Trong những năm gần đây, các nhà khoa học đã giải mã trình tự gen phytase của một số chủng vi sinh vật. Gen mã hóa phytase từ Apergillus niger var. awamori
tự phyA này có độ tương đồng 65% với gen phytase của A. fumigatus, 62% của A. terrus, 62% của Emericella nidulans, 61% của Thermus thermophilus và 46% của
Methanosaeta thermophila. Protein PhyB của A. niger NRRL 3135 có 99% trình tự axit amin tương đồng với protein tương ứng của A. niger var. awamori. Tuy nhiên hai loại phytase của A. niger NRRL 3135 (PhyA và PhyB) lại chỉ có 25% độ tương đồng về axit amin [98].
Gen phytase của E. coli và của chuột không có nhiều trình tự tương đồng với gen của A. niger. Tuy nhiên, chúng lại có cùng trình tự bảo thủ mã hóa cho trung tâm hoạt động của enzyme [144]. Thêm vào đó, chúng cùng mã hóa histidine và axit aspartic ở đầu C, những axit amin này tham gia trực tiếp vào phản ứng enzyme. Những phytase này được xếp vào nhóm histidine axit phosphatase. Hai đoạn gen mã hóa phytase của ngô là PHYTI và PHYTII có trình tự gần giống nhau nhưng lại rất khác biệt với các gen phytase khác. Tuy nhiên, khi phân tích vùng gen mã hóa 33 axit amin của PHYTI và PHYTII, Maugenest và cộng sự (1997) cũng tìm được sự tương đồng với phytase của A. niger. Vùng gen này có lẽ là điểm nhận biết vị trí cắt nhóm phosphate trong axit phytic [76].
David và cộng sự (1997) đã xác định hai đoạn gen mã hóa phytase từ hai loại nấm khác nhau là A. terreus và Myceliophthora thermophila. Khi so sánh với gen
phyA của A. niger cho thấy: phyA tương đồng tới 60% đối với gen mã hóa phytase của A. terreus và 48% với gen mã hóa phytase của M. thermophila [25]. Gen mã hoá phytase của B. amyloliquefaciens tương đồng 72% với gen ở B. subtilis. Gen phytase của Enterobacter sp. có độ tương đồng 30-38% với Chryseobacterium meningosepticum và Streptococcus equisimilis, đặc biệt ở vị trí mã hóa lysine và tryptophan [98]. Phytase từ B. subtilis VTT E-68013 (phyC) không có điểm tương đồng với các phytase khác, nó cũng không chứa trình tự axit amin bảo thủ RHGXRXP, mã hóa trung tâm hoạt động của các phytase đã được công bố. Tuy nhiên, enzyme này thể hiện hoạt tính phân cắt liên kết phosphodiester trong axit phytic. Có thể đây là một loại enzyme mới [55].