Quy chế quản lý tài chính ban hành kèm theo quyết định số 2767/QĐ- BTC ngày 17/08/2006 của Bộ trưởng Bộ Tài chính đã quy định rõ vai trò và nhiệm vụ của TCT GVN trong tổ hợp Công ty mẹ công ty con, trong quá trình áp dụng thực tế còn một số bất cập sau:
TCT GVN là Công ty mẹ thuộc sở hữu nhà nước 100% và chịu sự điều tiết của Luật doanh nghiệp nhà nước trong khi các công ty con, công ty liên kết hoạt động theo Luật doanh nghiệp, như vậy cơ cấu tổ chức của TCT GVN là cơ cấu hỗn hợp, đa hình thức sở hữu nhưng quy chế quản lý tài chính của Công ty mẹ lại được xây dựng theo quy chế tài chính của một doanh nghiệp nhà nước, điều này gây ra những khó khăn không nhỏ trong việc thống nhất quản lý tài chính trong toàn Tổng công ty.
Đối với vấn đề huy động vốn, quản lý và sử dụng vốn trong TCT GVN, mặc dù quy chế cho phép Công ty mẹ được phép tự chịu trách nhiệm đối với toàn bộ các hoạt động trên nhưng các quy định về quản lý và sử dụng vốn nhà nước tại các tổng công ty nhà nước hạng đặc biệt đã làm giảm đáng kể sự năng động, linh hoạt của Công ty mẹ trong việc lựa chọn các hình thức tài trợ và sử dụng vốn trong doanh nghiệp.
Giải pháp để xử lý vấn đề là Công ty mẹ cần có những điều chỉnh, bổ sung và hoàn thiện cơ chế tài chính theo hướng sau:
Quy chế tài chính hiện tại của Công ty mẹ cần được thay đổi và điều chỉnh dần trên cơ sở Luật Doanh nghiệp chung thống nhất để đảm bảo cho hoạt động tài chính của Công ty mẹ không bị xáo trộn khi Công ty mẹ cổ phần hoá. Tuy nhiên quy chế mới phải đảm bảo duy trì vai trò đầu mối trong hoạt động huy động vốn và điều hoà, phân phối của Công ty mẹ trong tổ hợp Công ty mẹ - công ty con.
Quy chế tài chính của Công ty mẹ và các công ty con cần có sự tương thích để đảm bảo được sự thống nhất quản lý tài chính trong toàn bộ Tổng công ty. Quán triệt nguyên tắc điều chỉnh các quan hệ tài chính trong toàn TCT GVN theo tỷ lệ vốn góp.
Công ty mẹ không đứng ra bảo lãnh cho các công ty con vay vốn mà Công ty mẹ sẽ giữ vai trò đầu mối trong huy động vốn cho Tổng công ty và cho các công ty con vay lại trên nguyên tắc tính toán hiệu quả đầu tư và theo hợp đồng kinh tế để đảm bảo thực hiện sự quản lý thống nhất giữa Công ty mẹ - công ty con từ mục tiêu đầu tư, hiệu quả đầu tư, đến quản lý rủi ro và chính sách trả nợ. Các công ty con phải có trách nhiệm thực hiện đầy đủ nghĩa vụ nộp cổ tức cho Công ty mẹ theo đúng quy định.
Thiết lập và duy trì vững chắc mối quan hệ trách nhiệm và lợi ích của chủ sở hữu doanh nghiệp, nhà quản lý doanh nghiệp, người lao động trong doanh nghiệp và các bên liên quan khác.