Quá trình sản xuất phytase được tập trung ở một số loài nấm trong quá trình lên men pha rắn hay lên men chìm, trong đó các loài nấm thuộc chi Aspergillus
được sử dụng rộng rãi hơn cả (Wyss và cộng sự, 1999a, b; Martin và cộng sự, 2003), bên cạnh đó một số loài nấm ưa nhiệt trung bình khác như Mucor racemosus
và Rhizopus oligosporus (Sabu và cộng sự, 2002; Bogar và cộng sự, 2003), hoặc các loài nấm chịu nhiệt như Thermoascus aurantiacus cũng được sử dụng trong quá trình sản xuất phytase [64, 65, 149].
Một số loài nấm men thuộc nhóm methylotroph như Pichia pastoris hoặc
Hansenula polymorpha cũng có khả năng sinh tổng hợp một lượng lớn phytase. Quá trình sản xuất phytase có thể được tăng cường nhờ quá trình tối ưu hóa các điều kiện nuôi cấy, hàm lượng oxy cung cấp trong suốt quá trình nuôi cấy, sự lấy đi các sản phẩm thừa cũng như sự thay đổi về cấu trúc gen phytase và các peptide tín hiệu [64, 65, 149].
Lan và cộng sự (2002) đã nghiên cứu những ảnh hưởng của các yếu tố khác nhau của môi trường và điều kiện nuôi cấy có ảnh hưởng đến quá trình sản xuất phytase ở vi khuẩn dạ cỏ Mitsuokella jalaludinii khi lên men theo mẻ. Năm 2005, Dharmsthiti và cộng sự đã thành công khi sản xuất phytase E. coli appA ở
Pseudomonas putida dựa trên hệ thống kích thích bài tiết hiệu quả và khả năng sinh trưởng sử dụng các loại cơ chất khác nhau. Sự biểu hiện hiệu quả phytase E. coli
AppA ngoại bàocòn được nghiên cứu ở Streptomyces lividans bởi Stahl và cộng sự năm 2003. Mới đây năm 2005 Yin và cộng sự đã mô tả hệ thống biểu hiện 1 loại
phytase mới ở ấu trùng tằm với sản lượng 7710 đơn vị trên 1 ml huyết bạch huyết [65].