Bên cạnh những nguyên nhân khách quan nhƣ đã đề cập ở trên, những tồn tại trong hoạt động bảo vệ quyền con ngƣời trong thi hành án hình sự còn do những nguyên nhân chủ quan sau:
Thứ nhất, nhận thức về vị trí, chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan và
cá nhân có thẩm quyền trong thi hành án hình sự còn chƣa đầy đủ, chƣa làm hết chức năng nhiệm vụ theo luật định.
Thứ hai, việc nghiên cứu các quy định của pháp luật thi hành án hình
sự, các tài liệu hƣớng dẫn công tác nói chung và các quy định về đảm bảo quyền con ngƣời trong hoạt động thi hành án hình sự nói riêng của một số cá nhân có thẩm quyền trong thi hành án hình sự chất lƣợng còn hạn chế, việc áp dụng và vận dụng các quy định pháp luật thi hành án hình sự để bảo vệ các quyền con ngƣời còn thấp. Năng lực, trình độ, thao tác nghiệp vụ của một số cán bộ có thẩm quyền trong công tác thi hành án hình sự còn có mặt hạn chế; chƣa đề cao ý thức trách nhiệm của cán bộ thực thi nhiệm vụ.
Thứ ba, sự phối hợp liên ngành giữa các cơ quan có thẩm quyền nhằm
đảm bảo quyền con ngƣời trong hoạt động thi hành án hình sự chƣa chặt chẽ. Cho tới thời điểm hiện tại, Luật thi hành hình sự 2010 có hiệu lực thi hành đƣợc hơn một năm. Vì vậy, chƣa thể đánh giá chính xác hiệu quả thi hành của luật mới ở thời điểm này. Đặc biệt là khi các văn bản hƣớng dẫn thi hành luật mới đƣợc ban hành có hiệu lực chƣa lâu và số lƣợng chƣa nhiều, chƣa đảm bảo hƣớng dẫn đầy đủ đƣợc các vấn đề. Vấn đề đƣợc nhiều ngƣời quan tâm là thi hành án tử hình bằng hình thức tiêm thuốc độc thì mới đƣợc hƣớng dẫn thi hành bởi Nghị định số 82/2011/NĐ-CP ngày 16 tháng 9 năm 2011 quy định về thi hành án tử hình bằng hình thức tiêu thuốc độc và đƣợc chính thức áp dụng kể từ ngày 01 tháng 11 năm 2011và cho đến nay chƣa có thi hành án tử hình nào bằng hình thức mới này. Đối với việc thi hành án phạt khác về cơ bản không có nhiều thay đổi so với những văn bản pháp luật đơn
hành vì thế những tồn tại của quá trình thi hành án do sự thiếu thốn, khó khăn về cơ sở vật chất vẫn chƣa đƣợc khắc phục.