Với cái tên đầu tiên là “Thuế quan và thuế gián thu” được thành lập với mục đích đảm bảo việc kiểm soát hàng hóa XNK và duy trì nguồn thu ngân sách Hải quan Việt Nam không ngừng xây dựng, hoàn thiện và nâng cao cơ pháp lý, quản lý Nhà nước để ngày càng phù hợp hơn với thực tiễn của nước Việt Nam. Từ chỗ Hải quan Việt Nam còn phải tạm thời sử dụng những quy định nghiệp vụ về thuế quan của chính quyền thực dân đến nay đã xây dựng và ban hành được “Điều lệ Hải quan”, Pháp lệnh Hải quan và tiếp đó là Luật Hải quan Việt Nam có hiệu lực từ ngày 1 tháng 1 năm 2002.
Với những mục tiêu nhằm tạo thuận lợi cho phát triển XNK, thu hút đầu tư nước ngoài, phát triển du lịch và giao thương quốc tế, đảm bảo quản lý, nâng cao chất lượng, hiệu quả công tác Hải quan Việt Nam đã luôn luôn thực hiện theo khẩu hiệu mà mình đã đặt ra: “CHUYÊN NGHIỆP, MINH BẠCH, HIỆU QUẢ”
Ngày 10 tháng 9 năm 1945, Bộ trưởng Bộ Nội vụ Võ Nguyên Giáp thừa ủy quyền của Chủ tịch Chính phủ lâm thời Việt nam dân chủ cộng hòa ký Sắc lệnh số 27 - SL thành lập "Thuế quan và thuế gián thu" khai sinh Hải quan Việt Nam.
Quá trình trưởng thành và phát triển theo các giai đoạn:
- GIAI ĐOẠN 1945-1954: Thành lập Hải quan Việt Nam thực hiện nhiệm vụ của Nhà nước Việt nam dân chủ cộng hòa vừa mới khai sinh, tham gia cuộc kháng chiến chống Pháp. Ngày 10/9/1945, Bộ trưởng Bộ Nội vụ Võ Nguyên Giáp được ủy quyền của Chủ tịch Chính phủ lâm thời Việt nam Dân chủ Cộng hòa ký Sắc lệnh số 27 - SL thành lập "Thuế quan và thuế gián thu" khai sinh ngành Hải quan Việt Nam.
- GIAI ĐOẠN 1954-1975: Xây dựng chủ nghĩa xã hội ở miền Bắc, chống Mỹ xâm lược, giải phóng miền Nam thống nhất đất nước; Chính phủ giao cho Bộ quản lý hoạt động ngoại thương và thành lập Tổng cục Hải quan (thay ngành thuế xuất, nhập khẩu) thuộc Bộ.
- GIAI ĐOẠN 1975-1986: Hải quan thống nhất lực lượng và triển khai hoạt động trên phạm vi cả nước.
- GIAI ĐOẠN 1986 đến nay: Yêu cầu đối với Hải quan Việt Nam lúc này là thực hiện quản lý Nhà nước về Hải quan trước tình hình: Hoạt động giao lưu hợp tác với nước ngoài phát triển mạnh mẽ chưa từng thấy, kinh tế thị trường bộc lộ những khuyết tật, hạn chế, khối lượng hàng hóa XNK khá lớn tạo nguồn thu thuế XNK hàng năm chiếm tỷ lệ từ 20 - 25% GDP, tình trạng buôn lậu gia tăng, nhập lậu tài liệu phản động, ấn phẩm đồi truỵ, chất nổ, ma tuý khá nhiều.
Thủ tướng Chính phủ Phan Văn Khải ký Quyết định số 113/2002/QĐ-TTg ngày 4 tháng 9 năm 2002 chuyển Tổng cục Hải quan vào Bộ Tài chính.
Ngày 14 tháng 6 năm 2005, Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Văn An đã ký quyết định số 42/2005/QH11 ban hành "Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Hải quan". Luật này có hiệu lực từ ngày 01-01-2006.