- Thuế giá trị gia tăng đầu vào đã được khấu trừ hoặc hoàn; thuế TNDN; thuế thu nhập cá nhân.
c)Về kê khai, kế toán thuế
Cục thuế thành phố Hà Nội đã triển khai thực hiện tốt ứng dụng kê khai mã vạch hai chiều, kê khai qua mạng Internet nhằm giảm thiểu thời gian, chi phí, nhân lực cho người nộp thuế và cả cơ quan thuế, đồng thời cũng hạn
chế sai lỗi số học khi kê khai, giúp người nộp thuế nộp tờ khai đúng thời hạn. Đồng thời Cục Thuế Hà Nội cũng tăng cường công tác đôn đốc nộp tờ khai, kiểm tra, kiểm soát việc kê khai thuế của người nộp thuế, phát hiện ngay các trường hợp kê khai không đúng, không đủ, không kịp thời số thuế phải nộp để có các biện pháp chấn chỉnh, xử lý kịp thời. Cục Thuế cương quyết áp dụng các biện pháp xử lý phạt vi phạm hành chính trong kê khai thuế, thực hiện ấn định thuế theo quy định của Luật quản lý thuế. Do vậy trong thời gian qua, đại đa số người nộp thuế chấp hành tốt việc kê khai, nộp thuế kịp thời, sát số phát sinh, tỷ lệ người nộp thuế đã nộp tờ khai đúng hạn trên số người nộp thuế phải nộp tờ khai đạt trên 94% số tờ khai sai lỗi số học, số người nộp thuế nộp chậm (hoặc không nộp tờ khai) ngày càng giảm.
Năm 2010, số doanh nghiệp kê khai có thuế thu nhập doanh nghiệp 23.869 (chiếm 40,7% doanh nghiệp nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp), tổng số lãi: 136.817 tỷ đồng, thuế thu nhập doanh nghiệp phát sinh: 27.232 tỷ đồng. Số doanh nghiệp kê khai lỗ: 34.703 (chiếm 59,3%% doanh nghiệp nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp), tổng số lỗ: 39.706 tỷ đồng.
Năm 2011 có: 23.730 doanh nghiệp kê khai có thuế thu nhập doanh nghiệp (chiếm 35,8% doanh nghiệp nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp, bằng 99,4% doanh nghiệp có thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2010); Tổng số lãi: 142.655 tỷ đồng; Thuế T thu nhập doanh nghiệp phát sinh: 34.058 tỷ đồng. Số doanh nghiệp kê khai lỗ là 42.451doanh nghiệp (chiếm 64,1% doanh nghiệp nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp, số doanh nghiệp lỗ tăng 22% so năm 2010); tổng số lỗ: 42.045 tỷ đồng [20].
Trong quý I năm 2012, có 17.775 doanh nghiệp kê khai có thuế thu nhập doanh nghiệp (chiếm 24% doanh nghiệp nộp tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp, bằng 75% năm 2010); Tổng số lãi: 47.398 tỷ đồng; Thuế thu nhập doanh nghiệp phát sinh: 9.814 tỷ
đồng, chỉ bằng 84% bình quân quý năm 2011. Số doanh nghiệp kê khai lỗ là 55.299 doanh nghiệp (chiếm tỷ trọng 76% doanh nghiệp nộp tờ khai thuế, số doanh nghiệp lỗ tăng 30% so với năm 2011); Tổng số lỗ: 14.100 tỷ đồng [21].
Qua số liệu thống kê trên cho thấy kết quả của việc thực hiện tốt công tác quản lý, kiểm tra, kiểm soát kê khai thuế, nộp thuế của cơ quan thuế và công tác hạch toán kế toán thuế TNDN của người nộp thuế đã được chú trọng đã tác động tích cực đến số thu thuế TNDN trên địa bàn Hà Nội. Điều đó chứng tỏ với quy định của Luật thuế TNDN hiện hành, việc tính đúng số thuế TNDN trên nguyên tắc phải có hóa đơn chứng từ đã góp phần thúc đẩy các doanh nghiệp, người kinh doanh phải chú trọng tổ chức thực hiện tốt hơn công tác hạch toán kế toán.