Tài nguyên VQG Xuân Thủy do những tác động của thiên nhiên và con người đã bị thay đổi rất nhiều kể từ khi được thành lập.
Hình thái VQG: Phần Cồn Xanh và dải cát đầu Cồn Lu giáp sông Hồng bị
cát xâm lấn do dòng chảy của sông Hồng thay đổi, diện tích rừng phòng hộ suy giảm và tác động của hướng gió Đông Nam. Phía đuôi Cồn Lu được bồi đắp thêm, và kéo dài ra địa phận của xã Giao Long.
Mực nước biển: thủy triều lên cao và thời gian ngập triều cao hơn gây ngập úng thường xuyên Cồn Lu và là một trong những nguyên nhân làm chết rừng phi lao (do hiệu ứng nhà kính toàn cầu). Chất lượng nước bịảnh hưởng bởi các phế thải do hoạt động sản xuất của con người.
Độ mặn của nước trong khu vực tăng cao do các nguyên nhân sau:
- Nguồn nước ngọt từ trên thượng nguồn đổ về giảm mạnh sau khi các đập ngăn nước được xây dựng nên.
- Sông Vọp bị bồi lắng khiến cho khả năng vận chuyển nước ngọt xuống
đuôi Cồn Ngạn và Cồn Lu bị giảm.
- Hệ thống thủy lợi khu vực các đầm tôm được bố trí không hợp lý cũng góp phần cản trở dòng chảy xuống đuôi cồn.
Rừng ngập mặn: diện tích rừng ngập mặn bị giảm mạnh trong thời gian gần
đây xuất phát từ nhiều nguyên nhân như: bão gió, sự xâm chiếm của cát biển, phá rừng làm đầm tôm, sinh vật gây hại phát triển như con Hà.
Chim di cư và chim nước: số lượng giảm sút rất nhiều so với những năm 1990. Có nhiều nguyên nhân dẫn đến điều này, ngoài những nguyên nhân khách quan, có thể kể đến các nguyên nhân chủ quan như: hoạt động khai thác triệt để
nguồn lợi thủy sản làm giảm nguồn thức ăn cho chim, sự xuất hiện của con người ngày càng nhiều trên các bãi triều làm nhiễu loạn nơi chim cư trú, hoạt động săn bắt chim trái phép, …
Nguồn lợi thủy sản: giảm sút do con người khai thác quá mức và triệt để
(khai thác cả con giống cua, giống ngao), sử dụng các hình thức đánh bắt hủy diệt trong vùng bờ, chất lượng môi trường suy giảm do các hoạt động của con người.
Việc du nhập các loài ngoại lai đe dọa đến đa dạng sinh học khu vực, 1 số
loài bản địa thậm chí gần như biến mất.