Nguồn vốn đầu tư trong nước cho nuôi trồng thủy sản là phần tích lũy nội bộ của nền kinh tế bao gồm: tiết kiệm của khu vực dân cư, các tổ chức kinh tế, tiết kiệm của Chính phủ được huy động vào quá trình tái sản xuất lĩnh vực nuôi trồng thủy sản. Biểu hiện cụ thể của nguồn vốn đầu tư trong nước gồm nguồn vốn đầu tư nhà nước và nguồn vốn của dân cư, tư nhân (Phạm Thị Hà, 2006).
Nguồn vốn nhà nước cho nuôi trồng thủy sản bao gồm vốn ngân sách nhà nước, nguồn vốn tín dụng đầu tư phát triển của nhà nước và nguồn vốn đầu tư phát triển của doanh nghiệp Nhà nước (Phạm Thị Hà, 2006).
- Nguồn vốn ngân sách nhà nước là khoản chi của ngân sách nhà nước chi cho đầu tư. Đó là một nguồn vốn đầu tư quan trọng trong chiến lược phát triển kinh tế - xã hội của mỗi quốc gia. Nguồn vốn này thường được sử dụng cho các dự án kết cấu hạ tầng kinh tế - xã hội, quốc phòng an ninh, hỗ trợ cho các dự án của doanh nghiệp đầu tư vào lĩnh vực cần sự tham gia của nhà nước, chi cho công tác lập và thực hiện các dự án quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội vùng lãnh thổ, xây dựng quy hoạch đô thị và nông thôn.
Đối với lĩnh vực nuôi trồng thủy sản, nguồn vốn này thường được sử dụng cho công tác quy hoạch, xây dựng cơ sở hạ tầng kỹ thuật phục vụ cho các vùng nuôi tập trung gồm: đê bao, kênh cấp và thoát nước cấp I, cống và trạm bơm lớn, cảng cá, chợ cá và cơ sở hạ tầng kỹ thuật trong cảng, chợ cá quốc gia ở các vùng trọng điểm nghề cá, xây dựng và hoàn thiện các trung tâm giống quốc gia, cải tạo nâng cấp các trại giống cấp I, nghiên cứu khoa học; nhập các đối tượng nuôi mới, công nghệ mới, xây dựng các trạm quan trắc, dự báo môi trường, kiểm dịch, đào tạo nguồn nhân lực, hoạt động khuyến ngư... (Nguyễn Văn Bé, 2007).
- Nguồn vốn tín dụng đầu tư phát triển nhà nước: Cùng với quá trình đổi mới và mở cửa, vốn tín dụng đầu tư phát triển của nhà nước ngày càng đóng vai trò đáng kể trong chiến lược phát triển kinh tế - xã hội. Nếu như trước những năm 1990, vốn tín dụng đầu tư phát triển của nhà nước chưa được sử dụng như một công cụ quản lý và điều tiết kinh tế thì kể từ năm 1990 trở đi, nguồn vốn này đã có mức tăng trưởng đáng kể và bắt đầu có vị trí quan trọng trong chính sách đầu tư của chính phủ. Nguồn vốn này thường tập trung đầu tư cho cải tạo nâng cấp, xây dựng mới cơ sở thức ăn, sản xuất bột cá, cơ sở sản xuất giống cấp I, II và cải tạo ao, đầm nuôi của các thành phần kinh tế.
Nguồn vốn tín dụng đầu tư phát triển của Nhà nước cho nuôi trồng thủy sản có tác dụng tích cực trong việc giảm đáng kể sự bao cấp về vốn trực tiếp của nhà nước. Với cơ chế tín dụng, các đơn vị sử dụng nguồn vốn này phải đảm bảo nguyên tắc hoàn trả vốn vay Chủ đầu tư các dự án là người vay vốn phải tính kỹ hiệu quả đầu tư, sử dụng vốn tiết kiệm hơn. Vốn tín dụng đầu tư phát triển của nhà nước là một hình thức quá độ chuyển từ phương thức cấp phát sang phương thức tín dụng đối với các dự án có khả năng thu hồi vốn trực tiếp (Nguyễn Văn Bé, 2007).
- Nguồn vốn đầu tư từ doanh nghiệp nhà nước: Được xác định là thành phần giữ vai trò chủ đạo trong nền kinh tế, các doanh nghiệp nhà nước vẫn giữ một khối lượng vốn khá lớn. Tuy vẫn còn một số hạn chế, nhưng xét một cách khách quan thì khu vực kinh tế nhà nước với sự tham gia của các doanh nghiệp nhà nước vẫn giữ vai trò chủ đạo trong nền kinh tế nhiều thành phần. Với chủ trương tiếp tục đổi mới doanh nghiệp nhà nước, hiệu quả hoạt động của các doanh nghiệp nhà nước ngày càng được khẳng định, lợi nhuận và các khoản tích lũy của doanh nghiệp ngày càng tăng và đóng góp đáng kể vào quy mô vốn đầu tư toàn xã hội.
Nguồn vốn khu vực tư nhân
Nguồn vốn từ khu vực tư nhân đầu tư cho nuôi trồng thủy sản bao gồm phần tiết kiệm của dân cư, phần tích lũy của doanh nghiệp dân doanh, của hợp tác xã. Theo đánh giá sơ bộ, khu vực kinh tế ngoài nhà nước vẫn sở hữu một lượng vốn tiềm năng khá lớn nhưng chưa được huy động triệt để để đầu tư vào phát triển nuôi trồng thủy sản, một phần do đặc thù của hoạt động đầu tư phát triển nuôi trồng thủy sản đòi hỏi quy mô vốn lớn, đầu tư chủ yếu vào cơ sở hạ tầng vùng nuôi, một phần do mức độ tích tụ và tập trung của các nguồn vốn này hạn chế, nhỏ lẻ, nằm rải rác trong khu vực tư nhân
Tuy nhiên cùng với sự phát triển kinh tế của đất nước, một bộ phận không nhỏ trong dân cư có tiềm năng về vốn do thu nhập gia tăng hoặc do tích lũy truyền thống. Nhìn tổng quan, nguồn vốn tiềm năng trong dân cư không phải là nhỏ, nguồn vốn này xấp xỉ bằng 80% tổng nguồn vốn huy động của toàn bộ hệ thống ngân hàng. Thực tế phát hành trái phiếu chính phủ và trái phiếu của một số ngân hàng thương mại quốc doanh cho thấy, chỉ trong một thời gian ngắn đã huy động được hàng ngàn tỷ động và hàng chục triệu USD từ khu vực dân cư. Vấn đề là phải có cơ chế, chính sách linh hoạt để huy động triệt để nguồn vốn này phục vụ cho nhu cầu đầu tư phát triển trên cả nước
(Nguyễn Văn Thắng, 2000).