Với điều kiện pH thấp trong dạ dày lợn và chim từ 2-5, ở hầu hết các gia cầm từ 4-5 và ở ruột non từ 6,5-7,5 đã tạo ra một thách thức lớn khi sử dụng phytase trong thức ăn chăn nuôi. Theo những nghiên cứu của Konietzny năm 2002 cho rằng hầu hết các phytase vi sinh vật bền với pH hơn là các phytase từ thực vật, các phytase ở thực vật giảm đáng kể hoạt tính ở trong khoảng 4-7,5 trong khi đó các phytase vi sinh vật tương đối bền trong khoảng pH từ 3-8 [64, 65, 149].
Ngoài khả năng chịu axit các phytase cần có khả năng kháng các enzyme thủy phân protein trong ống tiêu hóa của động vật. Ở các loại phytase khác nhau thì khả năng kháng các enzyme thủy phân protein như pancreatic và pepsin là khác nhau. Năm 1999, Phillippy và cộng sự cho rằng các phytase sẵn có trong lúa mỳ dễ bị bất hoạt bởi pancreatic và pepsin hơn là phytase của A. niger. Ngược lại phytase của A. niger lại có tính kháng với pepsine kém hơn. Khi so sánh phytase của Bacillus subtilis và E. coli với 4 loại phytase của nấm tái tổ hợp thì hầu hết phytase của nấm dễ bị bất hoạt bởi pepsine và pancreatine hơn, Bacillus subtilis bền với pancreatin và phytase của E. coli bền với cả pepsine và pancreatine [64, 65, 149].
Các sản phẩm phytase thương mại cần có tính kháng với sự phân hủy trong suốt quá trình sản xuất cũng như bảo quản. Theo Wyss và cộng sự (1999), khi biểu
hiện phyatse của A. fumigatus và Emericella nidulans ở A. niger chúng bị phân cắt bởi các protease có mặt trong môi trường nuôi cấy, tuy nhiên sự phân cắt này không làm ảnh hưởng đến phytase của Emericella nidulans nhưng lại làm giảm đáng kể hoạt tính của A. fumigates. Các đột biến điểm trực tiếp ở các vị trí mẫn cảm protein của phytase từ A. fumigatus và E. nidulans làm giảm đáng kể tính mẫn cảm với quá trình thủy phân của protese với các enzyme này [64, 65, 149, 156].