Quyết định 605/QĐ-KTNN ngày 02/8/2006 về việc Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức của KTNN khu vực II quy định: Kiểm toỏn Nhà nước khu vực II là đơn vị trực thuộc Kiểm toỏn Nhà nước cú chức năng giỳp Tổng KTNN tổ chức thực hiện nhiệm vụ kiểm toỏn bỏo cỏo tài chớnh, kiểm toỏn tuõn thủ, kiểm toỏn hoạt động trong việc quản lý, sử dụng ngõn sỏch, tiền và tài sản nhà nước đối với cỏc tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trờn địa bàn khu vực II theo sự phõn cụng của Tổng KTNN, cụ thể gồm cỏc đối tượng sau đõy: Cỏc cấp chớnh quyền địa phương trờn địa bàn khu vực; Cỏc cơ quan, đơn vị, tổ chức của địa phương trờn địa bàn khu vực cú sử dụng NS, tiền và tài sản của nhà nước; Cỏc cụng trỡnh, dự ỏn đầu tư do UBND cỏc cấp trờn địa bàn khu vực quản lý làm chủ đầu tư; Cỏc DNNN do cỏc cấp thẩm quyền của chớnh quyền địa phương thành lập thuộc địa bàn khu vực; Kiểm toỏn một số đối tượng khỏc do Trung ương quản lý đúng trờn địa bàn khu vực theo sự ủy nhiệm của Tổng KTNN.
Nhiệm vụ trọng tõm mà KTNN khu vực II xỏc định là kiểm toỏn ngõn sỏch, tiền và tài sản nhà nước của cỏc tỉnh trờn địa bàn, giỳp HĐND và UBND cỏc địa
phương trờn địa bàn quản lý tài chớnh ngõn sỏch minh bạch, hiệu quả. Nắm bắt cỏc thụng tin về tỡnh hỡnh tài chớnh, ngõn sỏch, đầu tư XDCB, và cỏc thụng tin cú liờn quan về quản lý và sử dụng, tiền và tài sản nhà nước phục vụ cho cụng tỏc kiểm toỏn; xõy dựng kế hoạch kiểm toỏn hàng năm của đơn vị trỡnh Tổng KTNN quyết định. Đề xuất Tổng KTNN quyết định kiểm toỏn bỏo cỏo quyết toỏn NSĐP sau khi HĐND phờ duyệt quyết toỏn ngõn sỏch mà trước đú chưa kiểm toỏn; tổ chức thực hiện kế hoạch kiểm toỏn được Tổng KTNN giao. Xột duyệt và chịu trỏch nhiệm trước Tổng KTNN và trước phỏp luật về biờn bản kiểm toỏn và BCKT do cỏc đoàn kiểm toỏn của đơn vị thực hiện trước khi trỡnh Tổng KTNN. Tổng hợp kết quả kiểm toỏn và kết quả thực hiện kiến nghị kiểm toỏn của cỏc đơn vị được kiểm toỏn hàng năm thuộc phạm vi kiểm toỏn của đơn vị bỏo cỏo Tổng KTNN. Tham gia với Vụ Tổng hợp và cỏc đơn vị cú liờn quan chuẩn bị ý kiến về dự toỏn NSNN, phương ỏn phõn bổ NSTW và quyết toỏn NSNN hàng năm để Tổng KTNN trỡnh Quốc Hội.