Có lẽ đây là vấn đề trọng tâm nhất trong việc nâng cao năng lực của hệ thống cơ quan thanh tra. Mục đích chính của hoạt động thanh tra và kiểm tra là nhằm vào việc chấn chỉnh, cải thiện lề lối làm việc, đánh giá, ghi nhận những kết quả (tiêu cực hoặc tích cực) của hệ thống cơ quan công quyền từ trung ương đến địa phương, của các doanh nghiệp nhà nước mà họ phải thực hiện và tuân thủ theo đúng chính sách và pháp luật của nhà nước.
Tổ chức thanh tra các nước thường theo nguyên tắc là “hoạt động thanh tra và kiểm tra phải được tiến dần tới quan niệm cố vấn về quản trị công sở, nhân viên và cố vấn về tài chính”. Theo đó, nhiệm vụ chính của Thanh tra phòng ngừa là:
- Kiểm soát, đôn đốc và hướng dẫn công tác hành chính theo phương pháp và đường lối về tổ chức, quản trị và điều hành.
- Phòng ngừa, ngăn chặn và sửa chữa những tệ nạn trong quản lý nhà nứớc. Tìm cách tiên liệu và khắc phục những khó khăn, vướng mắc mà các cơ quan công quyền, xí nghiệp quốc doanh gặp phải.
- Cải tiến lề lối làm việc, cải cách bộ máy hành chính. - Khích lệ tinh thần thi đua và đạo đức cán bộ, công chức…
Nghiên cứu chức năng, nhiệm vụ của thanh tra trong bối cảnh chúng ta đã có Luật Phòng, chống tham nhũng, bộ máy tổ chức của Thanh tra Chính phủ cũng sẽ thay đổi trong thời gian tới (có Cục phòng, chống tham nhũng), thiết nghĩ cần tham khảo các quan niệm về thanh tra trên thế giới để đạt được một cách hiểu thống nhất rằng thanh tra là để xem xét các cơ quan công quyền ở trung ương và địa phương có thi hành pháp luật và chính sách có đúng hay không? Nhờ đó mà lãnh đạo chính phủ sẽ biết được tình trạng hoạt động của các cơ quan này và thấu hiểu những khó khăn, thuận lợi của cơ quan trung ương và địa phương gặp phải, từ việc hiểu tình trạng ấy, Chính phủ sẽ nghiên cứu để cải tiến lề lối làm việc, mối tương quan giữa cấp trên và cấp dưới. Nói cách khác “Thanh tra không phải để trừng phạt mà để sửa chữa
những sai lầm, trừng phạt là biện pháp bất đắc dĩ và sau cùng”.
Theo chúng tôi, hoạt động thanh tra không phải chủ yếu và trước hết là hoạt động chống vi phạm pháp luật và tội phạm, trong đó có các tội phạm về tham nhũng. Mục đích của các cuộc thanh tra không phải là đi tìm kiếm, phát hiện các dấu hiệu vi phạm pháp luật hay tội phạm ở đối tượng thanh tra. Điều chủ yếu và trước hết là phát hiện những nhân tố tích cực và những yếu tố tích cực trong cơ chế quán lý nhà nước ở cả cấp vi mô lẫn vĩ mô để kịp thời đưa ra những kiến nghị và giải pháp khuyến khích hoặc thủ tiêu chúng. Đây là nhận thức và quan điểm chẳng những phải quán triệt ở Thanh tra viên khi tiến hành thanh tra, mà cả ở đối tượng thanh tra, xuyên suốt quá trình của một cuộc thanh tra. Theo Hồ Chủ tịch thì không có cơ quan, tổ chức nào bị thanh tra mà là được thanh tra, bởi thanh tra giúp những cơ quan, tổ chức đó phát huy những ưu điểm và biết rõ những khuyết điểm của mình trong quan lý để sửa
chữa, khắc phục. Quan điểm này cần phải được hiểu thống nhất trong tư tưởng của Thanh tra viên khi tiến hành thanh tra mà cả ở đối tượng bị thanh tra, xuyên suốt quá trình một cuộc thanh tra. Chỉ khi làm được điều đó thì chúng ta mới tạo lập được mối quan hệ tương tác qua lại lẫn nhau giữa hai phía trong việc tìm ra sự thật khách quan của cơ chế quản lý trong từng thời điểm.
Trong mối quan hệ với việc đổi mới và hoàn thiện cơ chế quản lý qua hoạt động thanh tra, hơn bao giờ hết, phải thấm nhuần lời dạy của Hồ Chủ tịch “Thanh tra là tai mắt của trên, là người bạn của dưới”, có như vậy mới tạo lập được sự thống nhất về mục đích của mỗi cuộc thanh tra từ cả hai phía.