Mặc dù được xây dựng khoa học, có nhiều ưu điểm, song trong thực tiễn quy trình đánh giá rủi ro kiểm toán của KPMG Việt Nam cũng không tránh được những vấn đề tồn tại cần khắc phục sau:
• Việc trình bày hiểu biết về hệ thống KSNB của KTV còn đơn giản
Về mặt lý thuyết, rủi ro kiểm soát trên phương diện toàn bộ BCTC hay số dư khoản mục, loại nghiệp vụ đều dựa trên việc xem xét tính hiệu quả, liên tục của việc thiết kế và hoạt động của hệ thống KSNB, tiếp đó những thông tin về môi trường kiểm soát sẽ được KTV trình bày trên GTLV. Mặt khác, để trình bày hiểu biết về hệ thống KSNB các KTV có thể sử dụng một cách riêng rẽ hoặc kết hợp 3 phương pháp: sử dụng bảng câu hỏi, bảng tường thuật hay sử dụng lưu đồ. Thực tế cho thấy, việc sử dụng phương pháp lưu đồ sẽ giúp KTV dễ dàng đánh giá các thông tin thu thập được, từ đó mang lại hiệu quả cho việc đánh giá rủi ro kiểm toán. Tuy vậy, hiện nay ở KPMG việc sử dụng lưu đồ vẫn còn rất hạn chế, mà thay vào đó phương pháp bảng tường thuật và bảng câu hỏi được sử dụng nhiều hơn. Thêm vào đó, các bảng tường thuật đều sử dụng một mẫu chung cho tất cả các khách hàng, do vậy dù là khách hàng mới, hay khách hàng thường niên, khách hàng kinh doanh trong lĩnh vực thông thường hay đặc thù cũng đều được áp dụng một mẫu chung. Điều này gây ra khó khăn cho KTV trong
• Kết luận của KTV về thiết kế và vận hành của hệ thống KSNB còn sơ sài
Tuy rằng việc đánh giá rủi ro kiểm toán phải tuân theo hướng dẫn của KAM, nhưng trong nhiều trường hợp, do điều kiện khác biệt và giới hạn về nhiều mặt mà mô tả của KTV về các thành phần của hệ thống KSNB vẫn còn những điểm khác biệt với những chỉ dẫn trong KAM, từ đó dẫn tới áp dụng không hợp lý các thủ tục đánh giá việc thiết kế và thi hành các thủ tục kiểm soát của khách hàng. Mặt khác, kết luận mà KTV đưa ra sau khi thực hiện các thủ tục có thể không kèm them chú thích về cơ sở đưa ra kết quả đánh giá. Thêm vào đó, các CSDL và tài khoản trọng yếu bị ảnh hưởng khi đánh giá về rủi ro tiềm tàng đã không được KTV nêu ra trong bảng tóm tắt rủi ro đã nhận biết.
• Thủ tục phân tích chưa được sử dụng hiệu quả
Thủ tục phân tích đóng vai trò quan trọng trong việc phân tích tình hình tài chính cũng như kết quả sản xuất – kinh doanh của khách hàng, nó giúp KTV có thể nhận biết khoanh vùng rủi ro xuất hiện các sai phạm trọng yếu. Một cách cụ thể, những sự kiện bất thường, các tỷ suất, xu hướng biến động không theo quy luật của khoản mục, loại nghiệp vụ sẽ rất khó thậm chí là không thể phát hiện được khi dùng các thủ tục như kiểm tra chi tiết, mà chỉ có thể phát hiện được nhờ các kỹ thuật phân tích. Theo KAM, các KTV nên sử dụng các thủ tục phân tích nhiều nhất có thể vì những lợi ích nó mang lại. Tuy vậy, trong thực tế, các KTV tại KPMG chỉ sử dụng rất ít các kỹ thuật phân tích, thông thường chỉ có kỹ thuật phân tích ngang được sử dụng, và cũng chỉ được áp dụng trên các dữ liệu tổng quát. Điều này sẽ khiến việc phân tích không mang lại hiệu quả nhiều như mọng đợi.
• Quy trình đánh giá rủi ro kiểm soát trên phương diện khoản mục và loại nghiệp vụ chưa được áp dụng hiệu quả
Khi thực hiện đánh giá rủi ro kiểm toán trên phương diện số dư khoản mục và loại nghiệp vụ, trong hầu hết các trường hợp KTV thường chỉ tập trung vào đánh giá rủi ro tiềm tàng mà bỏ qua rủi ro kiểm soát; Điều này cũng đi ngược lại với hướng dẫn của chuẩn mực kiểm toán Việt Nam cũng như chuẩn mực kế toán quốc tế; theo đó, khi xem xét các CSDL, không những KTV phải đánh giá rủi ro tiềm tàng cho từng CSDL và còn phải đánh giá cả rủi ro kiểm soát, bởi lẽ thủ tục kiểm toán chi tiết thường được thiết kế và áp dụng cho từng CSDL. Hơn nữa, việc đánh giá rủi ro kiểm soát sẽ là nhân tố quan trọng quyết định các thủ tục, thử nghiệm kiểm toán cần thực hiện, từ đó sẽ quyết định chi phí kiểm toán. Cụ thể, nếu như việc đánh giá rủi ro kiểm soát cho từng CSDL cho thấy hệ thống KSNB hoạt động hiệu quả, thì khi đó KTV có thể giảm bớt các thủ tục kiểm toán cần thực hiện.