Mặc dù đã đƣợc sửa đổi bổ sung nhiều lần vào các năm 1989, 1991, 1992, 1997 nhƣng Bộ luật hình sự vẫn bộc lộ những điểm hạn chế trƣớc yêu cầu đấu tranh phồng chống tội phạm đang diễn biến ngày càng phức tạp. Do đó, sau nhiều năm soạn thảo ngày 21 tháng 12 năm 1999 Bộ luật hình sự mới đƣợc thông qua thay thế cho Bộ luật hình sự năm 1985. Trong đó phần hình phạt và các biện pháp tƣ pháp đƣợc chỉnh lý hoàn thiện hơn. Sau này, Bộ luật hình sự 1999 đƣợc sửa đổi, bổ sung năm 2009 để phù hợp với tình hình mới
Theo đó, để phù hợp với Bộ luật hình sự mới, với tƣ cách là luật hình thức – Bộ luật tố tụng hình sự năm 1988 cũng đƣợc thay thế bằng Bộ luật tố tụng hình sự mới đƣợc Quốc hội thông qua ngày 26 tháng 11 năm 2003. Bộ luật tố tụng hình sự tiếp tục kế thừa và hoàn thiện các quy định về thi hành án hình sự.
Các văn bản pháp luật đơn hành hƣớng dẫn Bộ luật hình sự 1999, Bộ luật tố tụng hình sự 2003 về thi hành bản án, quyết định của Tòa án liên tiếp ra đời. Ví dụ nhƣ: Nghị định số 59/2000/NĐ-CP ngày 30 tháng 10 năm 2000 của Chính phủ quy định việc thi hành biện pháp giáo dục tại xã, phƣờng, thị trấn đối với ngƣời chƣa thành niên phạm tội; Nghị định số 60/2000/NĐ-CP ngày 30 tháng 10 năm 2000 của Chính phủ quy định việc thi hành hình phạt cải tạo không giam giữ; Nghị định số 61/2000/NĐ-CP ngày 30 tháng 10 năm 2000 của Chính phủ quy định việc thi hành hình phạt tù cho hƣởng án treo; Nghị định số 52/2001/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2001 của Chính phủ hƣớng dẫn thi hành biện pháp tƣ pháp đƣa vào trƣờng giáo dƣỡng; Nghị định số 53/2001/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2001 của Chính phủ hƣớng dẫn thi hành hình phạt cấm cƣ trú và quản chế; Nghị định số 54/2001/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2001 của Chính phủ hƣớng dẫn thi hành hình phạt trục xuất; Nghị định số 98/2002/NĐ-CP ngày 27 tháng 11 năm 2002 của Chính phủ sửa đổi bổ sung một số điều của Quy chế tạm giữ, tạm giam kèm theo Nghị định số 89/1998/NĐ-CP ngày 7 tháng 11 năm 1998; Thông tƣ liên tịch số 07/2004/TTLT-BCA-VKSNDTC ngày 29 tháng 4 năm 2004 của Bộ Công an, Viện kiểm sát nhân dân tối cao về việc hƣớng dẫn thực hiện một số quy định về thi hành hình phạt tù đối với phạm nhân chấp hành án phạt tù; Thông tƣ liên tịch số 07/2004/TTLT-BCA-VKSNDTC ngày 29 tháng 4 năm 2004 của Bộ Công an, Viện kiểm sát nhân dân tối cao về việc hƣớng dẫn thực hiện một số quy định về thi hành hình phạt tù đối với phạm nhân chấp hành án phạt tù; Thông tƣ liên tịch số 02/2006/TTLT-BCA-BQP-BYT-TANDTC-VKSNDTC ngày 18 tháng 5 năm 2006 của Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Bộ Y tế, Tòa án nhân dân tối cao, Viện kiểm sát nhân dân tối cao về việc hƣớng dẫn thi hành một số quy định của pháp luật về tạm đình chỉ chấp hành hình phạt tù đối với ngƣời đang chấp hành hình phạt tù bị bệnh nặng; Quyết định số 810/2006/QĐ-BCA ngaỳ 04 tháng 7 năm 2006 của Bộ Công an ban hành quy
trình bảo vệ phiên tòa, áp giải bị cáo, dẫn giải ngƣời làm chứng ra tòa và quy trình thi hành án tử hình; Thông tƣ liên tịch số 07/2007/TTLT-BCA-BQP- BTC ngày 07 tháng 6 năm 2007 của Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Bộ Tài chính về việc hƣớng dẫn chế độ lao động, dạy nghề và sử dụng kết quả lao động của phạm nhân trong trại giam; Nghị quyết số 02/2007/NQ-HĐTP ngày 02tháng 10 năm 2007 của Hội đồng thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao hƣớng dân thi hành một số quy định trong phần thứ năm "Thi hành án và quyết định của Tòa án" của Bộ luật tố tụng hình sự; Nghị định số 113/2008/NĐ-CP ngày 28 tháng 10 năm 2008 của Chính phủ quy định việc ban hành quy chế trại giam…
Tuy vậy, nhìn lại lịch sử có thể nhận thấy hệ thống pháp luật thi hành án hình sự chƣa đƣợc pháp điển hóa thành một bộ luật riêng, thống nhất mà vẫn nằm rời rạc, rải rác trong nhiều văn bản pháp luật khác nhau gây khó khăn cho công tác thi hành án. Chính vì thế, Quốc hội nƣớc ta đã thông qua Luật Thi hành án hình sự tại kỳ họp thứ 7 khóa XII ngày 17 tháng 6 năm 2010. Đây là luật thi hành án hình sự đầu tiên trong lịch sử pháp luật thi hành án ở Việt nam. Luật đƣợc xây dựng trên cơ sở đƣờng lối, chính sách hình sự của Đảng và Nhà nƣớc ta, kế thừa các văn bản trƣớc, tiếp thu có chọn lọc pháp luật thi hành án hình sự của các quốc gia trên thế giới. Luật này quy định tƣơng đối toàn diện và hệ thống khắc phục đƣợc những hạn chế của các văn bản đơn hành về thi hành án hình sự. Trong thời gian qua, nhiều văn bản pháp luật hƣớng dẫn thi hành Luật thi hành án hình sự đƣợc ban hành: Nghị định 80/2011/NĐ-CP của Chính phủ về việc quy định các biện pháp đảm bảo tái hòa nhập cộng đồng đối ngƣời chấp hành xong án phạt tù, áp dụng từ ngày 16 tháng 11 năm 2011; Nghị định 81/2011/NĐ-CP của Chính phủ về việc quy định chế độ ăn, mặc, chăm sóc và quản lý của học sinh trƣờng giáo dƣỡng ngày16 tháng 9 năm 2011, áp dụng từ 01 tháng 11 năm 2011; Nghị
định 82/2011/NĐ-CP của Chính phủ về việc quy định về thi hành án tử hình bằng hình thức tiêm thuốc độc, áp dụng từ ngày 01 tháng 11 năm 2011; Thông tƣ 114/2011/TT-BTC ngày 12-8-2011 Quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí giám định tƣ pháp trong lĩnh vực pháp y; Thông tƣ 58/2011/TT-BCA ngày 9- 8-2011 Quy định về đồ vật cấm đƣa vào trại giam và việc thu giữ, xử lý đồ vật cấm; Thông tƣ 46/2011/TT-BCA ngày 30- 6-2011 Quy định việc phạm nhân gặp thân nhân; nhận, gửi thƣ; nhận tiền, quà và liên lạc điện thoại với thân nhân; Thông tƣ 40/2011/TT-BCA ngày 27-6- 2011 Quy định tiêu chuẩn thi đua chấp hành án phạt tù và xếp loại chấp hành án phạt tù cho phạm nhân; Nghị định 64/2011/NĐ- CP ngày 28-7-2011 Quy định việc thi hành biện pháp bắt buộc chữa bệnh; Thông tƣ 40/2011/TT- BCA ngày 27-6-2011 Quy định tiêu chuẩn thi đua chấp hành án phạt tù và xếp loại chấp hành án phạt tù cho phạm nhân; Nghị quyết 01/2010/NQ-HĐTP ngày 22-10-2010 Hƣớng dẫn áp dụng một số quy định tại Điều 248 và Điều 249 của Bộ luật hình sự….