Công trình xây dựng xong nhƣng việc vận hành công trình kém hiệu quả thì dự án đầu tƣ cũng không có hiệu quả. Có một thực tế trong ĐTXDCB của nhà nƣớc là chủ dự án và ngƣời quản lý vận hành đƣa công trình vào sử dụng nhiều lúc không phải là một, vì vậy sau khi hoàn thành công trình có thể xảy ra hiện tƣợng đƣa công trình vào sử dụng chậm. Sau
khi nhận bàn giao công trình, chủ đầu tƣ có trách nhiệm khai thác, sử dụng năng lực công trình, đồng bộ hóa tổ chức sản xuất, kinh doanh dịch vụ, hoàn thiện tổ chức và phƣơng pháp quản lý nhằm phát huy đầy đủ các chỉ tiêu kinh tế - kỹ thuật đã đƣợc đề ra trong dự án.
Trong thực tế hiện nay, khi đƣa vào sử dụng và khai thác, nhiều công trình không chú ý đến vận hành ban đầu, nhiều công trình không xây dựng phƣơng án bảo hành, bảo trì. Điều này làm ảnh hƣởng đến tuổi thọ của công trình và hiệu quả ĐTXDCB nói chung. Trong thực tế việc bảo hành công trình còn mang tính hình thức. Nhiều nhà thầu bỏ giá thấp nên không còn chi phí phục vụ việc bảo hành. Nhiều nhà thầu không có năng lực và hệ thống bảo hành đảm bảo quy chuẩn. Nhiều công trình có các thiết bị xuất xứ không rõ hoặc nhiều xuất xứ gây nên khó khăn trong việc bảo hành.
Về bảo hiểm công trình xây dựng, khi tiến hành đầu tƣ và xây dựng, chủ đầu tƣ phải mua bảo hiểm công trình. Chi phí bảo hiểm công trình là một bộ phận vốn đầu tƣ của dự án, đƣợc tính trong tổng dự toán (dự toán) công trình đƣợc duyệt. Thực tế thời gian qua trong bảo hiểm công trình xây dựng còn có nhiều vấn đề cần phải đƣợc chấn chỉnh kịp thời để đảm bảo hiệu quả đầu tƣ.
Về việc hoàn trả vốn đầu tƣ, thu hồi vốn đầu tƣ là nguyên tắc bắt buộc đối với tất cả các dự án đầu tƣ có quy định thu hồi vốn. Đối với các dự án đầu tƣ bằng vốn ngân sách nhà nƣớc, vốn tín dụng do nhà nƣớc bảo lãnh, tín dụng đầu tƣ phát triển của nhà nƣớc, vốn đầu tƣ của các doanh nghiệp mà chủ đầu tƣ có trách nhiệm hoàn trả vốn hoặc trả nợ vay thì nguồn vốn để thu hồi và trả nợ vay bao gồm toàn bộ khấu hao cơ bản, một phần lợi nhuận và các nguồn vốn khác (nếu có). Trƣờng hợp không thu hồi đƣợc vốn và hoàn trả hết nợ vay, chủ đầu tƣ phải chịu trách nhiệm theo quy định của pháp luật. Đối với các dự án đầu tƣ sử dụng vốn vay do chủ đầu tƣ trực tiếp vay của nƣớc ngoài có bảo lãnh của nhà nƣớc hoặc vốn vay thƣơng mại có bảo lãnh của nhà nƣớc thì chủ đầu tƣ có trách nhiệm thống
nhất với cơ quan bảo lãnh về kế hoạch trả nợ vốn vay theo hợp đồng vay vốn và quy định của pháp luật. Thực tế trong những năm qua, việc hoàn trả vốn đầu tƣ còn nhiều bất cập cần phải chấn chỉnh, đặc biệt là các công trình ĐTXDCB của nhà nƣớc. Do cơ chế bao cấp còn ảnh hƣởng nặng nề nên ở nƣớc ta vẫn còn tình trạng cá nhân làm sai nhƣng nhà nƣớc trả nợ, rồi khoanh nợ, giãn nợ, xoá nợ. Nếu không hoàn trả đƣợc vốn đầu tƣ thì hiệu quả tổng thể của dự án không đạt đƣợc và trên hết là nhà nƣớc không có vốn để tiếp tục đầu tƣ cho các công trình khác. Điều này làm ảnh hƣởng đến tốc độ và hiệu quả của ĐTXDCB của nhà nƣớc.