Sự dị hĩa các cơ chất kị nước đối với nấm men là sự chuyển hĩa phức tạp bao gồm nhiều chu trình chuyển hĩa diễn ra ở các bào quan khác nhau của tế bào.
Các cơ chất kị nước, một khi thấm qua màng tế bào, được hoạt hĩa dưới dạng Coenzyme A (CoA), sau đĩ được vận chuyển bởi nhĩm protein FABPs tại khu vực
oxy hĩa cấp1 của chúng. S. cerevisiae cũng biểu đạt một protein loại acyl-CoA kết hợp
với protein được mã hĩa bởi gen ACB1. Đĩ là một protein gồm 86 đến 103 acid amin sẽ kết hợp với acyl-CoA của mạch 14-20 C nhưng khơng phải với acid béo tự do. Các triglycerid được thủy phân thành glycerol và acid béo tự do. Các ankan bị oxy hĩa đến các acid béo tự do tương ứng bởi các enzyme của hệ thống oxy hĩa đơn ankan (AMOS): citochrom P450 và NADPH-citochrom P450 reductase, các ancol oxydase, andehyde dehydrogenase.
Tiếp theo, các acid béo dưới dạng este của CoA được phân cắt thành acetyl CoA và propionyl-CoA trong trường hợp mạch ankan lẻ thơng qua quá trình β-oxy hĩa ở peroxysome. Nhìn chung mạch acyl của acid béo cĩ thể được sáp nhập vào quá trình tạo thành lipid màng tế bào sau khi kéo dài và khơng bão hịa. Tùy thuộc vào điều kiện các acid béo tự do cũng cĩ thể tự tích lũy trong các hạt lipid.
Oxy hĩa các acyl-CoA trong các peroxysome được thực hiện bởi enzyme acyl-
CoA oxydase (Aox) được mã hĩa bởi các gen POX. Đối với Y. lipolytica, cĩ 6 gen,
POX1 đến POX6, đã được phân lập và được nghiên cứu đặc tính [63], [64], [65].
Chủng đột biến của W29, cắt bỏ 4 gen pox2, pox3, pox4, pox5 (Y. lipolytica
MTLY37) khơng cĩ khả năng mọc trên mơi trường methyle oleat như là nguồn C chính.
Sản phẩm cuối cùng của sự oxy hĩa các acid béo ở nấm men là acetyl-CoA. Sản phẩm này đi vào trong chu trình glyoxylate mà enzyme chính là isocitrate lyase ICL1, hoặc đi ra các thể hạt để sáp nhập vào chu trình citrate hoặc chu trình methylcitrate trong trường hợp mạch C cĩ số C lẻ.