Việc bảo đảm an toàn và an ninh trong quá trình thực hiện các dịch vụ ngân hàng điện tử là một nhiệm vụ quan trọng. Để thực hiện nhiệm vụ này thì việc đầu tiên chọn lựa phương án bảo mật và các phần mềm ngân hàng điện tử. Phần mềm không chỉ bảo đảm khách hàng giao dịch dễ dàng mà còn bảo đảm an toàn, an ninh của quá trình giao dịch. Nhận thức được điều này, Habubank đã ký hợp đồng với công ty IBM cung cấp các phần mềm ngân hàng điện tử và dịch vụ kèm theo.
Để khách hàng tin dùng các dịch vụ ngân hàng điện tử, việc đầu tiên là các dịch vụ này phải có phương án bảo mật tốt. Đặc biệt, trong điều kiện bản thân khách hàng chưa quen dùng các dịch vụ này cũng như chứng kiến nhiều vụ việc đột nhập ăn trộm số thẻ, đặt máy quay ăn trộm mật mã của thẻ … thì việc bảo mật hiệu quả càng có ý nghĩa quan trọng. Hiện có nhiều phương án bảo mật các giao dịch, những để chọn được một phương án hiệu quả là điều không đơn giản. Một phương án bảo mật phải đáp ứng được những yêu cầu chủ yếu sau: chi phí thấp; dễ dàng, thuận tiện cho người sử dụng và sử dụng được trong nhiều hệ thống; khả năng mở rộng và tương thích với các hệ thống khác tốt. Habubank đã lựa chọn giải pháp sử dụng các công nghệ bảo mật mới nhất là mã hóa đường truyền 128bit (SSL), kết hợp với chứng chỉ số của website và thiết bị bảo mật (token key) do hãng Verisign (một công ty chuyên về các giải pháp bảo mật của Mỹ) cung cấp. Đây là một trong những công nghệ mã hóa mạnh nhất, được sử dụng rộng rãi trong các ứng dụng ngân hàng, tài chính trực tuyến trên thế giới. Phương thức bảo vệ này giúp tránh được việc các thông tin của khách hàng bị lộ trong khi truyền đi cũng như
việc xác thực các giao dịch tài chính.