Chính sách thuế quan trong thời gian này, chủ yếu xoay quanh 3 lĩnh vực:
Thứ nhất, dần từng bước giảm thuế nhập khẩu theo đúng những cam kết với WTO. Theo “Nghị định thư Trung Quốc gia nhập Tổ chức thương mại thế giới”, Trung Quốc lần lượt giảm thuế, mức thuế đến năm 2004 giảm xuống còn 10,4%. Trên thực tế, mức thuế bình quân của Trung Quốc giảm từ 15,3% (năm 2001 – khi bắt đầu nhập WTO) xuống còn 9,9% năm 2005 [88]. Trong đó mức thuế quan bình quân ngành công nghiệp sẽ giảm từ 14,8% (năm 2001) xuống còn 9% (năm 2005), ngành nông nghiệp từ 23,2% (năm 2001) xuống còn 15,2% (năm 2005). Từ lúc này, Trung Quốc đã hoàn thành lộ trình giảm thuế khi gia nhập WTO.
Thứ hai, chuyển đổi phù hợp với nhu cầu của phương thức tăng trưởng thương mại, trưng thu hoặc tăng thuế xuất khẩu các sản phẩm tài nguyên sử dụng năng lượng cao và có độ ô nhiễm cao. Về lĩnh vực trưng thu hoặc tăng cường thuế xuất khẩu, năm 2003, Trung Quốc đánh thuế xuất khẩu vào 36 mặt hàng chủ yếu là các sản phẩm phi kim loại sắt, khoáng sản tinh luyện, trong đó có 23 mặt hàng đã tiến hành đánh thuế giá bán lẻ hoặc giảm thuế thông qua hình thức thu thuế tạm thời v.v…16 mặt hàng xoá bỏ thuế quan và 6 mặt hàng thuế quan dưới 10%. Từ năm 2005 trở lại đây, Trung Quốc đã xoá bỏ phần lớn việc trợ cấp xuất khẩu với phần lớn những sản phẩm tài nguyên sử dụng nguồn năng lượng cao và ô nhiễm cao. Để tăng cường hơn nữa việc áp chế xuất khẩu, Trung Quốc còn nhiều lần trưng thu và tăng thuế xuất khẩu đối với một số sản phẩm.
44
Thứ ba, để bảo đảm nguồn cung thị trường nội địa, mở rộng nhập khẩu, Trung Quốc chủ động giảm thuế nhập khẩu đối với các sản phẩm tài nguyên, các sản phẩm kỹ thuật quan trọng và các sản phẩm thiết bị kỹ thuật tiên tiến. Về phương diện thuế nhập khẩu, để khích lệ hơn nữa việc nhập khẩu các thiết bị kỹ thuật tiên tiến, năng lượng, nguyên vật liệu và các sản phẩm tiêu dung có nhu cầu cao trong thị trường trong nước, đồng thời với việc cắt giảm thuế quan theo đúng lộ trình cam kết với WTO, Trung Quốc còn giảm thuế nhập khẩu đối với rất nhiều sản phẩm bằng hình thức thu thuế tạm thời. Hiện nay, Trung Quốc tiến hành thu thuế tạm thời với hơn 600 mặt hàng chủ yếu bao gồm các sản phẩm tài nguyên năng lượng như than, dầu, nhiên liệu v.v… các sản phẩm quan trọng hoặc các linh phụ kiện quan trọng như động cơ diesel v.v…