Cơ cấu tổ chức của công ty cũng thay đổi theo từng thời kỳ phát triển. DTSOFT đã luôn luôn tìm cách thay đổi mô hình để phát triển vươn lên.
- Trong các năm 1995 – 1999: Công ty tổ chức các phòng : Phòng phần mềm, Phòng hệ thống, Phòng đào tạo.
- Trong các năm 2000 – 2002: Công ty tổ chức mô hình bao gồm các phòng: Phòng phần mềm, Kinh doanh và hỗ trợ khách hàng. Mô hình lương sản phẩm đã khuyến khích anh chị em cán bộ kinh doanh và hỗ trợ khách hàng.
- Từ năm 2003: Công ty bắt đầu tổ chức mô hình các phòng chuyên môn và văn phòng và đã tạo ra bước ngoặt lớn. Các văn phòng vừa có chức năng kinh doanh vừa có chức năng hỗ trợ khách hàng, trưởng văn phòng gần như toàn quyền điều hành, có thể nói văn phòng hoạt động như một mô hình công ty nhỏ trong một công ty lớn. Cho đến nay mô hình văn phòng phát triển mạnh và toàn công ty đã phát triển đến 34 văn phòng.
- Năm 2005 công ty bắt đầu đưa vào chính sách khoán và đã tạo tăng trưởng doanh số lên cao. Cho đến nay chính sách khoán đã được áp dụng như một công cụ điều hành hiệu quả tạo tặng trưởng cho DTSOFT và tăng lương, thu nhập cho cán bộ.
- Năm 2007 công ty đưa vào chính sách lương điều kiện dựa trên kết quả thực hiện khoán. Chính sách này đã phân biệt rõ các bộ phận thành công và các bộ phận không thành công.
Cách thức tổ chức guồng máy và cơ cấu điều hành thay đổi theo từng thời kỳ xuất phát từ thực tế kinh doanh đã quyết định sự thành công của DTSOFT. Tuy nhiên với sự thay đổi cách tổ chức, phần đông cán bộ theo kịp đã cùng với DTSOFT phát triển, một số cán bộ khác đã không theo kịp và đã phải thay đổi nơi làm việc.