Tăng cường mối quan hệ giữa cơ quan thuế với chính quyền địa phương là một vấn đề hết sức quan trọng trong tổ chức bộ máy ngành thuế. Điều này càng quan trọng khi theo hướng dẫn tại Công văn số 633/TCT-CC thì cơ quan thuế chỉ thực hiện uỷ nhiệm thu xã phường đối với hộ kinh doanh có môn bài bậc 3, 4, 5, 6 và trực tiếp quản lý thu đối với hộ kinh doanh có môn bài bậc 1, 2, nhằm nâng cao hiệu quả quản lý thuế và cải cách công tác thu nộp thuế. Tiền thuế của hộ kinh doanh nhỏ, lẻ được thu bởi những người thường là công chức tại các phường, xã. Việc công khai doanh thu, tiền thuế khoán của các hộ cũng được niêm yết tại trụ sở UBND phường, xã. Lấy ý kiến để xác định mức thuế khoán, hiệp thương giữa thuế và NNT cũng có sự tham gia của UBND xã, phường. Các hộ kinh doanh có môn bài bậc 1, 2 thường có địa điểm kinh doanh ổn định và ở những nơi thuận tiện giao thông, nên cơ quan thuế không phải trực tiếp quản lý thu mà các hộ kinh doanh này thực hiện nộp thuế trực tiếp qua các điểm thu của Ngân hàng thương mại.
-Phối hợp với UBND tỉnh, Sở Tài chính, Sở Công thương về công tác xây dựng giá tính thuế một số mặt hàng để phù hợp với thực tế tại địa phương. Thành lập các đoàn kiểm tra liên ngành ( Công an phường, quản lý thị trường, thuế) kiểm tra công tác chấp hành bảng giá đã ban hành.
-Phối hợp với Sở Thông tin và Truyền thông, Hội Cựu Chiến binh trong công tác tuyên truyền các chính sách thuế, vận động, thu thuế.
-Phối hợp với Sở Kế hoạch và đầu tư trong công tác quản lý các đối tượng đăng ký kinh doanh mà chưa đăng ký thuế, theo dõi tình hình cấp mới, nghỉ kinh doanh.
-Phối hợp với Công an bàn các biện pháp thu hồi nợ thuế, xác minh thông tin, tổ chức cưỡng chế thu nợ theo quy định của pháp luật.
Việc phối hợp chặt chẽ với chính quyền địa phương sẽ giúp cơ quan thuế quản lý sâu sát, kịp thời những biến động, phối hợp kiểm tra chống thất thu.