Được thành lập từ năm 1995, lịch sử 19 năm hình thành và phát triển của Navibank không phải là con đường trải đầy hoa hồng mà là quá trình chinh phục những gian nan, những thử thách. Có thể sử dụng cột mốc chuyển đổi mô hình hoạt động từ ngân hàng thương mại cổ phần nông thôn thành ngân hàng thương mại cổ phần đô thị để chia quá trình hình thành và phát triển của Navibank thành 02 giai đoạn chính: giai đoạn hình thành (1995 2006) và giai đoạn phát triển (2006 – 2012)
Trong giai đoạn 1995 – 2006, xuất phát điểm là một Ngân hàng thương mại cổ phần nông thôn với số vốn điều lệ 01 tỷ đồng, Ngân hàng Sông Kiên (tiền thân của Navibank) đã phải đối mặt không ít khó khăn do nguồn vốn hạn hẹp, trình độ nguồn nguồn nhân lực hạn chế, cơ sở vật chất nghèo nàn, công nghệ lạc hậu. Hoạt động chủ yếu của Ngân hàng là cho vay tín dụng nông nghiệp trên địa bàn tỉnh Kiên Giang.
Hệ quả của thực trạng này là sự bó hẹp trong quy mô hoạt động và hiệu quả kinh doanh thấp. Đến năm 2004 vốn điều lệ chỉ có 1,5 tỷ đồng, nợ quá hạn ngày càng lớn ngân hàng có nguy cơ phá sản và phải ở trong tầm kiểm soát đặc biệt.
Tuy vậy, trong giới hạn của mình bằng nỗ lực của chính bản thân cùng với sự hậu thuẫn vững chắc từ các cổ đông chiến lược mới như Tập đoàn Đầu tư Sài Gòn, Tập đoàn Dệt may Việt Nam (Vinatex), Công ty cổ phần Đại lý Liên hiệp vận chuẩn (Gemadept), Công ty cổ phần phát triển đô thị Kinh Bắc, ... Navibank đã xác định được hướng đi mới là chuyển đổi mô hình hoạt động thành ngân hàng thương mại cổ phần đô thị nhằm mở rộng quy mô hoạt động và định hướng trở thành ngân hàng thương mại bán lẻ chuẩn mực hàng đầu Việt Nam.
Giai đoạn 2006 – 2008, ngày 18/05/2006 được Navibank ghi nhận như là cột mốc chiến lược trong lịch sử hình thành và phát triển của mình bằng sự kiện chính thức chuyển đổi mô hình hoạt động từ ngân hàng thương mại cổ phần nông thôn thành ngân hàng thương mại cổ phần đô thị, chuyển đổi trụ sở chính từ Kiên Giang về TP.Hồ
Chí Minh đồng thời chính thức sử dụng tên Ngân hàng TMCP Nam Việt – Navibank thay cho tên gọi Ngân hàng TMCP Sông Kiên. Ý thức sâu sắc những cơ hội cũng như những khó khăn sẽ gặp phải trong môi trường kinh doanh mới, để có thể tồn tại và phát triển, Navibank đã thực hiện một cuộc đại cải tổ, mà ở đó, cơ cấu tổ chức hoạt động được xét duyệt và điều chỉnh, đầu tư cho công tác phát triển mạng lưới hoạt động, tăng cường năng lực tài chính thông qua việc bổ sung vốn điều lệ và tái cơ cấu bảng tổng kết tài sản, hiện đại hoá ngân hàng, đầu tư nâng cao chất lượng nguồn nhân lực,... Với những nỗ lực đúng đắn và tích cực đó, chỉ sau hơn 01 năm chuyển đổi mô hình hoạt động, đến cuối năm 2007, Navibank đã đạt được sự tăng trưởng đáng khích lệ như tổng tài sản đạt gần 10.000 tỷ đồng, huy động vốn đạt hơn 9.000 tỷ đồng, vốn điều lệ đạt gần 500 tỷ đồng, lợi nhuận trước thuế đạt trên 100 tỷ đồng.
Đến giai đoạn 2008 nay, chịu sự ảnh hưởng của khủng hoảng kinh tế thế giới, mặc dù kinh tế Việt Nam chưa hội nhập sâu rộng nhưng thị trường trong nước vẫn chịu sức ép khá lớn từ cuộc khủng hoảng tài chính thể hiện qua việc sụt giảm nghiêm trọng kim ngạch xuất nhập khẩu, chỉ số giá tiêu dùng cao, thị trường bất động sản và chứng khoán đóng băng, ...Cuộc khủng hoảng tài chính lịch sử này đã đặt các ngân hàng thương mại trong nước nói chung và Navibank nói riêng vào tình thế hết sức khó khăn khi phải đối mặt với nguy cơ khủng hoảng nợ xấu do khách hàng mất thị trường, tình hình sản xuất kinh doanh bị đình đốn, mất khả năng thanh toán, .... Trước tình hình đó, Navibank đã tạm gác mục tiêu tăng trưởng nhanh để tập trung cho nhiệm vụ hàng đầu là vượt qua khủng hoảng, duy trì sự ổn định và sự an toàn trong hoạt động. Do đó, mặc dù kết quả kinh doanh trong những năm 2009, 2010, 2011 không thật sự khả quan nhưng là kết quả của sự nỗ lực từ phía lãnh đạo cũng như của tập thể cán bộ nhân viên Navibank.