hải quan Ninh Bình tiến tới thông quan điện tử vào năm 2012.
- Tăng cường công tác tập huấn cho cán bộ, công chức tham vấn giá kỹ năng cần thiết về nghiệp vụ. Lựa chọn cán bộ, công chức có năng lực trình độ để bố trí làm công tác thuế giá nhằm hạn chế đến mức thấp nhất tình trạng gian lận thuế qua giá, đồng thời hướng dẫn DN khai báo giá tính thuế đúng quy định.
- Công khai các văn bản có liên quan đến lĩnh vực khai thuế để DN nắm vững nghiệp vụ tại bàn làm thủ tục của Chi cục.
- Chi cục đã xây dựng nhiều chuyên đề như chuyên đề “Chống gian lận thương mại qua giá”, thành lập “Tổ giải quyết vướng mắc cho doanh nghiệp” ...
- Xây dựng và đưa vào áp dụng thành công chương trình hỗ trợ kiểm tra hồ sơ và tính thuế.
- Tập huấn và phổ biến triển khai thực hiện Luật Thuế XK, thuế NK, Luật Quản lý Thuế và các văn bản có liên quan cho cán bộ công chức trong Chi cục.
- Thực hiện hướng dẫn doanh nghiệp áp dụng đúng các mức thuế suất của các nước mà Việt Nam tham gia ký kết công ước quốc tế. Do mức thuế suất này thường xuyên thay đổi nên tại Chi cục bố trí cán bộ hướng dẫn khai báo thuế cho DN.
- Cập nhật thường xuyên, quán triệt đến từng cán bộ công chức việc thay đổi thuế suất của từng nhóm mặt hàng để mỗi cán bộ công chức nắm vững và áp dụng trong công việc hàng ngày nhằm thu đúng, thu đủ thuế đồng thời góp phần thực hiện đúng cam kết quốc tế mà Việt Nam đã ký kết trong lĩnh vực thuế.