Hiện nay Chi cục Thuế Tp. Nha Trang quản lý gần 2.000 hộ kinh doanh trong lĩnh vực thương mại nộp thuế theo phương pháp khoán. Để quản lý tốt đối tượng này, trong ngắn hạn cơ quan thuế cần:
Thứ nhất, phải xác định được doanh số khoán sát với thực tế, từ đó đưa ra mức thuế hợp lý khuyến khích các tổ chức, cá nhân bỏ vốn ra kinh doanh. Xem xét những thắc mắc của người dân để kịp thời điều chỉnh mức thuế phù hợp với thực trạng của cơ sở kinh doanh.
Thứ hai, kịp thời theo sát sự biến động của giá cả để điều chỉnh doanh thu tính thuế một cách kịp thời. Khi điều chỉnh doanh thu tính thuế phải làm đúng quy trình nghiệp vụ của ngành đã đề ra đó là thông qua hội đồng tư vấn thuế phường, chợ và có sự phê duyệt của lãnh đạo Chi cục. Đồng thời thông báo, giải thích cụ thể cho từng hộ kinh doanh về lý do điều chỉnh và mức điều chỉnh. Việc điều chỉnh doanh thu áp dụng cho ngành nào, mặt hàng nào phải áp dụng đồng loạt và công khai.
Khi thực hiện quyết toán thuế TNDN cần phải tăng cường kiểm tra các khoản chi phí để loại trừ các khoản chi phí không hợp lệ, chi phí không được phép tính trừ theo quy định. Việc kiểm tra này tương đối phức tạp vì bắt buộc phải kiểm tra từ chứng từ gốc, do đó đòi hỏi cán bộ thuế phải kiểm tra chứng từ gốc một cách chính xác và tỷ mỷ mới đảm bảo khắc phục được tình trạng doanh nghiệp hợp pháp hoá các khoản chi phí đầu vào và các khoản chi phí không được phép tính vào chi phí.
Cần kiểm tra tổng thể và chi tiết báo cáo tài chính, bảng cân đối kế toán để phát hiện các khoản thu nhập khác ngoài thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh chính của DN. Việc kiểm tra này dựa trên cơ sở phân tích các tài khoản có liên quan đến các khoản thu của DN nhằm phát hiện các khoản thu nhập chịu thuế khác phát sinh trong kỳ của DN để tính thu nhập chịu thuế.