Hoạt động của các cơ quan Thanh tra thực chất là hoạt động kiểm tra từ bên ngoài đối với cơ quan, tổ chức, đơn vị. Hoạt động thanh tra có thể là hoạt động kiểm tra của cơ quan quản lý nhà nước cấp trên đối với cấp dưới hoặc hoạt động kiểm tra của các cơ quan Thanh tra chuyên trách được pháp luật thừa nhận. Xét về hoạt động, các cơ quan Thanh tra chuyên trách ở nước ta hiện nay gồm có các cơ quan Thanh tra thành lập ở cấp quản lý hành chính (Thanh tra Chính phủ, Thanh tra tỉnh, Thanh tra huyện); các cơ quan Thanh tra chuyên ngành thành lập ở cơ quan quản lý nhà nước theo ngành, lĩnh vực (Thanh tra bộ, Thanh tra sở).
Thanh tra chuyên ngành có chức năng, nhiệm vụ được quy định cụ thể trong Luật Thanh tra và Nghị định số 46/NĐ-CP ngày 09/5/2003 của Chính phủ Quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của
Thanh tra Nhà nước. Tuy nhiên, tính đến thời điểm hiện tại đa số các bộ ngành vẫn chưa có quy định chi tiết điều chỉnh hoạt động của cơ quan này nên vai trò của Thanh tra chuyên ngành chưa thể hiện rõ, đặc biệt là trong đấu tranh chống tham nhũng. Trong thời gian tới cần hoàn thiện, sắp xếp về tổ chức, phân định lại chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, phạm vi hoạt động của từng loại cơ quan Thanh tra theo hướng sau:
- Đối với các cơ quan Thanh tra hành chính tăng cường kiểm soát hoạt động của các cơ quan hành chính nhà nước, chống tham nhũng ngay trong hoạt động công vụ của cán bộ, công chức nhà nước. Tăng cường kiểm soát hoạt động công vụ sẽ góp phần phòng ngừa, ngăn chặn phát sinh lãng phí, tham ô và tham nhũng một cách có hiệu quả nhất. Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì tiến hành thanh tra để kết luận và kiến nghị xử lý. Nếu vi phạm phải xử lý hình sự thì chuyển cho cho cơ quan Kiểm sát khởi tố, Công an tiến hành điều tra vụ án...
Để nâng cao hiệu quả hoạt động thanh tra hành chính cần nghiên cứu sửa đổi, bổ sung Luật Thanh tra theo hướng tăng tính độc lập của cơ quan thanh tra, tăng cường mối quan hệ chỉ đạo theo chiều dọc giữa Thanh tra Chính phủ và Thanh tra cấp tỉnh, cấp huyện. Theo quy định của Luật Thanh tra hiện hành, Chánh thanh tra tỉnh do Chủ tịch Uỷ ban nhân dân cùng cấp bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức sau khi thống nhất với Tổng Thanh tra (Khoản 2, Điều 17). Quy định này khiến hoạt động thanh tra khó có thể độc lập, khách quan khi đối tượng thanh tra chủ yếu là cán bộ, công chức trong bộ máy hành chính và chủ thể tham nhũng chủ yếu là người có chức vụ, quyền hạn trong bộ máy đó.
Trong hoạt động thanh tra chống tham nhũng không nên xem xét từng vụ việc cụ thể mà thông qua nội dung của các đơn thư khiếu nại, dấu hiệu
tham nhũng để xác định trọng tâm, trọng điểm cần thanh tra, qua đó góp phần phòng ngừa, ngăn chặn phát sinh những vụ tham nhũng nghiêm trọng gây thiệt hại lớn cho tài sản nhà nước.
Về tổ chức Thanh tra hành chính có thể theo phương án tổ chức tập trung thống nhất, độc lập với cơ quan quản lý hành chính nhà nước, đẩy mạnh thanh tra công vụ, tăng cường thanh tra đột xuất bảo đảm tính bí mật của hoạt động thanh tra nhằm hạn chế điều kiện các đối tượng thanh tra có cơ hội biết trước để đối phó, đề phòng.
Về tổ chức Thanh tra bộ, ngành nằm trong bộ máy tổ chức của bộ, sở, do Bộ trưởng, Giám đốc sở trực tiếp chỉ đạo; chịu sự giám sát của Thanh tra nhà nước các cấp.
Ngoài ra, việc tăng cường công tác thanh tra phải phù hợp với mục đích, yêu cầu của việc xây dựng, hoàn thiện cơ chế thanh tra, kiểm tra, giám sát.
Để thực hiện tốt điều này cần bảo đảm:
- Tăng cường công tác thanh tra là một nhiệm vụ trong quá trình hoàn thiện cơ chế thanh tra, kiểm tra, giám sát. Quá trình này đòi hỏi phải tiến hành đồng bộ với quá trình cải cách, hoàn thiện hệ thống chính trị, cải cách nền hành chính nhà nước, mục đích và đối tượng thanh tra, kiểm tra, giám sát chủ yếu là kiểm soát các hoạt động công vụ của cán bộ, công chức, xây dựng đội ngũ cán bộ, công chức có phẩm chất, năng lực, góp phần làm trong sạch bộ máy nhà nước.
- Tăng cường công tác thanh tra đi đôi với việc thiết lập, xây dựng, và hoàn thiện hệ thống thanh tra, kiểm tra, giám sát. Trước hết phải phân định rõ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm và cơ chế phối hợp giữa các cơ quan chuyên trách (thanh tra, kiểm tra, giám sát) nhằm đảm bảo không chồng
lấn chức năng, không bỏ sót đối tượng, phòng ngừa, phát hiện, ngăn chặn, xử lý kịp thời, đúng pháp luật các vụ việc khiếu nại, tố cáo, tham nhũng.
- Tổ chức và hoạt động của cơ quan thanh tra phải đảm bảo “tính độc lập, phải tuân theo pháp luật”; xây dựng đội ngũ cán bộ làm công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát có năng lực, phẩm chất, đáp ứng yêu cầu thực thi nhiệm vụ. Việc tuyển dụng, bổ nhiệm cán bộ thanh tra, kiểm tra, giám sát không bị chi phối, can thiệp của bất kỳ cá nhân nào.
- Hoàn thiện cơ chế thanh tra, kiểm tra, giám sát phải được tiến hành đồng bộ với hoàn thiện định chế pháp luật trong tổ chức, hoạt động của các cơ quan này, hoàn thiện hệ thống pháp luật làm cơ sở, căn cứ giải quyết khiếu nại, tố cáo, xử lý hành vi tham nhũng.