Thứ nhất, chưa xây dựng được hệ thống chỉ tiêu giám sát an toàn tài chính làm cơ sở cho việc phối hợp giữa các cơ quan giám sát chuyên ngành. Một bộ chỉ tiêu giám sát đầy đủ và thống nhất về mức độ an toàn và ổn định của thị trường tài chính là nền tảng cho việc phối hợp thu thập, xử lý và công bố thông tin của các cơ quan giám sát chuyên ngành. Tuy nhiên, Việt Nam vẫn chưa xây dựng được một bộ chỉ tiêu đáp ứng những yêu cầu này. Hiện tại, mới chỉ có hệ thống các chỉ tiêu giám sát từ xa theo CAMELS (viết tắt của các từ Capital Adequacy (vốn), Assets quality (tài sản), Management Administration (quản lý), Earnings (lợi nhuận), Liquidity (thanh khoản) và Sensitivity to Market risk (độ nhạy cảm với các rủi ro thị trường)) được thanh tra ngân hàng thuộc Ngân hàng Nhà nước áp dụng nhằm đánh giá các ngân hàng thương mại. Mặc dù vậy, với đặc điểm là chủ yếu bao gồm các chỉ tiêu định lượng mang tính lịch sử nên bản then CAMELS cũng bị đánh giá là chưa thể phản ánh đầy đủ độ an toàn và lành mạnh của hệ thống ngân hàng. Đối với ngành bảo hiểm và chứng khoán thì mặc dù đã xây dựng hệ thống chỉ tiêu giám sát nhưng các chỉ tiêu này hoặc tham khảo chủ yếu từ lĩnh vực ngân hàng hoặc tham khảo từ các tiêu chuẩn quốc tế mà chưa có sự điều chỉnh cho phù hợp với đặc điểm của từng lĩnh vực.
Thứ hai, nội dung và phương pháp giám sát được thực hiện bởi các cơ quan giám sát chuyên ngành còn chưa đầy đủ và hoàn thiện. Nội dung giám sát tập trung vào giám sát tuân thủ, chưa chú trọng đúng mức vào nội dung phát hiện và cảnh báo những rủi ro tiềm tàng từ thị trường tài chính. Phương pháp giám sát chủ yếu dưới hình thức thanh tra tại chỗ thay vì giám sát từ xa để phát hiện và cảnh báo sớm các rủi ro phát sinh. Chính những đặc điểm này đã khiến các cơ quan giám sát chuyên ngành chủ yếu tập trung giám sát các đối tượng thuộc phạm vi giám sát của mình hơn là các tác động và sự liên thông giữa lĩnh vực mình giám sát với các lĩnh
vực khác cũng như với toàn thị trường; dẫn tới việc thiếu động lực gắn kết hoạt động của các cơ quan giám sát chuyên ngành này với nhau.
Cuối cùng, nguồn lực cần thiết cho hoạt động giám sát như công nghệ thông tin, nhân lực, dữ liệu thông tin còn thiếu và yếu so với yêu cầu đảm bảo an toàn cho hoạt động khu vực tài chính. Đối với hoạt động của Ủy ban giám sát tài chính, hạn chế về thời gian cũng như đội ngũ nhân lực do mới được thành lập nên rất khó nắm bắt được thực trạng giám sát của từng lĩnh vực chuyên ngành cũng như các yêu cầu chuyên sâu cho hoạt động giám sát chuyên ngành.