Cỏc phũng chức năng là những tổ chức bao gồm cỏn bộ, nhõn viờn kinh tế, kỹ thuật, hành chớnh... được phõn cụng chuyờn mụn hỳa theo cỏc chức năng quản trị, cú nhiệm vụ giỳp giỏm đốc (và cỏc phú giỏm đốc) chuẩn bị cỏc quyết định, theo dừi hướng dẫn, đụn đốc cỏc bộ phận sản xuất kinh doanh cũng như những cỏn bộ, nhõn viờn cấp dưới thực hiện đỳng đắn, kịp thời những quyết định quản lý. Trỏch nhiệm chung của cỏc phũng ban chức năng là vừa phải hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao, vừa phải phối hợp chặt chẽ với cỏc phũng khỏc nhằm đảm bảo cho tất cả cỏc lĩnh vực cụng tỏc của doanh nghiệp được tiến hành ăn khớp, đồng bộ và nhịp nhàng. Cỏc phũng chức năng khụng cú quyền trực tiếp chỉ huy cỏc phõn xưởng, cỏc bộ phận sản xuất.
Việc tổ chức cỏc phũng ban cần theo hướng chuyờn tinh, gọn nhẹ phự hợp với đặc điểm kinh tế - kỹ thuật của doanh nghiệp, đảm bảo hiệu quả quản
lý cao. Việc tổ chức cỏc phũng ban chức năng cần được tiến hành theo cỏc bước sau:
Bước 1: Phõn tớch sự phự hợp giữa cỏc chức năng và bộ phận quản lý. Trường hợp tốt nhất là mỗi chức năng quản lý nờn cho một phũng phụ trỏch trọn vẹn. Song, do số lượng cỏc phũng chức năng phụ thuộc vào qui mụ, đặc điểm kinh tế - kỹ thuật của từng doanh nghiệp nờn cỳ trường hợp phải ghộp vài ba chức năng cú liờn quan mật thiết với nhau, thuộc cựng một lĩnh vực hoạt động của một phũng.
Bước 2: Tiến hành lập sơ đồ tổ chức nhằm mụ hỡnh húa mối quan hệ giữa cỏc phũng chức năng với Giỏm đốc và cỏc Phú giỏm đốc, đồng thời cũng phải ghi rừ cỏc chức năng mỗi phũng phụ trỏch nhằm khắc phục tỡnh trạng dẫm đạp, chồng chộo lờn nhau hoặc ngược lại cú chức năng khụng bộ phận nào chịu trỏch nhiệm. Căn cứ vào sơ đồ núi trờn, từng phũng chức năng xõy dựng nội qui cụng tỏc của phũng mỡnh nhằm xỏc định cụ thể trỏch nhiệm, quyền hạn chung của phũng cũng như riờng cho từng người trong phũng.
Bước 3: Tớnh toỏn chớnh xỏc số lượng cỏn bộ, nhõn viờn mỗi phũng chức năng một cỏch chớnh xỏc, cú căn cứ khoa học nhằm vừa bảo đảm hoàn thành nhiệm vụ, vừa giảm bớt tỉ lệ nhõn viờn quản lý. Đõy là cụng việc khỏ phức tạp đặc biệt là trong hoàn cảnh cỏn bộ chưa được tiờu chuẩn húa. Việc sắp xếp bố trớ cỏn bộ, nhõn viờn quản lý trong nhiều năm qua cú nhiều bất hợp lý để lại những hậu quả chưa được giải quyết.