Hệ thống phân phối thuốc được quy hoạch và quản lý trên cơ sở tuân thủ những tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật và theo hướng cung ứng thuốc khoa học và hợp lý, đảm bảo cho người dân tiếp cận với thuốc một cách thuận lợi, dễ dàng
trong mọi tình huống. Trong đó, các đối tượng thuộc diện chính sách xã hội, người nghèo, phụ nữ, trẻ em và người già là nhóm người được chú trọng ưu tiên để dễ dàng mua được thuốc đảm bảo chất lượng và có giá rẻ.
Về phân phối, bán buôn thuốc: các chính sách cần hướng tới việc thúc đẩy quá trình sáp nhập, tập trung các công ty bán buôn; loại bớt đầu mối trung gian để rút ngắn đường đi của thuốc, hạ giá thành sản phẩm. Triển khai áp dụng công nghệ phân phối thuốc tiên tiến, trên cơ sở thực hiện các quy định về thực hành tốt phân phối thuốc (GDP) và thực hành tốt bảo quản thuốc (GSP). Cần thiết phải thành lập đơn vị làm nhiệm vụ công ích hoạt động phi lợi nhuận, có trách nhiệm tổ chức đấu thầu thuốc quốc gia, bảo quản và cung ứng thuốc cho các chương trình, mục tiêu y tế quốc gia và các bệnh viện tham gia khám chữa bệnh cho đối tượng có thẻ bảo hiểm y tế. Dự trữ quốc gia về thuốc phải được quan tâm đúng mức. Phải luôn có một lượng thuốc dự trữ để sử dụng trong các trường hợp khẩn cấp như thiên tai, dịch bệnh, thảm họa và góp phần bình ổn giá thuốc.
Về cung ứng, bán lẻ thuốc: các quy định chuyên ngành cần hướng tới mục tiêu bố trí đủ các cơ sở bán lẻ, các điểm cấp phát thuốc, đặc biệt là ở những vùng khó khăn, miền núi, vùng sâu, vùng xa để bất kỳ người dân nào cũng có thuốc để sử dụng khi ốm đau. Các cơ sở bán lẻ thuốc cần thực hiện theo lộ trình nguyên tắc thực hành tốt nhà thuốc (GPP); đảm bảo tư vấn, hướng dẫn nhân dân sử dụng thuốc hợp lý, an toàn, hiệu quả. Ngành Dược Việt Nam phải khẩn trương tổ chức lại, xây dựng và làm chủ hệ thống bán lẻ trên phạm vi toàn quốc, tạo điều kiện để hình thành các chuỗi nhà thuốc lớn có sức cạnh tranh trên thị trường, nhằm đạt được mục đích chủ động định hướng cung ứng, sử dụng các loại thuốc hợp lý để không bị lệ thuộc vào các hãng phân phối dược phẩm đa quốc gia, không bị lệ thuộc vào đầu tư từ nước ngoài, vì an ninh quốc gia trong lĩnh vực dược.
Trên cơ sở tôn trọng thực hiện các điều ước quốc tế mà Việt Nam đã ký kết, nhưng trong các trường hợp đặc biệt cần phải bảo vệ lợi ích quốc gia, bảo vệ quyền lợi chính đáng được tiếp cận và sử dụng thuốc của đại đa số nhân dân, Bộ
Y tế vận dụng các quy định trong Hiệp định TRIPS để ban hành các văn bản kỹ thuật để áp dụng cho các trường hợp sau:
a. Sản xuất các loại thuốc vẫn còn trong giai đoạn bảo hộ sở hữu trí tuệ để đảm bảo người bệnh có thể tiếp cận được với thuốc nhằm chống lại một đại dịch; hoặc trong trường hợp thuốc phát minh có giá bán cao hơn khả năng chi trả của đại đa số người dân.
b. Đăng ký sớm một loại thuốc để đảm bảo thuốc được lưu hành ngay sau khi thuốc đó hết hạn bảo hộ sở hữu trí tuệ.
c. Nhập khẩu song song một loại thuốc đã có số đăng ký lưu hành tại Việt Nam, nếu số lượng thuốc đã đăng ký nhập khẩu không đủ cho nhu cầu sử dụng hoặc do sự độc quyền mà nhà phân phối bán thuốc với giá cao gây thiệt hại cho người tiêu dùng.