Để quản lý tốt Khu Ramsar Xuân Thuỷ - năm 1992 - UBND huyện Xuân Thuỷđã thành lập Trung tâm Tài nguyên và Môi trường của huyện. Đây là một đơn vị sự nghiệp có quy mô biên chế nhỏ và năng lực mọi mặt còn có rất nhiều hạn chế. Từ ngày thành lập, Trung tâm đã hợp tác với các đơn vị hữu quan để quản lý bảo vệ
tài nguyên môi trường ở khu vực; tiếp nhận vốn ngân sách địa phương để xây dựng Nhà Môi trường và hợp tác với một số Tổ chức quốc tếđể tổ chức các dịch vụ phục vụ hoạt động nghiên cứu khoa học.
Tuy nhiên, Trung tâm chỉ là một đơn vị nhỏ trực thuộc cấp huyện, không có tiềm lực tài chính và không đủ năng lực pháp lý để quản lý hiệu quả Khu Ramsar Xuân Thuỷ. Mặt khác, mô hình Trung tâm không nằm trong hệ thống quản lý bảo tồn thiên nhiên của quốc gia nên không thể có được cơ chế và chính sách thích hợp
để bảo tồn và phát triển bền vững tài nguyên môi trường ở khu vực.
Năm 1993, Ngành Lâm nghiệp đã đề xuất xây dựng Khu Ramsar Xuân Thuỷ
trở thành Khu bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước Xuân Thuỷ thuộc hệ thống các VQG và Khu bảo tồn thiên nhiên của Việt Nam. Viện điều tra quy hoạch rừng - Bộ
Lâm nghiệp đã tiến hành lập luận chứng kinh tế kỹ thuật cho Khu bảo tồn tài nguyên ĐNN Xuân Thuỷ.
Được sự uỷ quyền của Thủ Tướng Chính Phủ, ngày 19/1/1995, Bộ Lâm nghiệp (nay là Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) đã ký quyết định số 26- LN/KH. Phê duyệt luận chứng kinh tế kỹ thuật Khu bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước Xuân Thuỷ. Từ đó trở đi, khu bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước Xuân Thuỷ chính thức được thành lập, Khu bảo tồn trực thuộc Chi Cục kiểm lâm Nam
Định. Vốn dự toán đầu tư cho giai đoạn 1995-2005 là 8.3 tỷ đồng. Sự kiện đó cũng tạo điều kiện thuận lợi để các tổ chức quốc tế quan tâm đầu tư phát triển cho khu vực này.