Quá trình phát triển của công ty đƣợc chia ra làm 3 giai đoạn:
Giai đoạn 1978-1985:
Đây là giai đoạn khởi đầu, do mới đi vào hoạt động và còn quá non trẻ nên ở giai đoạn này xí nghiệp gặp rất nhiều khó khăn trên đủ các mặt, về vốn, về thị
trƣờng, về trang thiết bị , về kỹ thuật,… Song với tinh thần quyết tâm cao, ban lãnh đạo công ty cùng các công nhân xí nghiệp đã cố gắng khắc phục khó khăn. Giai đoạn này nƣớc ta vẫn còn đang trong thời kỳ bao cấp nên hầu hết các doanh nghiệp đều hoạt động theo chỉ tiêu, theo kế hoạch cấp trên đƣa xuống, tất cả đều đƣợc bao tiêu từ đầu vào đến đầu ra.
Giai đoạn 1986-1990:
Đây là giai đoạn chuyển đổi nền kinh tế tập trung quan liêu bao cấp sang nền kinh tế thị trƣờng. Xí nghiệp đƣợc tự hạch toán, chủ động trong sản xuất kinh doanh. Tình hình chung ở giai đoạn này hầu hết các xí nghiệp gặp khó khăn, đã có rất nhiều nhà máy đã giải thể do không thể tiếp tục hoạt động đƣợc và ngày càng thua lỗ. Trƣớc tình hình đó, cán bộ cùng công nhân viên của xí nghiệp đã kiên trì bám trụ, tranh thủ đƣợc sự giúp đỡ của các cấp lãnh đạo tỉnh và sự giúp đỡ từ ngân sách của các ngân hàng, xí nghiệp đã thay đổi, sắp xếp lại, tự tìm cho mình một con đƣờng đi riêng trong cơn bão táp của khó khăn. Chính nhờ sự quyết tâm của cán bộ công nhân xí nghiệp đã giúp cho xí nghiệp đứng vững và từng bƣớc phát triển đi lên.
Giai đoạn 1991 đến nay:
Ở giai đoạn này tình hình chung của doanh nghiệp tƣơng đối ổn định và có chiều hƣớng phát triển đi lên cùng với sự phát triển của nền kinh tế đất nƣớc. Đặc biệt vào những năm gần đây xi măng của xí nghiệp đã đƣợc ngƣời tiêu dùng ở một số thị trƣờng biết nhƣ Ninh Hòa, Đăk Lăk,…
Năm 1997 để tiếp tục nâng cao uy tín và chất lƣợng của sản phẩm, xí nghiệp đã thay đổi công nghệ: công nghệ sản xuất xi măng lò đứng Trung Quốc - công suất thiết kế 50.000 tấn/năm (thay vì 30.000 tấn/năm). Sau một năm thi công, dây chuyền sản xuất mới đã đƣợc đƣa vào hoạt động. Ngày 19/05/1997 mẻ clinker đầu tiên đƣợc ra lò, xi măng năng suất chất lƣợng nhƣ PCB30 (hay còn goi P300), PCB40 (hay còn gọi P400) đáp ứng nhu cầu của khách hàng.
Thực hiện chủ trƣơng của nhà nƣớc về cổ phần hóa doanh nghiệp Nhà nƣớc, xí nghiệp xi măng Hòn Khói đã đƣợc Ủy Ban Nhân Dân tỉnh Khánh Hòa quyết định
chuyển xí nghiệp xi măng Hòn Khói thành công ty cổ phần xi măng Hòn Khói theo quyết định số 6598/QĐ – UB ngày 21/03/2003.
Để công ty có thể đi vào vận hành sản xuất, và có chỗ đứng nhƣ ngày nay thì phải kể đến công lao của những ngƣời lãnh đạo công ty. Từ khi thành lập đến nay công ty đƣợc dẫn dắt bởi 4 giám đốc khác nhau, lần lƣợt là: Phan Minh Diệp, Nguyễn Trọng Hòa, Nguyễn Văn Lang, Lê Quốc Phong, Tổng giám đốc: Đào Xuân Tình.