Sau chiến thắng lịch sử Điện Biên Phủ và việc ký kết Hiệp định Giơnevơ, miền Bắc được hoàn toàn giải phóng và bước vào công cuộc xây
dựng CNXH, còn miền Nam vẫn tiếp tục thực hiện cuộc cách mạng dân tộc dân chủ nhân dân.
Trong giai đoạn cách mạng mới, miền Bắc có vai trò rất quan trọng, là hậu phương lớn của miền Nam. Sau khi tiếp quản vùng mới giải phóng, Đảng và Nhà nước đã tiếp tục tiến hành cải cách ruộng đất và khôi phục kinh tế, phát triển văn hoá, giáo dục, y tế nhằm cải thiện đời sống của nhân dân. Bộ máy quản lý nhà nước được chú trọng kiện toàn để phù hợp với yêu cầu nhiệm vụ mới.
Công tác thanh tra, kiểm tra cũng được Đảng và Nhà nước chú trọng kiện toàn. Ngày 28/3/1956, Chủ tịch nước đã ra Sắc lệnh số 261/SL thành lập Ban Thanh tra Trung ương của Chính phủ với nhiệm vụ: “Thanh tra công tác các bộ, các cơ quan hành chính và chuyên môn các cấp, các doanh nghiệp của nhà nước; thanh tra việc thực hiện kế hoạch nhà nước, việc sử dụng, bảo
quản tài sản nhà nước, chống phá hoại, tham ô và lãng phí”.
Đến năm 1962, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định số 207/CP về việc thành lập Ban chỉ đạo Trung ương cuộc vận động “nâng cao ý thức trách nhiệm, tăng cường quản lý kinh tế, tài chính, chống tham ô, lãng phí, quan liêu”; Thủ tướng Chính phủ ban hành Chỉ thị số 84/TTg-3X ngày 09 tháng 9 năm 1964 của Thủ tướng Chính phủ về việc tổng hợp tình hình tham ô, lãng phí, quan liêu v.v… Tại các văn bản này đều có quy định về vai trò, nhiệm vụ của các tổ chức thanh tra trong chống tham ô, lãng phí, quan liêu. Theo đó, Ban Thanh tra trung ương của Chính phủ có nhiệm vụ “Thanh tra việc thực hiện kế hoạch Nhà nước, việc sử dụng, bảo quản tài sản Nhà nước, chống phá hoại, tham ô và lãng phí”. Trong việc tổng hợp tình hình tham ô, lãng phí, quan liêu năm 1964, Uỷ ban thanh tra của Chính phủ: “có trách nhiệm theo dõi, kiểm tra, đông đốc việc thực hiện, hướng dẫn về nội dung, phương pháp
và tổng hợp, phân tích toàn bộ tình hình tham ô, lãng phí, quan liêu và tình hình đấu tranh chống những tệ nạn ấy để báo cáo lên Trung ương Đảng và Hội đồng Chính phủ. Các Ban Thanh tra của các ngành, các địa phương phải cùng Ban chỉ đạo cuộc vận động "ba xây ba chống" đồng cấp theo dõi, kiểm tra, hướng dẫn các cơ quan cho cơ sở làm tốt những công tác nói trên và dựa vào đó giúp cho cơ quan lãnh đạo của mình tổng hợp, phân tích tình
hình”[1,1], cũng theo chỉ thị này, “Các Bộ, các cơ quan ngang Bộ, cơ quan trực
thuộc Hội đồng Chính phủ, các Uỷ ban hành chính các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương phải hoàn thành việc tổng hợp, phân tích bước đầu tình hình tham ô, lãng phí, quan liêu vào cuối tháng 11-1964 và gửi báo cáo cho Ban chỉ đạo cuộc vận động "ba xây ba chống" của Trung ương và Uỷ ban thanh tra của Chính phủ”.
Trong 5 năm 1956-1960, Ban Thanh tra Trung ương vừa xây dựng, ổn định tổ chức, vừa tiến hành các cuộc thanh tra, các vụ việc khiếu tố, thực hiện tốt các chủ trương, đường lối, chính sách của Đảng và Nhà nước, góp phần quan trọng vào việc thực hiện thắng lợi công cuộc khôi phục, cải tạo và phát triển kinh tế, phát triển văn hoá 1955-1960. Kết quả và kiến nghị của các cuộc thanh tra đã giúp Đảng và Chính phủ có chính sách sát hợp hơn đối với các kế hoạch phát triển kinh tế-xã hội, đối với việc quản lý cán bộ, hạn chế những tiêu cực, góp phần làm tăng lòng tin của nhân dân đối với Đảng và Nhà nước. Trong việc thực hiện kế hoạch 5 năm lần thứ nhất (1961-1965), hoạt động thanh tra có những đóng góp hết sức quan trọng. Thực hiện Chỉ thị của Chủ tịch Hồ Chí Minh về đẩy mạnh công tác thanh tra, ngày 29/9/1961 Hội đồng Chính phủ đã ban hành Nghị định số 136/CP về việc thành lập Uỷ ban Thanh tra của Chính phủ thay cho Ban Thanh tra Trung ương của Chính phủ. Với khả năng và trách nhiệm của mình, Uỷ ban Thanh tra của Chính phủ cũng như các Ban Thanh tra khu, thành phố, tỉnh đã cố gắng khắc phục khó khăn trong
công tác, hoàn thành được nhiệm vụ Đảng và Chính phủ giao phó. Công tác thanh tra đã có những tác dụng thiết thực góp phần xứng đáng phục vụ nhiệm vụ công tác trọng tâm của Đảng và Chính phủ, nâng cao tinh thần trách nhiệm, ý thức tổ chức kỷ luật của cán bộ, công nhân viên, cải tiến công tác quản lý trong các ngành kinh tế quan trọng như công nghiệp, nông nghiệp, thương nghiệp, xây dựng cơ bản, chống tham ô, lãng phí, quan liêu. Các cơ quan thanh tra cũng đã giải quyết và đôn đốc các ngành, các cấp giải quyết khiếu tố của cán bộ, công nhân viên và nhân dân, đáp ứng nguyện vọng chính đáng của quần chúng.
Để đáp ứng yêu cầu mới của nhiệm vụ cách mạng là kịp thời chuyển hướng tư tưởng và tổ chức, chuyển hướng xây dựng kinh tế và tăng cường lực lượng quốc phòng, đầu năm 1965, Đảng và Nhà nước quyết định thay đổi tổ chức, giải thể một số cơ quan, trong đó có Uỷ ban Thanh tra của Chính phủ và các cơ quan thanh tra khu, thành phố, tỉnh để gọn nhẹ bộ máy nhà nước, bổ sung cán bộ cho những ngành mũi nhọn. Tại các ngành ở trung ương, chỉ duy trì các bộ phận thực hiện nhiệm vụ xét và giải quyết khiếu tố. Tuy có nhiều cố gắng, nhưng do lực lượng cán bộ làm công tác thanh tra mỏng nên việc xét giải quyết đơn thư khiếu tố có nhiều hạn chế, nhiều đơn thư không được xét hoặc xét quá chậm. Do đó vẫn còn nhiều kẻ làm sai chưa bị xử lý, ảnh hưởng đến lòng tin của nhân dân đối với Đảng và Nhà nước.
Trước yêu cầu cần thiết của công tác thanh tra, công tác xét khiếu tố, Đảng và Nhà nước quyết định thành lập lại Uỷ ban Thanh tra của Chính phủ và Ban Thanh tra các tỉnh, thành phố. Ngày 11/8/1969 Quốc hội đã ra Nghị quyết số 780/NQ-TVQH thành lập Uỷ ban Thanh tra của Chính phủ và ngày 31/8/1969 Hội đồng Chính phủ đã ra 2 Nghị định: Nghị định số 164/CP về việc tăng cường công tác thanh tra và chấn chỉnh hệ thống cơ quan thanh tra của Nhà nước; Nghị định số 165/CP quy định nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức
bộ máy của Uỷ ban Thanh tra của Chính phủ. Trong những năm tiếp theo, việc xây dựng và kiện toàn tổ chức thanh tra là một trong những nhiệm vụ trọng tâm của ngành. Đồng thời công tác thanh tra việc chấp hành cơ chế, chính sách của nhà nước trên nhiều lĩnh vực như giao thông bưu điện, công nghiệp, nông nghiệp, cơ khí luyện kim, các lĩnh vực văn hoá, chính sách xã hội… với nhiều nội dung đã được Uỷ ban Thanh tra Chính phủ cùng các cơ quan trong hệ thống thanh tra, kiểm tra thực hiện đạt kết quả tốt. Công tác xét giải quyết khiếu nại, tố cáo của công dân cũng có những chuyển biến tích cực, góp phần quan trọng vào việc đề cao kỷ cương phép nước, một yếu tố quyết định đến thành công của nhiệm vụ cách mạng trong giai đoạn này (1955- 1975).
Có thể nói từ 1954 đến 1975 là giai đoạn có nhiều khó khăn, biến động nhất trong việc kiện toàn tổ chức và hoạt động của ngành thanh tra, trong đó có một khoảng thời gian từ năm 1965 đến 1969 công tác thanh tra bị gián đoạn để phục vụ nhiệm vụ cách mạng. Nhưng vai trò của công tác thanh tra trong cuộc đấu tranh chống tiêu cực luôn được thể hiện rõ nét và sinh động.
Ngay từ những ngày đầu được thành lập, Ban Thanh tra Trung ương của Chính phủ đã tiến hành nhiều cuộc thanh tra, kiểm tra trên nhiều lĩnh vực: kiểm tra Tổng Công ty Bách hoá; kiểm tra công tác sửa sai trong cải cách ruộng đất ở một số địa phương; tìm hiểu tình hình xây dựng cơ bản tại 5 nhà máy thuộc Bộ Công nghiệp… Qua thanh tra về khôi phục kinh tế, sửa sai trong cải cách ruộng đất, chỉnh đốn tổ chức, cơ quan thanh tra đã giúp lãnh đạo các địa phương, các ngành thấy rõ một số thiếu sót như thiếu chính sách cụ thể về thương nghiệp, chính sách đối với trung nông còn chưa hợp lý; một số lệch lạc và thiếu sót của cơ quan và cán bộ cấp dưới trong việc thực hiện sửa sai trong cải cách ruộng đất. Từ những thiếu sót được phát hiện qua thanh tra, các địa phương, các ngành có biện pháp khắc phục kịp thời.
Công tác tiếp nhận và giải quyết đơn thư khiếu nại của cán bộ, nhân viên và nhân dân cũng thu được kết quả đáng kể. Tính đến cuối năm 1957, riêng Ban Thanh tra Trung ương đã nhận được gần 4000 thư khiếu tố và tiếp trên 2000 lượt người đến khiếu nại trực tiếp, Ban Thanh tra Trung ương đã trực tiếp thụ lý khoảng 290 vụ, còn lại đã chuyển đến các cơ quan và địa phương xét và giải quyết.
Hội nghị cán bộ thanh tra toàn miền Bắc được triệu tập tại Hà Nội tháng 4/1957 là Hội nghị cán bộ thanh tra đầu tiên được triệu tập kể từ khi Ban Thanh tra Trung ương của Chính phủ được thành lập. Hội nghị đã nhất trí nhận định tính chất trọng yếu của công tác thanh, kiểm tra và tất yếu phải tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra những năm sau.
Quán triệt tinh thần và nhiệm vụ chung của Đảng và Nhà nước trong kế hoạch 3 năm cải tạo và phát triển kinh tế, phát triển văn hoá (1958-1960), kế hoạch của ngành Thanh tra trong giai đoạn này đã được xây dựng với trọng tâm là tập trung chống tham ô, lãng phí, quan liêu, kém ý thức tổ chức kỷ luật trên các mặt kiến thiết cơ bản, sản xuất và kinh doanh. Đồng thời thanh tra cũng tập trung vào việc quán triệt nhiệm vụ đấu tranh cải tạo XHCN và xây dựng CNXH ở miền Bắc. Trong 3 năm thực hiện kế hoạch cải tạo và phát triển kinh tế, phát triển văn hoá, hoạt động thanh tra của Ban Thanh tra Trung ương của Chính phủ được đẩy mạnh và có những tiến bộ rõ rệt. Công tác thanh tra đã được triển khai trên phạm vi rộng từ Trung ương đến địa phương ở các ngành quan trọng như công nghiệp, thương nghiệp, nông lâm, xây dựng cơ bản, giao thông vận tải, kho tàng. Nếu tính cả Ban Thanh tra của 22 khu, thành phố, tỉnh và của các vụ thuộc Trung ương thì năm 1960, toàn ngành đã thanh tra 727 đơn vị, trong đó bao gồm 6 bộ, 1 tổng cục, 1 tổng hợp tác xã mua bán trung ương…
Đi đôi với công tác thanh tra, việc xét và giải quyết khiếu tố cũng được đẩy mạnh và có những kết quả đáng kể cả về số lượng đơn thư giải quyết và chất lượng các vụ khiếu tố. Chỉ tính riêng năm 1960, trong 19 đơn vị khu, thành, tỉnh và 9 Bộ cùng với Vụ Xét khiếu tố đã nhận trên 21.000 đơn thư, toàn ngành đã giải quyết gần 14.000 vụ.
Nhìn lại 20 năm hoạt động của ngành thanh tra trong giai đoạn 1955- 1975 cho thấy, đây là thời kỳ có nhiều biến động nhất về tổ chức của ngành thanh tra nói chung và của cơ quan Thanh tra Trung ương của Chính phủ nói riêng. Mặt khác, do điều kiện của đất nước khi đó, hoạt động thanh tra gặp nhiều khó khăn không chỉ về tổ chức mà cả về chương trình, kế hoạch công tác và quá trình thực hiện. Nhưng mặc dù hoạt động trong điều kiện khó khăn như vậy, ngành thanh tra đã vượt qua nhiều khó khăn, thử thách, có những bước trưởng thành lớn, hoạt động có hiệu quả, góp phần đáng kể vào sự nghiệp xây dựng và bảo vệ miền Bắc, giải phóng miền Nam, thống nhất đất nước. Hệ thống tổ chức ngành thanh tra từng bước được ổn định, hoạt động của ngành được mở rộng từ Trung ương đến các cấp, các cơ sở. Các cuộc thanh tra đã bám sát việc thực hiện kế hoạch nhà nước, các chủ trương, chính sách, nghị quyết của Đảng, pháp luật của Nhà nước trong từng thời kỳ. Công tác xét khiếu tố đã có những kết quả đáng kể, hạn chế những tiêu cực trong xã hội, củng cố lòng tin của nhân dân đối với Đảng, Nhà nước.
Ngày 30/4/1975 đánh dấu thắng lợi vĩ đại của cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước của dân tộc ta, nước nhà hoàn toàn thống nhất bước vào kỷ nguyên mới: xây dựng chủ nghĩa xã hội trên phạm vi toàn quốc. Cũng như các ngành khác, ngành thanh tra có những nhiệm vụ mới trong giai đoạn xây dựng CNXH và bảo vệ tổ quốc xã hội chủ nghĩa.