Ở Việt Nam, trong những năm nền kinh tế nước ta phỏt triển theo cơ chế kế hoạch húa tập trung, hầu như kiểm toỏn chưa xuất hiện, nếu cú chỉ là những hoạt động nhỏ lẻ về kiểm tra tài chớnh cú tớnh chất sơ khai của hoạt động kiểm toỏn. Kiểm toỏn thực sự xuất hiện ở nước ta vào năm 1991, khi đú nền kinh tế nước ta chuyển từ nền kinh tế kế hoạch húa tập trung sang nền kinh tế phỏt triển theo cơ chế thị trường theo định hướng xó hội chủ nghĩa và do yờu cầu hội nhập kinh tế quốc tế ngày càng sõu rộng trờn tất cả cỏc lĩnh vực kinh tế. Kiểm toỏn Nhà nước Việt Nam chớnh thức ra đời từ năm 1994 bằng Nghị định số 70/CP ngày 11/7/1994 của Chớnh phủ.
Ngày 11/7/1994 Chớnh phủ ban hành Nghị định số 70/CP thành lập cơ quan KTNN, và ngày 24/01/1995 Thủ tướng Chớnh phủ ban hành Điều lệ Tổ chức và hoạt động của KTNN kốm theo Quyết định số 61/TTg, đến ngày 13/8/2003 Chớnh phủ ban hành Nghị định số 93/CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của KTNN (thay thế Quyết định số 61/TTg).
Như vậy cho đến trước khi Luật KTNN ban hành, KTNN là cơ quan thuộc Chớnh phủ, thực hiện kiểm toỏn hàng năm theo Quyết định giao kế hoạch kiểm toỏn của Chớnh phủ; KTNN thuộc Chớnh phủ nờn tớnh độc lập khụng cao và cũng vỡ vậy phạm vi kiểm toỏn, chất lượng kiểm toỏn cũn cú những tồn tại hạn chế nhất định.
Luật KTNN số 37/2005-QH11 được Quốc Hội thụng qua ngày 24/6/2005 tại kỳ họp thứ 7 Quốc Hội khúa XI. Luật KTNN, gồm: 8 chương, 76 điều. Theo Luật KTNN, KTNN được xỏc định là cơ quan chuyờn mụn về lĩnh vực kiểm tra tài chớnh nhà nước, do Quốc Hội thành lập, hoạt động độc lập và chỉ tuõn theo phỏp luật. KTNN cú chức năng kiểm toỏn bỏo cỏo tài chớnh, kiểm toỏn tuõn thủ, kiểm toỏn hoạt động đối với mọi cơ quan, tổ chức quản lý, sử dụng ngõn sỏch, tiền và tài sản nhà nước. Nhiệm vụ chớnh của KTNN là:
Hai là, thực hiện nhiệm vụ kiểm toỏn theo yờu cầu của Quốc Hội, Ủy ban thường vụ Quốc Hội, Chớnh phủ, Thủ tướng Chớnh phủ và bỏo cỏo với Quốc Hội, Chớnh phủ trước khi thực hiện.
Ba là, bỏo cỏo kết quả kiểm toỏn với Quốc Hội, Thường vụ Quốc Hội; gủi bỏo cỏo kiểm toỏn cho Chớnh Phủ; Thủ Tướng Chớnh phủ và cỏc cơ quan khỏc theo quy định của phỏp luật.
Bốn là, tham gia ý kiến để Quốc Hội xem xột, quyết định dự toỏn NSNN, quyết định phõn bổ ngõn sỏch Trung ương, quyết định dự ỏn, cụng trỡnh quan trọng quốc gia, phờ chuẩn quyết toỏn NSNN.
Năm là, tổ chức cụng bố cụng khai bỏo cỏo kiểm toỏn theo quy định tại Điều 58, Điều 59 của Luật KTNN và cỏc quy định khỏc của phỏp luật.
Sỏu là, chuyển hồ sơ cho cơ quan điều tra và cỏc cơ quan khỏc của nhà nước cú thẩm quyền kiểm tra, xử lý những vụ việc cú dấu hiệu vi phạm phỏp luật của tổ chức, cỏ nhõn đó được phỏt hiện thụng qua hoạt động kiểm toỏn.
Bảy là, Quản lý hồ sơ kiểm toỏn; giữ bớ mật tài liệu, số liệu kế toỏn và thụng tin về hoạt động của đơn vị được kiểm toỏn theo quy định của phỏp luật.
Cơ cấu tổ chức của KTNN được thể hiện ở sơ đồ 2.1 (phụ lục)
Theo Nghị quyết số 916/2005/NQ-UBTVQH11 ngày 15 thỏng 9 năm 2005 và Nghị quyết số 1064/NQ-UBTVQH12 ngày 29 thỏng 4 năm 2011 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về cơ cấu tổ chức của KTNN, gồm: cỏc Vụ và cỏc đơn vị tương đương cấp vụ. Tổ chức của KTNN, gồm: bộ mỏy điều hành, cỏc KTNN chuyờn ngành, cỏc KTNN khu vực và cỏc đơn vị sự nghiệp, cụ thể như sau:
* Cỏc đơn vị tham mưu và điều hành: Văn phũng KTNN; Vụ Tổ chức cỏn bộ; Vụ Tổng hợp; Vụ Chế độ và Kiểm soỏt chất lượng kiểm toỏn; Vụ Phỏp chế; Vụ hợp tỏc quốc tế; Vụ thanh tra.
* Cỏc đơn vị kiểm toỏn Nhà nước chuyờn ngành: KTNN chuyờn ngành I; KTNN chuyờn ngành II; KTNN chuyờn ngành III; KTNN chuyờn ngành IV; KTNN chuyờn ngành V; KTNN chuyờn ngành VI; KTNN chuyờn ngành VII;
* Cỏc đơn vị KTNN khu vực: KTNN khu vực I (Trụ sở đặt tại Thành phố Hà Nội); KTNN khu vực II (Trụ sở đặt tại TP Vinh, tỉnh Nghệ An); KTNN khu vực III (Trụ sở đặt tại TP Đà Nẵng); KTNN khu vực IV (Trụ sở đặt tại TP Hồ Chớ Minh); KTNN khu vực V (Trụ sở đặt tại TP Cần Thơ); KTNN khu vực VI (Trụ sở đặt tại TP Hạ Long, tỉnh
Quảng Ninh); KTNN khu vực VII (Trụ sở đặt tại TP Yờn Bỏi, tỉnh Yờn Bỏi); KTNN khu vực VIII (Trụ sở đặt tại TP Nha Trang, tỉnh Khỏnh Hũa); KTNN khu vực IX (Trụ sở đặt tại TP Mỹ Tho, tỉnh Tiền Giang); Khu vực X (Trụ sở đặt tại TP Hạ Long, tỉnh Quảng Ninh); Khu vực XI (Trụ sở đặt tại TP Thanh Húa, tỉnh Thanh Húa); Khu vực XII (Trụ sở đặt tại TP Ban ma Thuột, tỉnh Daklak); Khu vực XIII (Trụ sở đặt tại TP Vũng Tàu, tỉnh Bà rịa Vũng Tàu).
* Cỏc đơn vị sự nghiệp: Trung tõm khoa học và bồi dưỡng cỏn bộ; Trung Tõm tin học; Tạp chớ kiểm toỏn;
* Nhõn sự: Nguồn nhõn lực của KTNN phỏt triển nhanh về số lượng và cú chất lượng tương đối cao, đến năm 2013, KTNN cú đội ngũ cỏn bộ, cụng chức, viờn chức là 1.700 người, trong đú đội ngũ KTV chiếm hơn 80%. Chất lượng đội ngũ từng bước được nõng cao, số cú trỡnh độ đại học chiếm 99%, trong đú 100% KTV cú trỡnh độ đại học trở lờn, nhiều cỏn bộ cú 2 đến 3 bằng đại học, cú 15,36% cỏn bộ cú trỡnh độ sau và trờn đại học, trong đú cú 5 giỏo sư, phú giỏo sư, 15 tiến sĩ, 172 thạc sĩ. Việc bố trớ, sử dụng nhõn lực kiểm toỏn theo hướng chuyờn mụn húa được duy trỡ, kết hợp với cụng tỏc đào tạo, bồi dưỡng đó tạo điều kiện cho đội ngũ kiểm toỏn viờn phỏt triển theo chiều sõu về kiến thức, kỹ năng và kinh nghiệm.